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(無題) 削除/引用 No.1831-10 - 2010/01/08 (金) 19:43:22 - マウス 私も聞きたいんですが ベイズ法でのブートストラップに対応するものって何なんですか？ 論文に系統樹を載せたいんですがそこが足りない状況です

(無題) 削除/引用 No.1831-9 - 2010/01/02 (土) 22:01:15 - けん 私も追加で質問したいのですが 何を持って精度の高い系統樹と言うのでしょうか？ ザンギさんが紹介されているページでブートストラップをつければ 分子系統樹の論文としては完成度の高いものになるんでしょうか？

(無題) 削除/引用 No.1831-8 - 2010/01/01 (金) 08:17:06 - ザンギ 分子系統分類学を中心課題としている論文以外の、単に「クローニングして 新規配列を取得したので系統樹も書いてみました」レベルの論文では、いい 加減な系統樹がよく書かれています。 そういう論文ではブートストラップ確率などの系統樹の確からしさが示されて いないことが多いような気がします。 都合のいい系統樹を作図して論文のアクセサリーにしてるんでしょうか。

(無題) 削除/引用 No.1831-7 - 2009/12/30 (水) 18:39:08 - T.A. > 書かれている系統樹と全く同じファミリーの遺伝子をその系統樹に追加すると分岐が起こり > 元の系統樹が大きく歪みます > この場合どうしたらいいんですか？ > 加えた分子はかなり近縁にあり元の系統樹に枝が一本増えると思っていたのですが 解析に用いた配列に問題が無ければ、系統樹作成に使用したアルゴリズムの元ではその系統樹が確からしい、という事です。 ですので、配列を見直してみるのが一番だと思います。 十分なtaxaがあるか？ 配列のアライメントに問題は無いか？ 解析に用いた領域に問題は無いか？ 等、見直してみてはいかがでしょうか？ なお、アライメントソフトですが、clustalやMAFFTはともに良く使われているソフトですし、どちらを使用しても大丈夫だと思います。 ただ、個人的な印象としては、clustalはgapの扱いがあまり上手く無い気がします（パラメーターを色々いじればその辺は変わりますが）。 どちらのソフトを使うにしても、アライメント後の配列をご自身で確認してみるのが大事だと思います。

(無題) 削除/引用 No.1831-6 - 2009/12/30 (水) 08:48:16 - ひろ clustalとmaffpはどちらがベストなんでしょうか？ 調べてみたけれどもよくわかりません。

(無題) 削除/引用 No.1831-5 - 2009/12/29 (火) 23:38:05 - ザンギ http://align.bmr.kyushu-u.ac.jp/mafft/online/server/

(無題) 削除/引用 No.1831-4 - 2009/12/29 (火) 18:45:48 - あい 私も聞きたいんですが 配列を入れるだけで簡単にかつ高精度に系統樹を描けるサイトはありますか？

(無題) 削除/引用 No.1831-3 - 2009/12/29 (火) 15:25:18 - ひろ ご返信ありがとうございます。 アライメントソフトには、clastalW2等いろいろありますが、 どれがベストなんでしょうか？ 系統樹はNJかbayesが流行ですが。

(無題) 削除/引用 No.1831-2 - 2009/12/29 (火) 11:32:37 - ザンギ 多重配列の作成の仕方が重要です。 MAFFTでやってみてください。

系統樹のパラメータ 削除/引用 No.1831-1 - 2009/12/28 (月) 15:03:36 - ひろ 最近発表された論文を参考に分子系統樹を書いています 書かれている系統樹と全く同じファミリーの遺伝子をその系統樹に追加すると分岐が起こり 元の系統樹が大きく歪みます この場合どうしたらいいんですか？ 加えた分子はかなり近縁にあり元の系統樹に枝が一本増えると思っていたのですが

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