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in situのprobeの位置の記載法 トピック削除
No.1784-TOPIC - 2009/12/19 (土) 06:13:18 - 苦労人
論文のmaterial methodsを書いていて、ふと疑問に思いました。
多くの人がin situ hybridizationのプローブの位置を書き表すとき、
The probes corresponded to nucleotides 320-755 of GeneA(Acc.AB123456).
というような書き方をすると思うですが、
nt 320-755という書き方のとき、番号はどこから数えるのでしょうか？
普通に考えるとnt1というのはCDSの最初、すなわちATGのAが一番目となりますが、
cDNAは5'UTRも含まれているので、本当のところはどっちなんでしょうか？
methodsには特にCDSがどこかとか書かれていません。
本質的にはどうでもいいことだと思うのですが、すこし気になったので教えていただけると
嬉しいです。
　
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(無題) 削除/引用
No.1784-8 - 2009/12/22 (火) 09:49:29 - CJ
参考までに：
私の場合、genbank acc noと配列の番号を記載するようにしています。

(無題) 削除/引用
No.1784-7 - 2009/12/22 (火) 09:42:52 - Q
例えば、どの論文？

結構ある？

(無題) 削除/引用
No.1784-6 - 2009/12/22 (火) 04:00:16 - 苦労人
>Eiresさん

私も同感です。論文のマテメソは詳細省く人多いですよね。

>おおさん

そうですね。とりあえず、今は自分が書くときにどういうふう記載したらいいのかで
悩んでいます。DNAの番号のふりかたには、特に統一された方法などもないようですね。

(無題) 削除/引用
No.1784-5 - 2009/12/20 (日) 12:07:13 - おお
>[Re:3] 苦労人さんは書きました :

> The probes corresponded to nucleotides 320-755 of GeneA.
> という感じでアクセション番号が記載されていない論文も結構見かけるのですが、
> そういう場合はCDSから数えるのかなあなんて思ってました。

オーサーに聞いた方がよくね。

(無題) 削除/引用
No.1784-4 - 2009/12/19 (土) 19:41:04 - Eire
>苦労人さん

> アクセション番号が記載されていない論文も結構見かけるのですが、
> そういう場合はCDSから数えるのかなあなんて思ってました。
> そういうのは、あまり気になりませんか？

うーん、そうですね。全てではないかもしれませんが、そういう時はその遺伝子について参考文献があがっていませんか？ その場合は、その参考文献を引いて配列が載っているかチェックする、または NCBI を検索して、Ref にその参考文献と同じ文献があがっているものをチェックする、という感じでしょうか。
そういう情報が全くなく、ただ「gene A」とかなっているとお手上げですが..

話がずれて恐縮ですが、自分の論文を読んでくれる人を困らせないように、自分の論文には、読んだ人に無駄な苦労をかけないような記載をするのが大事と言うことでしょうか。これ、マテメソには特に言えることかもしれませんね。論文にあったメソッドを詳しく知りたくて、その論文で挙げてあった参考文献を読むと、別の参考文献が挙げてあっただけ、それも著者ははじめの論文と同じ人.....というのもよく経験します。

(無題) 削除/引用
No.1784-3 - 2009/12/19 (土) 14:02:54 - 苦労人
>Eireさん

コメントありがとうございます。
アクセション番号がある場合は、確かにそう考えるのが自然ですよね。

The probes corresponded to nucleotides 320-755 of GeneA.
という感じでアクセション番号が記載されていない論文も結構見かけるのですが、
そういう場合はCDSから数えるのかなあなんて思ってました。

そういうのは、あまり気になりませんか？

(無題) 削除/引用
No.1784-2 - 2009/12/19 (土) 08:56:04 - Eire
UTR, CDS に関係なく、そのアクセション番号の cDNA の 5'-end を1番目の塩基と数えるのではないでしょうか。ある CDS 全長を含む cDNA があったとき、CDS xxx-xxxx のように「CDS はこの cDNA の xxx から xxxx まで」という記載がありますから。

in situのprobeの位置の記載法 削除/引用
No.1784-1 - 2009/12/19 (土) 06:13:18 - 苦労人
論文のmaterial methodsを書いていて、ふと疑問に思いました。
多くの人がin situ hybridizationのプローブの位置を書き表すとき、
The probes corresponded to nucleotides 320-755 of GeneA(Acc.AB123456).
というような書き方をすると思うですが、
nt 320-755という書き方のとき、番号はどこから数えるのでしょうか？
普通に考えるとnt1というのはCDSの最初、すなわちATGのAが一番目となりますが、
cDNAは5'UTRも含まれているので、本当のところはどっちなんでしょうか？
methodsには特にCDSがどこかとか書かれていません。
本質的にはどうでもいいことだと思うのですが、すこし気になったので教えていただけると
嬉しいです。
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