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(無題) 削除/引用 No.2044-5 - 2010/02/08 (月) 11:06:45 - 素朴な質問 なるほど。了解です。 論文で使われているプライマーを調べてみても、どうやらｷﾞｬｯﾌﾟジャンクションを含むより、3'よりを優先しているもののほうが多いみたいですね。 この点は安心しましたが、別の疑問が生じています。別のトピックに載せますので、もしよろしければご意見お聞かせください。

(無題) 削除/引用 No.2044-4 - 2010/02/05 (金) 16:13:26 - やま 途中で逆転写反応がが止まってしまう可能性が5'末の方が3'末より高いから バイアスが掛かって正しい結果が出ない恐れが高いと考えられるから だと思います

(無題) 削除/引用 No.2044-3 - 2010/02/05 (金) 16:02:17 - 素朴な質問 もちろんDNase処理はしますが、Oligo dTでcDNAを合成するから3'側を好んで使うところの真意はどうういことでしょうか。

(無題) 削除/引用 No.2044-2 - 2010/02/05 (金) 12:29:08 - 774 oligo dtプライマーで逆転写するからでは？ インビトロジェンのSuperScript III は、ほぼ完全長のcDNAが得られると聞いたことがありますが、それでも私は3´側を好んでいます。 もちろんDNase処理もしますよね？

プライマー設計 削除/引用 No.2044-1 - 2010/02/05 (金) 12:16:20 - 素朴な質問 こんにちは。RT-PCRのプライマー設計を最近始めたものです。 私の研究室では、元のテンプレートの3'端に近い部位（たとえばテンプレート配列が1000bpだったら800~900bpの領域近辺）でプライマー設計をすることが推奨されています。この理由をきちんと説明できる人がいないのですが、ｷﾞｬｯﾌﾟジャンクションが5'よりにしか存在しないテンプレートの場合、どちらを優先するのがよいのか悩んでいます。解説書を読んだりしましたが、3'端よりにプライマーを設計することを書いてあるものが見当たりません。ご存知の方がいれば教えていただけないでしょうか。

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