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リガンドの同定について トピック削除
No.2007-TOPIC - 2010/01/30 (土) 22:24:57 - るる
お世話になっております。
ある分子に対するリガンド探索をしている者です。
アドバイスをいただけたらと思い投稿しました。

分子Aに対するリガンドを同定する目的で、AとヒトIgG1Fc
の融合たんぱくを作製し、リガンドが出ている細胞、細胞株
をまずスクリーニングしました。その結果、FACSにより
ある細胞株の細胞表面にリガンドが出ていることを示唆す
る結果を得ました。

その細胞株を可溶化し、上記融合たんぱくによって免疫沈降
しているのですが、可溶化薬の条件、インキュベーション時間、
融合たんぱくの濃度検討をしても何も検出されません。銀染色で
何か見える程度にしたいと思い、細胞数を10の9乗オーダー
まで増やしても見えるのは融合たんぱくのバンドのみでした。

何か他に改変するべき条件はあるでしょうか。
 
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(無題) 削除/引用
No.2007-6 - 2010/02/01 (月) 00:45:40 - aji
リガンドがタンパク質ではない可能性はないのでしょうか。

(無題) 削除/引用
No.2007-5 - 2010/01/31 (日) 23:25:22 - ami
> FACS(cell sorting)が使えるなら、cDNA発現ライブラリーを用いたクローニングという手もありそうです。

>ソーターはこちらには無い状況ですので、

ソーターなくてもcDNA発現ライブラリーのスクリーニングとかできます。ディッシュを抗体でコートして、そこにひっついた細胞をSelectしていく手です(パニングとか言われます)。

(無題) 削除/引用
No.2007-4 - 2010/01/31 (日) 23:06:18 - るる
ats様

アドバイスありがとうございます。

ソーターはこちらには無い状況ですので、
架橋薬を試してみようと思います。

(無題) 削除/引用
No.2007-3 - 2010/01/31 (日) 11:13:20 - ats
FACS(cell sorting)が使えるなら、cDNA発現ライブラリーを用いたクローニングという手もありそうです。

(無題) 削除/引用
No.2007-2 - 2010/01/31 (日) 11:10:36 - ats
リガンドとの結合が弱く、免疫沈降の洗浄中に外れてしまうのではないでしょうか。
そうだとすると、DSP、sulfo-SBEDなどの二価性架橋試薬を使ってみてはいかがでしょうか。

リガンドの同定について 削除/引用
No.2007-1 - 2010/01/30 (土) 22:24:57 - るる
お世話になっております。
ある分子に対するリガンド探索をしている者です。
アドバイスをいただけたらと思い投稿しました。

分子Aに対するリガンドを同定する目的で、AとヒトIgG1Fc
の融合たんぱくを作製し、リガンドが出ている細胞、細胞株
をまずスクリーニングしました。その結果、FACSにより
ある細胞株の細胞表面にリガンドが出ていることを示唆す
る結果を得ました。

その細胞株を可溶化し、上記融合たんぱくによって免疫沈降
しているのですが、可溶化薬の条件、インキュベーション時間、
融合たんぱくの濃度検討をしても何も検出されません。銀染色で
何か見える程度にしたいと思い、細胞数を10の9乗オーダー
まで増やしても見えるのは融合たんぱくのバンドのみでした。

何か他に改変するべき条件はあるでしょうか。

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