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(無題) 削除/引用 No.2080-11 - 2010/02/20 (土) 14:50:04 - TM 新しいサイズマーカーを泳動したところ、スメアの問題が完璧とは言えませんがダイブ改善されました。 皆様ありがとうございました。

(無題) 削除/引用 No.2080-10 - 2010/02/17 (水) 05:33:00 - TM 皆様の言われるとおり、次の新しいマーカーは凍結せずに４度保存にしたいと思います。メーカーを変えてもよかったですね。すでに昨日同じ物を発注してしまい、明日には新しいマーカーが届くと思いますので、今週末には結果のご報告ができるかと思います。 皆様、ありがとうございます。

(無題) 削除/引用 No.2080-9 - 2010/02/16 (火) 19:36:15 - もん 以前、Bio-Radのサイズマーカーを使っていてロットマーカーが凍った状態で納品されたことがありました。そのときDNAのフラグメントがかなり壊れてスメアーになった記憶があります。 とりあえずマーカー自体を変えてみてはどうでしょう。

(無題) 削除/引用 No.2080-8 - 2010/02/16 (火) 10:07:53 - ~ CHEF DNA サイズスタンダード, S. cerevisiae chromosomes カタログ番号：170-3605 レ　ン　ジ : 225-2,200 kb Saccharomyces cerevisiae 内　容　量 : 5 agarose blocks 25-40回分 保存温度 : ４℃（6ヶ月） メーカー推奨は4度保存ですね。 このスタンダードはゲルに包埋されていますよね。 DNAもそうですが、ゲルも凍結融解でおかしくなりませんかね。

(無題) 削除/引用 No.2080-7 - 2010/02/16 (火) 09:38:00 - ばいや 600kb以上のDNAを凍結して大丈夫なものなんですか？ 私は4度で保存しています。

(無題) 削除/引用 No.2080-6 - 2010/02/16 (火) 07:34:27 - TM ご返答ありがとうございます。 自作の機器に問題ないことを前提にしたうえで、とりあえず電圧を上げるか、インターバル時間を伸ばしてやってみたいと思います。 高分子DNAの分解。この可能性はかなり高いですね。いくらゲルに包埋されているからと言っても、毎回マイナス２０度からそれを取り出しては、必要量カットして、また冷凍庫への繰り返しではDNAが寸断されてしまいますよね。 新しいものを購入し、最初に全てカットしてから、冷凍庫にしまいたいと思います。

(無題) 削除/引用 No.2080-5 - 2010/02/15 (月) 12:37:27 - けん 可能性の一つとして 分解が挙げられます 高分子dnaは注意が必要です

(無題) 削除/引用 No.2080-4 - 2010/02/14 (日) 17:03:54 - ~ >電気泳動装置を自作し この部分に問題が無いことが前提ですが。 http://www.nal.usda.gov/pgdic/Probe/v2n3/puls.html によると、 >電圧２V/cmで70秒間のインターバル のインターバルは短いかもしれません。 昔使っていたときは、4℃で泳動していました。 (対象は200kb位でしたが) 15℃とどちらの方がいいのかは判りません。

(無題) 削除/引用 No.2080-3 - 2010/02/13 (土) 21:11:21 - TM 情報不足で申し訳ありません。 電気泳動装置を自作し、以下の条件下にてパルスフィールド電気泳動を行っております。 角度120度と60度の平行四辺形に電線を張り、まず電圧２V/cmで70秒間のインターバルをもって12時間、交互（対角線）に泳動を行い、その後、２V/cmで140秒間のインターバルをもって6時間、交互（対角線）に泳動行いました。バッファーは0.5x TBE Bufferを用い、ゲルは0.5x TBE Bufferにて0.7％Gelを使用しました。泳動ボックスの温度は15度に保っております。 これまでに、6時間、12時間、18時間泳動したときの写真を撮影したのですが、いずれも、数千ｋｂのバンドが出ると予測される箇所がスメア状になってしまいます。 フィールドインバージョンとは、電流を行き来させながら泳動を行う（3歩進んで1歩下がるみたいな）方法でしょうか？ まだ情報不足かも知れませんが、宜しくお願い致します。

(無題) 削除/引用 No.2080-2 - 2010/02/13 (土) 17:20:09 - ~ それだけの情報で何が原因なのか分かる人はいないのでは？ 思いつくのは、 CHEFではなくフィールドインバージョンでやっているために、 600kb以上は分離できないのではないかという点でしょうか。 使用している機器は、その範囲を分離できた実績のあるものですか？ あるのでしたら、その時の条件との違いを調べてみてはいかがでしょうか。

パルスフィールド電気泳動について 削除/引用 No.2080-1 - 2010/02/13 (土) 12:46:14 - ＴＭ PFGEを行っているのですが、約600kb以上のDNAバンドにおいて全てスメア状になってしまいます。サンプルは、Biolab社のゲルに包埋されたYeast DNAを使用しています。 原因が分からず困っております。何かアドバイスをよろしくお願いします。

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