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FISHプローブについて トピック削除
No.2077-TOPIC - 2010/02/12 (金) 23:09:44 - はる
実験初心者です。

このたび、FISHを行うこととなりました。
先輩のプロトコールを使用して、というものではなく、
まったくの立ち上げからです。
周囲に、FISH経験者は居りません。

先日、市販のプローブを使用してマニュアル通りに行った結果、
無事、目的のシグナルを検出することができました。

しかし今度は、市販されていない、任意の目的領域を検出することになりました。
そうして調べてみると、標識方法はある程度プロトコールを見つけることが出来るのですが、最初の領域選びのポイントやクローニングに関しての資料が中々集まりません。
例えば、BACクローンを購入して標識する、ということはよく記述されているようなのですが、目的領域を含んでいればそれでよいのでしょうか。となると、目的領域以外の部分も含まれてしまうのではないでしょうか。そもそも、何kbp程度が目的領域をFISHで検出する際には適しているのでしょうか。
PCRのプライマーを選択するときのように、注意点はないのでしょうか。

など、疑問は次々とわいてきます。
初心者むけの、プローブの設計やクローニングに関する資料や文献、出版物がありましたら、ご教授頂けたら幸いです。

長文失礼致しました。
 
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ありがとうございました 解決済み 削除/引用
No.2077-6 - 2010/02/15 (月) 21:14:09 - はる
あかね様


貴重なアドバイス、誠にありがとうございました。

教えて頂いたプロトコールを熟読し、
今後の実験を進めていきたいと思います。

お忙しい中、お手数をおかけ致しました。
本当に、助かりました。
どうもありがとうございました。

(無題) 削除/引用
No.2077-5 - 2010/02/15 (月) 03:31:38 - あかね
通常BACは100 ~ 200 kbp程度の領域をカバーしていると思います。
もちろん領域によってはそのBACが多数の遺伝子を含んでいる場合がありますが、
あまり気にしなくてよいです。目的領域を含むBACを使えば多くの場合文句はいわれないでしょう。
ゲノム上の数100 kbp程度の差は、蛍光顕微鏡の解像度以下なので、一つの核ないでは同じ場所にピンポイントシグナルとして検出されます。

そのマニュアルはネットでダウンロードできると思います。

Good luck

(無題) 削除/引用
No.2077-4 - 2010/02/14 (日) 13:12:00 - はる

> 初心者なら、RocheのDIG in situ hybridizationマニュアルを読むのをおすすめします。

> FISHを自力で立ち上げた経験があります。
> DNA-FISHですか?RNA-FISHですか?


あかね様

せっかくお返事を頂いたのに返信が大変遅れまして申し訳ありませんでした。どうもありがとうございます。

目下の目標は、DNA-FISHです。
RNAに関しては、今のところ予定にありません。

探しましたところ、
RocheのDIGアプリケーションマニュアル
for Nonradioactive In Situ Hybridization 
という本を発見致しました。

お教え下さったものは、こちらで宜しいでしょうか。

(無題) 削除/引用
No.2077-3 - 2010/02/12 (金) 23:26:34 - あかね
初心者なら、RocheのDIG in situ hybridizationマニュアルを読むのをおすすめします。

(無題) 削除/引用
No.2077-2 - 2010/02/12 (金) 23:23:03 - あかね
FISHを自力で立ち上げた経験があります。
DNA-FISHですか?RNA-FISHですか?

FISHプローブについて 削除/引用
No.2077-1 - 2010/02/12 (金) 23:09:44 - はる
実験初心者です。

このたび、FISHを行うこととなりました。
先輩のプロトコールを使用して、というものではなく、
まったくの立ち上げからです。
周囲に、FISH経験者は居りません。

先日、市販のプローブを使用してマニュアル通りに行った結果、
無事、目的のシグナルを検出することができました。

しかし今度は、市販されていない、任意の目的領域を検出することになりました。
そうして調べてみると、標識方法はある程度プロトコールを見つけることが出来るのですが、最初の領域選びのポイントやクローニングに関しての資料が中々集まりません。
例えば、BACクローンを購入して標識する、ということはよく記述されているようなのですが、目的領域を含んでいればそれでよいのでしょうか。となると、目的領域以外の部分も含まれてしまうのではないでしょうか。そもそも、何kbp程度が目的領域をFISHで検出する際には適しているのでしょうか。
PCRのプライマーを選択するときのように、注意点はないのでしょうか。

など、疑問は次々とわいてきます。
初心者むけの、プローブの設計やクローニングに関する資料や文献、出版物がありましたら、ご教授頂けたら幸いです。

長文失礼致しました。

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