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RT-PCR トピック削除
No.1850-TOPIC - 2010/01/04 (月) 15:47:25 - mimi
はじめまして。現在学部4回生のものです。

今度培養細胞に対しRT-PCRをおこなって目的遺伝子の発現有無を調べたいと思っています。RT-PCRの基本原理などは理解しているつもりですが初めてというのもありどうもイメージが湧いてきません。

培養細胞は付着性であり、おそらくそれを剥がしてサスペンションとし、そこからRNA抽出→cDNA合成→RT-PCRの順になるかと思います。それぞれの過程について経験者の方がいましたら注意点など詳細なご指摘いただけますでしょうか?

それとプライマーについては目的遺伝子のどの部分の配列を何塩基ぐらいで作製すればいいのでしょうか?プライマーを使ったりという遺伝子レベルの実験が初めてのため全く分かりません。この辺もできればお教え頂けると幸いです。
 
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No.1850-5 - 2010/01/05 (火) 12:28:50 - kodama
羊土社の書籍(名前は忘れましたが・・・PCRのごく一般的なプロトコール書です)ではISOGEN(ニッポンジーン社)とDNase(Promega社)、Super Script III逆転写酵素(インビトロジェン社)を組み合わせた方法を紹介していたと思います。

もちろん今はISOGEN法に代わる簡便な方法もあります。(その代わり高いです)

逆転写酵素が非常に高価なのでプロトコール書を参考に自分で方法をレポートにまとめて指導教官のチェックを受けたほうが良いです。

プライマーはインターナルコントロールとなるものは自分で設計せず、論文を探したほうがお勧めです。
その他の物も論文があるならば論文に従った方が良いです。設計のコツはタカラバイオのHPに詳しくのっていたと思います。

理想はゲノムDNAを増幅させないようにプライマーをイントロンを挟むように設計するのですが高度なテクニックが必要です。

その辺の対応策(DNase処理)なども指導教官とディスカッションされることをお勧めします。

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No.1850-4 - 2010/01/05 (火) 00:17:58 - Tb
老人の昔話のようになりますが、私が修士で入ったラボは、できたての小規模ラボで、ラボのテーマは光学系であり、専攻も境界領域をうたったところでまわりに生物系のラボは多くなく、しかも隣の分生ラボとは水利権争いで険悪、という状況でした。光学なるものがお題目でも、生化学的作業が必要であり、その知識を得るのは四苦八苦でした。
最近の傾向として、いろんな学部・専攻ができ、ラボもスタッフはボス一人のところも多いようにも思いますので、トピ主さんもそんな状況なのかなぁと想像します。
私の場合、結局、まずは実験書を読むことが一番でした。今ではインターネットもありますし、ザンキさんのおっしゃるように試薬会社のマニュアルは非常によく書かれているものもままあります。その知識を持った上で、どこかのラボに見学させてもらいに行くのがいいでしょう。基本操作な操作なら友達に聞くのもいいでしょう。ボスを通してなり、個人の人脈なり、社交は重要です。

その作業になれた先輩がいないところなら、試行錯誤になるのはしょうがないことです。ただ、いろいろ安全・環境に関するレギュレーションがかかってくることも多々あるので、手技だけでなくその辺の知識も学びながらやってください。

(無題) 削除/引用
No.1850-3 - 2010/01/04 (月) 17:21:07 - ザンギ
学生さんなら授業料を払った分だけ、給料を貰ってる教官から教育指導を受ける
権利があるはずですが...

こんな大学あるのかぁ...
ともかく「自分でプロトコルを調べて実験計画を立ててみなさい」という事
なら実験入門書を学部図書館等で探してみるべきでしょうね。
試薬などの購入が必要になるでしょうから、計画をたてたら実験に入る前に
教官にチェックしてもらうべきでしょう。


RT-PCRのプロとコールはタカラバイオとかTOYOBOのWEBサイトを参考にされる
とよろしいかと思います。

培養細胞からのRNA抽出とcDNA合成に関してはQIAGENのサイトがいいかもしれ
ません。

それから、僕の理解では培養細胞からcDNAを増幅するだけならP2実験室での
作業をする必要はないと思います。

(無題) 削除/引用
No.1850-2 - 2010/01/04 (月) 16:42:32 - み
周りに大学院生・指導教官はいないのですか?
あなたは学部生ですから教育を受ける義務があります。
教えてもらえない環境なら実験すべきではない気がします。
そもそもそのようなラボでP2レベルなどの環境が整っているのでしょうか?

自力で考えてやれ!と上の人が言うのは間違いですね。

たとえお隣のラボの人でも、指導教官をつてに指導を乞うべきです。
一般的な分子生物学に関するプロトコール本は図書にもあるのでは?

RT-PCR 削除/引用
No.1850-1 - 2010/01/04 (月) 15:47:25 - mimi
はじめまして。現在学部4回生のものです。

今度培養細胞に対しRT-PCRをおこなって目的遺伝子の発現有無を調べたいと思っています。RT-PCRの基本原理などは理解しているつもりですが初めてというのもありどうもイメージが湧いてきません。

培養細胞は付着性であり、おそらくそれを剥がしてサスペンションとし、そこからRNA抽出→cDNA合成→RT-PCRの順になるかと思います。それぞれの過程について経験者の方がいましたら注意点など詳細なご指摘いただけますでしょうか?

それとプライマーについては目的遺伝子のどの部分の配列を何塩基ぐらいで作製すればいいのでしょうか?プライマーを使ったりという遺伝子レベルの実験が初めてのため全く分かりません。この辺もできればお教え頂けると幸いです。

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