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(無題) 削除/引用 No.1916-7 - 2010/01/16 (土) 11:30:15 - とおりかがり 想定されている結果がどういうものかまったく見えないのですけれど。 例えば10bpくらいでぶった切ったら完全に一致する配列だらけでしょうし。

(無題) 削除/引用 No.1916-6 - 2010/01/16 (土) 03:11:45 - ザンギ これかなぁ www.genome.ist.i.kyoto-u.ac.jp/~aln_user/alngg/index.html 自分でやったことはないけど。

(無題) 削除/引用 No.1916-5 - 2010/01/15 (金) 20:28:04 - フラーレン >z様 お返事ありがとうございます。説明が不十分で申し訳ありません。 １）あなたは現在、二つの生物の全ゲノム配列のファイルを持っている？ →　はい、持っています。 ２）共通の配列のサイズはどの程度であることを望んでいるのか？ →　サイズの望みと言うよりも、完全に共通なすべての配列が知りたいです。 　　分かった共通の配列の中で探している配列がどの程度含まれているかが 　　最終的に知りたいので。

(無題) 削除/引用 No.1916-3 - 2010/01/15 (金) 19:24:50 - z >2つの生物の全ゲノム配列(faaファイルなど)から共通の配列のみを見つけ出すフリーソフトあるいはウェブ上のツールを探しています。 もう少し具体的でないとわかりませんね。 １）あなたは現在、二つの生物の全ゲノム配列のファイルを持っている？ ２）共通の配列のサイズはどの程度であることを望んでいるのか？ １）がYesなら、Blast（そのもの）をダウンロードして、生物１の部分配列を生物２の全配列に対して（適切な検出感度で）blastするのが有効なような気がします。 私は自分でblastをダウンロードした経験はありません。 よほど離れた生物でないと、おおよそ一致してしまうような気がします。

共通配列の検索 削除/引用 No.1916-1 - 2010/01/15 (金) 14:34:10 - フラーレン 2つの生物の全ゲノム配列(faaファイルなど)から共通の配列のみを見つけ出すフリーソフトあるいはウェブ上のツールを探しています。 BLASTやFASTAではできないのでしょうか？ 生物系ではあるのですがゲノムに疎く、周りに詳しい人もいないため困っています。 ご存じの方がおられましたらお教え下さい。

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