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シークエンスのプライマーエクステンション トピック削除
No.2090-TOPIC - 2010/02/15 (月) 12:32:42 - ひろ
三キロの断片を端から読んでいますが
真ん中がまだ解読できていません
本来ならプライマーエクステンションで読みたいのですが
事務の経理上の間違いで
プライマーすら買えない状況になってしまいました
プライマー購入以外でシークエンスを読む何かいい方策は他にありませんか?
 
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(無題) 削除/引用
No.2090-4 - 2010/02/15 (月) 14:01:04 - 辛口
大学なら、自分(あるいはボス)にプライマー代金に相当する額を寄附し、委任経理金として代金を支払う。余計な実験をやるくらいなら、その分バイトしたつもりで寄附した方がまし。

(無題) 削除/引用
No.2090-3 - 2010/02/15 (月) 12:59:52 - AP
プラスミドにクローニングしてsequential deletion を作る。
制限酵素、ExoIIIとMB nucleaseなどを使う昔ながらの方法ですが、市販のキットではTAKARAのキロシークエンス用デリションキット(うろ覚え、まだあるかな?)がありました。

(無題) 削除/引用
No.2090-2 - 2010/02/15 (月) 12:48:47 - ザンギ
なんか言葉の使い方が間違ってませんか。
それは普通プライマーウォーキングと呼ぶと思います。

解析対象の配列を断片化して沢山サブクローンをとって、ベクターのプライマー
で沢山配列を読んで、あとからContigにするのが常法かと思います。

ある程度、配列情報があるなら制限酵素地図に基づいて計画的に部分配列を
取得しますが、シーケンス解析のスループットが高いならSau3AIの部分消化
などでランダムに取得するのもいいかもしれません。

シークエンスのプライマーエクステンション 削除/引用
No.2090-1 - 2010/02/15 (月) 12:32:42 - ひろ
三キロの断片を端から読んでいますが
真ん中がまだ解読できていません
本来ならプライマーエクステンションで読みたいのですが
事務の経理上の間違いで
プライマーすら買えない状況になってしまいました
プライマー購入以外でシークエンスを読む何かいい方策は他にありませんか?

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