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(無題) 削除/引用 No.1842-4 - 2009/12/31 (木) 12:21:42 - 通りがかり 例えば一例ですが、 aaagggaaagggaaagggaaagggaaagggaaagggaaagggaaaggg tttccctttccctttccctttccctttccctttccctttccctttccc aaagggaaagggaaagggaaagggaaagggaaagggaaagggaaaggg tttccctttccctttccctttccctttccctttccctttccctttccc aaagggaaagggaaagggaaagggaaagggaaagggaaagggaaaggg tttccctttccctttccctttccctttccctttccctttccctttccc ......... というテキストがあるとして、正規表現を使って \n[agtc]+\n\n を \n に置換すれば、 aaagggaaagggaaagggaaagggaaagggaaagggaaagggaaaggg aaagggaaagggaaagggaaagggaaagggaaagggaaagggaaaggg aaagggaaagggaaagggaaagggaaagggaaagggaaagggaaaggg というテキストがすぐに取り出せます。

(無題) 削除/引用 No.1842-3 - 2009/12/31 (木) 12:11:03 - 通りがかり 元のデータを見ないと具体的な方法は示せませんが、正規表現を使えるエディタなら可能ではないかと思います。Mac なら mi（フリーウェア）や JeditX（シェアウェア）、Windows なら秀丸（シェアウェア）などが有名ですが、探せば他にもあるでしょう。 単純な正規表現だけでは難しいようなら、perl などでスクリプトを組めば一発です。おそらく数行〜十数行程度のスクリプトで済むでしょう。

単に力仕事で変換すればいいのでは？ 削除/引用 No.1842-2 - 2009/12/31 (木) 12:10:43 - ~ テキストファイルで、 1行目sense鎖 2行目antisense鎖 または、 1行目sense鎖 (行間に|などが入っている？) 2行目antisense鎖 3行目sense鎖 (行間に|などが入っている？) 4行目antisense鎖 ・ ・ という中身なのでしょうか？ そうであれば、メモ帳などのテキストエディタで開いて、欲しい配列を取り出せばいいと思います。 後者の形であれば、 １．エクセルから「開く」でテキストファイルを開く、 ２．1セットごとにカット＆ペーストして横に並べる ３．sense鎖のみを選択してメモ帳などに貼り付け でも出来ますが、よほど長い配列でもない限りはテキストエディタのみで編集しても時間は変わらないでしょう。 変換したいファイルが1個であれば、ここで次の書き込みを待っている間に変換が終わると思います。

二本鎖塩基配列の変換 削除/引用 No.1842-1 - 2009/12/31 (木) 11:24:01 - まやや 初投稿です、いつもここの情報は参考にさせて頂いてます。 とあるベクターの塩基配列情報のファイルを入手したのですが、その表記方法が二本鎖の相補配列の状態になっていました。 遺伝子解析ツールを使って制限酵素サイトを調べたりはなんとかできるんですが、解析結果が見にくいので困っています。 そこで、二本鎖のデータを一本鎖の状態に変換したいのですが、適当なツール(できればフリーで利用できる物で)はないでしょうか？ いつもはGENETYXを使って解析をしています(GENETYXでも二本鎖表記と一本鎖表記の表示切替はできますが、最初から二本鎖の配列情報のデータをコピーペーストしても一本鎖として認識されるようで、元データを一本鎖に変換することが出来ませんでした) どうぞ、宜しくお願い致します

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