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FRAP (Fluorescence recovery after photobleaching) トピック削除
No.2008-TOPIC - 2010/01/31 (日) 13:44:17 - frap
お世話になっております。

興味の有るタンパク質に関してFRAPを使って解析してみたいと考えております。
そこでまず自分の実験系(細胞、コンストラクト)でそれが可能かどうか、単純にGFP融合タンパク質を細胞に発現させ、行ってみました。
まず躓いた点はROIの設定の間に目的のシグナルがあっちゃこっちゃ動いて設定しづらいという事、次になんとかbleach出来ても、その後もxyz軸方向にあっちゃこっちゃ動いてシグナルを追えません。

前者に関してはROIを比較的広めに設定する事でなんとかなりそうなのですが、後者はどうしたものか、と言う所です。

自分なりに考えてみたのは
1. 細胞をより扁平なものに変える
2. FBSを抜いて細胞の運動性を抑える
というものです。

只し、どちらもできれば避けたいところではあります。

皆様の御考え、御経験を教えて頂ければ幸いです。
 
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(無題) 削除/引用
No.2008-5 - 2010/02/02 (火) 10:28:35 - sky
frap様

 なかなか厳しい状況ですね。

FRAPで5min観察されているとのことなのでZ軸方向に動いてしまうのも仕方がないように思いますし、数をこなして解決できるレベルではなさそうですね。

 あと考え付くのは、Z軸を数枚撮ってみるとかでしょうか…。この場合解析が面倒になる、細胞がもたない、intervalが長くなるとの弊害がありますが。

(無題) 削除/引用
No.2008-4 - 2010/02/02 (火) 03:51:34 - frap
skyさん、あかねさん、有難うございます。

>[Re:2] skyさんは書きました :
> 数をこなすことは解決策にはならないのでしょうか?

今の所、10個観察して1つ位使えそう(Z軸にあまり動かない)といった感じです。1つ当たり、5minの観察を行っておりまして、そうすると1-2時間に一つしか当たりがない、という確率です。もう少し何とかならないかと考えております。

>
> frap様がどのような分子を標的とされており

申し訳ございません、申し遅れましたが、endosome-lysosomeに局在するタンパク質です。想像するからに動的な構造物ではあります。


どの程度z軸方向へ移動するのかわからないのですが、挙げられている解決策では
>
> 1、細胞を換えても問題ないのでしょうか?

できれば他の実験と同じ細胞で行いたい、というのは有ります。さもないと変えた細胞でもこれまで調べてきた実験をある程度繰り返す必要が出て来ますので。


> 目的の分子はどの細胞でも同じ動きをするんでしょうか?

少なくとも、局在に関してはどの細胞(調べた範囲では)でも同じようです。

>
> 2、FBSを抜いて細胞の運動性が変化するなら目的の分子の動きも変化してしまっているのでは?
>
> と疑問に思います。

そうなんです。先に述べましたが、endocytosisに関係するタンパク質なので、FBSを抜いたらその挙動は大きく変わると予測できます。また参考にしている論文(endocytosisに関わる他のタンパク質も用いた)ではわざわざFBSを抜いたりしていません。ただ最終的に比較したいのは、GFP-Xを発現している細胞にさらにYというタンパク質をプラスマイナスでの比較、またWTのGFP-Xとそのmutantの比較、といった実験をしたいと考えておりますので、場合によってはFBSを抜くのも有りなのだろうか?とも思っています。


>[Re:3] あかねさんは書きました :
> 細胞の密度を高くして、細胞が動くスペースを無くしてみては?
>

密度の濃い所、薄い所、両方観察してみましたが、どちらも違いがなさそうでした。



引き続き、御意見お待ちしております。

(無題) 削除/引用
No.2008-3 - 2010/02/01 (月) 03:02:33 - あかね
細胞の密度を高くして、細胞が動くスペースを無くしてみては?

解決策とは言えませんが 削除/引用
No.2008-2 - 2010/02/01 (月) 02:53:11 - sky
シグナルがZ軸に動くというのは大変ですね。

数をこなすことは解決策にはならないのでしょうか?何回かに一回はZ軸にあまり動かずデータが取れるものが出てくると思います。そういったものを集めてデータを解析した方が無難に思います。

frap様がどのような分子を標的とされておりどの程度z軸方向へ移動するのかわからないのですが、挙げられている解決策では

1、細胞を換えても問題ないのでしょうか?
目的の分子はどの細胞でも同じ動きをするんでしょうか?

2、FBSを抜いて細胞の運動性が変化するなら目的の分子の動きも変化してしまっているのでは?

と疑問に思います。

どうしてもデータが得られず、細胞を代えても問題ないor許容できるとの担保があるのなら1はありだと思います。

FRAP (Fluorescence recovery after photobleaching) 削除/引用
No.2008-1 - 2010/01/31 (日) 13:44:17 - frap
お世話になっております。

興味の有るタンパク質に関してFRAPを使って解析してみたいと考えております。
そこでまず自分の実験系(細胞、コンストラクト)でそれが可能かどうか、単純にGFP融合タンパク質を細胞に発現させ、行ってみました。
まず躓いた点はROIの設定の間に目的のシグナルがあっちゃこっちゃ動いて設定しづらいという事、次になんとかbleach出来ても、その後もxyz軸方向にあっちゃこっちゃ動いてシグナルを追えません。

前者に関してはROIを比較的広めに設定する事でなんとかなりそうなのですが、後者はどうしたものか、と言う所です。

自分なりに考えてみたのは
1. 細胞をより扁平なものに変える
2. FBSを抜いて細胞の運動性を抑える
というものです。

只し、どちらもできれば避けたいところではあります。

皆様の御考え、御経験を教えて頂ければ幸いです。

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