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シークエンスについて トピック削除
No.1814-TOPIC - 2009/12/24 (木) 12:33:14 - ship


シークエンスについて質問です。

3000bpくらいのものをシークエンスしたいと考えております。
その場合まず3000bpの部分をPCRかけてPCR産物を作ると思うのですが,普通のPCRの機械で3000bpもの広い範囲についてシークエンスできるPCR産物を作ることは可能なのでしょうか?
 
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(無題) 削除/引用
No.1814-4 - 2009/12/24 (木) 15:26:35 - ~
3000bpならば増やせると思いますが、配列や材料次第です。
増えれば、カラム精製くらいでシークエンシングに使えるテンプレートになるでしょう。

ところで、本当にPCRで増やしてから読む必要があるのですか?
材料によっては、PCRで増やさなくても読めます。

ゲノムからPCRで増やした場合、ヘテロな配列であれば1塩基に2つのピークが生じたり、ずれたりするでしょう。
クローニングすると、PCRのエラーを拾うかもしれませんが、その配列をそのまま使うことが出来るでしょう。
そのため、何のために読むのかと、どの段階のサンプルを読むのかは考えた方がいいと思います。

(無題) 削除/引用
No.1814-3 - 2009/12/24 (木) 13:16:05 - おお
出来る確率はそこそこあると思います。目的が分からないのですが、
どうせシーケンスの時に途中にプライマーが必要でしょうから、
全長でかからなかったら、そのプライマーを使ってわけて増幅
すると言うのも視野に入れるといいかと思います。

(無題) 削除/引用
No.1814-2 - 2009/12/24 (木) 12:37:25 - やま
テンプレートの綺麗さにもよると思いますが、
PCRで3kbpは余裕です。

シークエンスしたいのはゲノムですか?
ゲノムを抽出してPCRなら余裕です。
もし、コロニーPCRとかならちょっと厳しいと思います。

シークエンスについて 削除/引用
No.1814-1 - 2009/12/24 (木) 12:33:14 - ship


シークエンスについて質問です。

3000bpくらいのものをシークエンスしたいと考えております。
その場合まず3000bpの部分をPCRかけてPCR産物を作ると思うのですが,普通のPCRの機械で3000bpもの広い範囲についてシークエンスできるPCR産物を作ることは可能なのでしょうか?

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