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Realtime PCR試薬の節約術 トピック削除
No.2076-TOPIC - 2010/02/12 (金) 20:43:12 - HIGE
いつも参考にさせて頂いております。

最近、私の研究室でもリアルタイムPCRを行うようになってきました。

しかし、試薬代が非常に高く、研究費をかなり圧迫してしまっています。シークエンスや逆転写はマニュアルよりも節約した方法で行っているのですが、リアルタイムPCRに関しては経験が浅く、節約法が分からなくて困っております。

どなたか、試薬を節約するプロトコルをご存知でしょうか?
もしくは、この試薬の方が安いという情報でもありがたいです。

現在我々が使用していますのは、SYBR Premix Ex Taq II (Perfect Real Time)という試薬で、機械はThermal Cycler Diceを用いています。

どうぞよろしくお願い致します。
 
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他社製品 削除/引用
No.2076-10 - 2010/03/02 (火) 10:32:35 - POM
私どもの研究室でもリアルタイムをしたい人が増えてきたので、自作のMasterMixも検討したいところですが、最近各社MasterMixを展開しているので、サンプルをもらって検討したりしています。
今まではAppliedBioのSYBR Greenを使用していたのですが、価格面からKAPAかPromegaのGoTaqを試してみました。比較的純度の高いRNAを用いて感度、再現性などを見てみましたが、いまのところ大きな違いは感じていません。精製していないRNAではまだ試していませんが。Promegaさんの売り方としては、会員価格を設定しているようで、50ulの系だと200回分(120円/反応)です。今のところ、20ulの系で試してみましたが、特に大きな問題はなく、それだと、約50円/反応というところでしょうか。なんだか、まわし者みたいですが、ご参考までに。

(無題) 削除/引用
No.2076-9 - 2010/02/17 (水) 13:16:25 - a
以前のトピックに出ていたのとは少し違うレシピ。
予備実験はこっちで十分。
Taqも自分で精製、プレートは一番安い物を使えば普通のPCRとほとんどコストは変わんない。

【10×SYBR mix】
10,000×SYBR-Green10 µl
( 1 mM Fluorescein1 µl )
Tween-20100 µl
10 mg/ml BSA1 ml (NEBのBSAがちょうどこの濃度)
DMSO5 ml
H2O3.9 ml
Total 10 ml
1mLずつ分注して、遮光-20℃保存

【Reaction】
10×Ex Taq Buffer2 µl
2 mM dNTPs2.4 µl
10 µM each Primers0.5 µl
50 mM MgSO40.8 µl
10×SYBR mix2 µl
Home Taq0.2 µl
Sub Total19 µl
cDNA1 µl
Total20 µl

(無題) 削除/引用
No.2076-8 - 2010/02/16 (火) 09:30:39 - mouse
機械にもよると思いますが、RocheのLightCycler480 System IIでは384wellなら5-20、96wellなら10-100ulが反応容量の設定となっています。
10ulで回した際の結果も20でやった時とほぼ同じでした。最近はほとんど10ulでやっています。

(無題) 削除/引用
No.2076-7 - 2010/02/15 (月) 12:50:26 - ザンギ
96ウェルで10μLは厳しくないでしょうか。
384ウェルなら大丈夫だと思いますが。

反応容器が大きいと蒸発してしまう量も大きいので。

(無題) 削除/引用
No.2076-6 - 2010/02/15 (月) 10:17:55 - HIGE
皆さま、ご返事ありがとうございます!

単純に反応スケールを縮小するのが一番効果的そうですね。
10ulまで減らせるというのは驚きです。

ただ、SYBR Premix Ex Taq IIは、もともとの反応スケールが25ulですので、どこまで減らせるかは不安ですが…。

そう考えると、同じ値段でも、反応スケールが大きい試薬の方が節約しやすいのでしょうか…。


昔の、自作法も読ませていただきましたが、蛍光の退色などの問題もあってなかなか市販のものにはかなわないようですね。

まず、反応スケールをどこまで減らせるか検討してみようと思います。

(無題) 削除/引用
No.2076-5 - 2010/02/13 (土) 15:59:39 - mouse
Rocheの480を使っていまあすが、10ulの系でも問題なく使えています。
2xのSybergreen master mixを使っています。

(無題) 削除/引用
No.2076-4 - 2010/02/13 (土) 14:39:34 - 海外ポスドク
当ラボではFermentasのDYNAmoを使っています。色々調べた結果これが一番安かったので・・・。

total15uLの系ですが問題ありません。

(無題) 削除/引用
No.2076-3 - 2010/02/12 (金) 21:54:02 - ami
このフォーラムにPremixの自作法が出てたような・・・

(無題) 削除/引用
No.2076-2 - 2010/02/12 (金) 21:03:22 - AC
反応量を、マニュアルの半分にするとかはよくやられていると思います。
ABIのSYBR Green Master Mixは、50uLの系を想定していますが、大抵の論文では半分の25uLでアッセイしている感じです。一度、1/4量の12.5uLというのもありました。予備実験で問題なければそれでもよいのかなと。

Realtime PCR試薬の節約術 削除/引用
No.2076-1 - 2010/02/12 (金) 20:43:12 - HIGE
いつも参考にさせて頂いております。

最近、私の研究室でもリアルタイムPCRを行うようになってきました。

しかし、試薬代が非常に高く、研究費をかなり圧迫してしまっています。シークエンスや逆転写はマニュアルよりも節約した方法で行っているのですが、リアルタイムPCRに関しては経験が浅く、節約法が分からなくて困っております。

どなたか、試薬を節約するプロトコルをご存知でしょうか?
もしくは、この試薬の方が安いという情報でもありがたいです。

現在我々が使用していますのは、SYBR Premix Ex Taq II (Perfect Real Time)という試薬で、機械はThermal Cycler Diceを用いています。

どうぞよろしくお願い致します。

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