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大腸菌20℃2日間培養→純度悪い… トピック削除
No.1940-TOPIC - 2010/01/19 (火) 11:39:35 - TSSK
センター試験で大学に入れないため、先輩の勧めで20℃のもと大腸菌を約2日間培養しました。翌、その菌液を回収してプラスミドを精製しましたが濃度、純度共に悪く、シーケンス解析もエラーが続きました。

いつもは37℃で一晩培養して直ぐプラスミドを精製してます。手法は今回と同様にしていますが、間違いなくいつもの場合と違います。

やはり20℃で2日間が原因でしょうか?
宜しくお願いします。。。
 
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No.1940-6 - 2010/01/20 (水) 18:58:02 - TSSK
皆さん、回答有難うございますm(__)m

>>ろっくさん
論より証拠。そうですよね(笑


>>中年さん
わかりました、参考にします。
詳しく説明ありがとうございます。


>>笑い男さん
勿論責めませんよ(;^_^A
確かに計画性のことは指摘受けました…急ぎでやらざるを得ない状況ってのもありますが。言い訳も時間勿体無いんで、切り替えて「計画的に」やります。


>>おおさん
>>私なら、回収の1時間前にバイチを継ぎ足して37度で1時間ぐらい培養したかもしれません。
御助言ありがとうございます。
純度は吸光度で見ていて、測定機器を使っていますが、260/280の吸光度が2.0を大きく越えたりします。濃度もいつもの半分くらいです(ng/μl)。
センター試験…今受けたら高校ん時より酷いかも(笑

(無題) 削除/引用
No.1940-5 - 2010/01/20 (水) 05:24:32 - おお
ま、みなさんの書いている通りだと思います。純度が悪いのはどのように悪いのでしょうか?プラスミドがインタクトであればさらに精製すればすむとは思いますけど。

20度で培養すると確かにコピー数が減ると思います(これもすでに述べられてますが)。私なら、回収の1時間前にバイチを継ぎ足して37度で1時間ぐらい培養したかもしれません。コピー数が減っているのは初めから分かってますから。

ちょっと実験計画をミスしましたね。センターの試験受けたらよかったのではと、、、

先輩を責めないでね 削除/引用
No.1940-4 - 2010/01/20 (水) 00:59:48 - 笑い男
 濃度、純度共に悪い、そしていつもと違うのは時間と温度だけだ というのが正しいなら、原因は「時間」と「温度」だと思います。手技に問題は無いという前提ですが。

 ただ、中年さんもコメントされていますが、プラスミドによって(使う大腸菌にも由来するという意味も含め)違うということが重要だと思います。

 私があなたの指導者でも、低温で培養しちゃえよ〜 と助言しそうです。だって、濃度や純度に問題ないことも多々あるだろうし、問題なければラッキーじゃん!上手くいかなければ相性が悪かったね〜・・残念〜・・ぐらいで済む質問だと思うからです。もし私の機嫌が悪い時にその質問をしたのであれば、「センター試験があることは解ってたでしょ!なんで考慮した実験予定を組まないの?予定を上手に組むことから実験は始まっているんだよ!」みたいな事を言ってしまいそうです。(だって培養に一日必要で、結果が得られるのが一日/二日ずれることぐらい別に大したことではない、もっと大きくズレることがこの先に何回も来るからね〜。ということを解った上での発言だから・・)

(無題) 削除/引用
No.1940-3 - 2010/01/19 (火) 14:28:46 - 中年
pUC、pBluescriptなどに使われている複製起点は、37℃では高コピー数ですが30℃以下だとコピー数が顕著に低下します(というか、こちらが本来のコピー数制御が掛かった状態)。従って、濃度が落ちるのは仕方がありませんし、相対的に純度も落ちるでしょう。プラスミドによっては、長時間の培養で溶菌し出す場合もあります。

(無題) 削除/引用
No.1940-2 - 2010/01/19 (火) 11:52:29 - ろっく
37℃でやり直してみれば、分かるんじゃない。

大腸菌20℃2日間培養→純度悪い… 削除/引用
No.1940-1 - 2010/01/19 (火) 11:39:35 - TSSK
センター試験で大学に入れないため、先輩の勧めで20℃のもと大腸菌を約2日間培養しました。翌、その菌液を回収してプラスミドを精製しましたが濃度、純度共に悪く、シーケンス解析もエラーが続きました。

いつもは37℃で一晩培養して直ぐプラスミドを精製してます。手法は今回と同様にしていますが、間違いなくいつもの場合と違います。

やはり20℃で2日間が原因でしょうか?
宜しくお願いします。。。

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