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(無題) 削除/引用 No.1792-10 - 2009/12/22 (火) 11:53:24 - ats ギランバレー症候群が似たような例ですね。もっとも抗原は糖鎖ですが。

すいません。 削除/引用 No.1792-9 - 2009/12/22 (火) 09:52:11 - せきやま すいません。不勉強なもので、間違った知識を書いてしまったようです。もう一度勉強した上で考えます。免疫学の進歩はすさまじいようですね。よっしー様、どうもありがとうございました。

(無題) 削除/引用 No.1792-7 - 2009/12/21 (月) 15:30:34 - よっしー 自己と非自己の見極めという，免疫学の中でも中枢ともいえる， 非常に重要であり，またよく解っているようないないような分野の 仕事をしようとされているのでしたら，サプレッサーT細胞はまずいのではないでしょうか． まず，今現在わかっていることと，わかっていないこととを きっちり勉強し理解されることを勧めます． 免疫学は日々変化しています．フォローするのが大変です．

ありがとうございます。 削除/引用 No.1792-6 - 2009/12/21 (月) 15:16:29 - せきやま 皆様、初心者の私の具にもつかぬ話にお付き合いいただきまして、大変感謝しております！！ そうですね。話が漠然としすぎていますね。 とりあえず、extracellular domainに対してblastpでかけてみました。するとKlebsiella pneumoniaeのhypothetical proteinに対して14アミノ酸残基長において完全一致しておりました。 抗体ができて、アナジーを逃れたため（あるいはアナジーが破綻したため）に病気がおこったというシナリオは可能性があるのではないかと・・・。実際この病気は中高年の女性に多く、他の自己免疫疾患も合併するため、サプレッサーT細胞の機能低下による自己反応性B細胞の抑制の破綻が原因であると推察されます。 もちろんだからといってこの細菌に対する抗体が原因とは言えないことは承知しております。他の細菌のほかのタンパクに対して抗体ができてクロスしているかもしれないし・・・。 現在もうすこしいろいろin silicoで検索しようと思っております。 このような状況なのですが、何かアドバイス、批判などありましたら、どうぞ宜しくお願いします。

(無題) 削除/引用 No.1792-5 - 2009/12/21 (月) 06:06:30 - おお >[Re:4] ｙｔさんは書きました : 　 > ただ、一般的な抗体の特異性の高さを考えた場合、この方法論がどの程度「当たり」を拾えるのか疑問なのですがどうなのでしょうか？　ホモロジーと言う観点からすれば、例えば10アミノ酸中７個の一致があればホモロジーは高いと言えるでしょうが、エピトープとして考えると全く反応しない可能性の方が高いのではないでしょうか？ わたしもエピトープの抽出が難しいと思います。

(無題) 削除/引用 No.1792-4 - 2009/12/20 (日) 18:02:14 - ｙｔ 自分の狭い知識の範囲では自己免疫疾患に関与するような自己抗体と言うのは細胞内のものを抗原とするものが多い印象があるので、もし、その方法論が機能するのだとすれば細胞内の蛋白は当然カバーした方が良いでしょう。 　 ただ、一般的な抗体の特異性の高さを考えた場合、この方法論がどの程度「当たり」を拾えるのか疑問なのですがどうなのでしょうか？　ホモロジーと言う観点からすれば、例えば10アミノ酸中７個の一致があればホモロジーは高いと言えるでしょうが、エピトープとして考えると全く反応しない可能性の方が高いのではないでしょうか？

(無題) 削除/引用 No.1792-3 - 2009/12/20 (日) 15:15:25 - おお >[Re:1] せきやまさんは書きました : > １．ウイルスのものは見た限りではないように見えましたが、non redundantデータベースではウイルスは入っていないのでしょうか？あるいはたまたまでしょうか？ 実際どのデーターベースを使ったのか分からないので ご自分でお確かめください。多分ひっかからなかった だけだと思いますけど、、、 ウイルスのデーターベースでやる手もあると思います。 > > ２．知り合いに聞いたところ、短い配列はPSI-BLASTの方がいいよと言われたのですが、このような目的にはそのほうが良いのでしょうか？また大きな差はあるのでしょうか？ BLASTのアルゴリズムは、局所的な相同性を見つける方法論から 開発されたものですので、質問者さまの目的にはベターな選択だ とおもいます。 PSIBLASTはまず類似したたんぱく質をあつめて、その特徴を抽出して それをマトリクスにして比較的ホモロジーが少ないけど、特徴を 維持しているものをひっかけてくる時に使います。 多分質問者さまの目的にはあまりてきしてないかとおもえます。 > > ３．疾患によっては抗ミトコンドリア抗体とか、抗DNA抗体のように細胞内のものに対する抗体が原因であるばあいがあります。それを考慮すると、extracellularだけに絞るのは良くないのでしょうか？ 答えはないですね、、、細胞ないの物、核内のものでさえ ターゲットになりますから。そういう意味では全長のほうが いいでしょうね。 実際に患者さんの抗体とかおもちでしょうか?そうすると 切り刻んでどこがエピトープぶいかとか分かると思いますけど。

(無題) 削除/引用 No.1792-2 - 2009/12/20 (日) 14:26:39 - ats まず、in silicoでの検索は答えが得られるわけではなく、可能性を絞る・探るのが目的ですので、いろいろな条件で行ってみるのが基本です。 ですので、1)wirusに絞ってて検索する、２）やってみる３）やってみる、のが一番です。また、データの絶えず更新されているので、(検索項目にもよります）毎月一回くらいは行いましょう。 ご自分で検索をやり尽くしてください。

自己抗体の原因となる病原体検索 削除/引用 No.1792-1 - 2009/12/20 (日) 10:30:27 - せきやま いつも勉強させてもらっています。非常に初心者です。よろしくお願いします。 ある自己免疫疾患の自己抗体の産生メカニズムとしてウイルス感染、細菌感染の先行を考えています。 自己抗体のターゲットとなるタンパクはわかっておりまして、膜タンパクです。そこでそのタンパクのextracellular regionをクエリシーケンスとしてnon redundantデータベースに対してpBLASTを行いました。そうするといろんな種のいろんなタンパクがヒットしてきました。たいがいは自己抗体のターゲットタンパクのホモログタンパクでしたが、いくつか細菌性の別のタンパクもありました。 そこで質問させていただくのですが、 １．ウイルスのものは見た限りではないように見えましたが、non redundantデータベースではウイルスは入っていないのでしょうか？あるいはたまたまでしょうか？ ２．知り合いに聞いたところ、短い配列はPSI-BLASTの方がいいよと言われたのですが、このような目的にはそのほうが良いのでしょうか？また大きな差はあるのでしょうか？ ３．疾患によっては抗ミトコンドリア抗体とか、抗DNA抗体のように細胞内のものに対する抗体が原因であるばあいがあります。それを考慮すると、extracellularだけに絞るのは良くないのでしょうか？ 指導者が臨床主体で基礎にあまり強くないので（怒られますが・・・）、あまり詳しいことは聞けませんので、この場で皆様のお知恵を拝借できましたら助かります。

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