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(無題) 削除/引用 No.1963-6 - 2010/01/27 (水) 23:10:45 - ザンギ XM_で始まる推定配列の場合、他の生物種の配列との相同性などを元にして 推定しています。 NM_で始まる配列があるとしたら、ちゃんとモノとしてのcDNAの配列など から転写産物の配列が実験で証明されているあ場合に限ってるハズです。 例外もありますが。 で、NM_の配列がない場合には、わからないので複数のプライマーを使って 増やしてみるしかありません。 一般にUTRはあまり生物種間で相同性が高くないので、推定もハズレがちです。 同様にタンパク質アミノ酸配列のN末端、C末端に相当する部分も推定が 曖昧ですね。 推定にはタンパク質の機能ドメインなどを考慮して慎重に検討する必要が ありますが、推定は所詮推定ですから、クローンをとることをオスススメします。 コアになる配列情報が得られればRACEで伸ばしていくのが常法ですね。

(無題) 削除/引用 No.1963-5 - 2010/01/27 (水) 21:58:04 - PubMed初心者 ほんとに初心者ですいません… PubMedではなくて、NCBIですね。 プライマーを作りたいのですが、mRNA配列が僕が用いる動物種では、NM_のmRNA配列がなく、XM_で記載されています。その予測配列というのが5種類あって、どれを基にするべきなのかを決定するのに、なにを頼ったらいいのだろうというのが、質問の始まりです。詳しく検討するにも、言葉の定義など、見方そのものがよくわからなかったりするので、参考にすべきサイトや成書がないかなぁと思って相談させていただきました。 RefSeqというところをみたのですが、やはり同じ5種類がでてきました。この場合、すべてに共通している配列をつかうのが無難なんでしょうか…。

(無題) 削除/引用 No.1963-4 - 2010/01/27 (水) 16:35:05 - ザンギ Pubmedは文献データベースなので配列情報は無いと思うのですが．．． どのページを見て質問してるのかよくわかりませんが、よく分からないの ならRefseqというコレクションの配列を使うのが無難でしょうね。 cDNAの配列ならNM_で始まるIDの配列がそうです。 ヒトの配列ならSNPsデータベースで多型頻度をみることもできると思います。 XM_は推定配列だと思うので、その配列自身に興味があるので無ければ避ける のが無難です。 IMAGEは完全長cDNAクローニングプロジェクトで網羅的に取得されたクローンの 配列なので、そのクローン固有の多型を含んでいる可能性があります。 そのクローンをプラスミド（を保持する大腸菌）として入手することも可 能な場合が多いです。

(無題) 削除/引用 No.1963-3 - 2010/01/27 (水) 15:28:59 - POM completeやpredictはまだわかるのですが、その他の細かい書かれ方を理解できません。たとえば、プライマーを作る時など、同じRNAでも、XM_○○○○○、XM_△△△△△、XM_×××××など、いくつもある場合は、どれを選択するのかとかがよくわかりません。どこかにHelpとかのってるのでしょうか？

(無題) 削除/引用 No.1963-2 - 2010/01/26 (火) 15:08:53 - 苦労人 completeは全長ということで、predictはコンピューターによる解析などで理論的に遺伝子になると推測できる配列という意味じゃないですか？

Pubmed Nucleotidの見方 削除/引用 No.1963-1 - 2010/01/22 (金) 19:53:08 - PubMed初心者 すいません。ごく基本的なことで非常に恥ずかしいのですが、ご教授願います。現在、プライマーを作製しようとPubMed Nucleotidを利用しています。 プライマーを作るには作れるのですが、幅広く研究されている遺伝子などは、completeやpredict、clone〜だとか、IMAGE〜だとか、付加情報がたくさんかいてあります。この意味が全く分からないのですが、バイオインフォマティクス系の本にはこれらの詳細がのっておらず、どれを選べばよいのか困っています。参考にするべきものを教えていただけないでしょうか。

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