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(無題) 削除/引用 No.1780-12 - 2009/12/18 (金) 17:03:18 - 千夏 通りがかりさん 　ありがとうございます！なるほど〜。この仮説でしたらNixが供給される限りにおいて常に分解され続けますね！E3 ligaseとユビキチン化部位を決めることができたらinhibitorとして使えたりするかも！？ちょっと発現が増加してそうなE3 ligaseをpick upしてみます！！

たとえば 削除/引用 No.1780-11 - 2009/12/18 (金) 16:12:58 - 通りがかり プロテアソーム分解に先立ってユビキチン化が起きていると予想されます。 多くの場合、ユビキチンリガーゼは自分自身をユビキチン化して恒常的に分解しており、定常状態での蛋白レベルは低く保たれています。しかし、基質となる蛋白が別に現れればユビキチン化能がそちらに振り向けられ、自己ユビキチン化が相対的に低下して蛋白レベルが上昇してきます。とはいえ、翻訳が必要なので一定のタイムラグが存在します。 こういった事を元に考えると、転写の活性化を伴わなくても、時間と共にユビキチンリガーゼ蛋白量が増加し、３６時間後には合成された Nix 蛋白を即座にユビキチン化→分解へと導くレベルに達する、というモデルも想定可能かと思います。

(無題) 削除/引用 No.1780-10 - 2009/12/18 (金) 13:00:01 - 千夏 >アポトーシスが４０％と測定している母数は何でしょうか？ 母数はNixが発現している細胞です。文章抜き出しておきました！↓ apoptotic cells were quantitated at the times indicated by counting the percentage with apoptotic nuclear morphology by Hoechst staining of Nix expressing cells. Cells transfected with mNix were identified by immunofluorescent staining of anti-T7 antibody. ちなみにtagはC末についていて、C末についていないと検出できないそうです。11 kDaのバンドもtagで検出されています！！

(無題) 削除/引用 No.1780-9 - 2009/12/18 (金) 12:30:50 - ザンギ リンクの論文を精読してないことがばればれですが．．． 半分くらいの生き残ってる細胞には遺伝子が導入されてるか否かは示されて ますか？ あるいは、 アポトーシスが４０％と測定している母数は何でしょうか？ と、読み替えていただけると助かります。 遺伝子の導入された細胞が４０％で、それが全部死んでしまった場合にも そういう測定結果になりえますよね。 通常は遺伝子導入効率が１００％になるとは思ってないので、そういう解釈 をしました。見当違いでしたら、ごめんなさい。

(無題) 削除/引用 No.1780-8 - 2009/12/18 (金) 11:36:52 - 院生 遺伝子のアップレギュレート等に話題が変わっているなか失礼します。 >[Re:4] 千夏さんは書きました : > >ザンギさん > 論文のデータだと36時間で40％ぐらいの細胞がapoptosis起してるんですけど、まだ半分は生きてるからメインバンドあってもいいんじゃないかなぁとかかんとか・・・。 私も素直に『まだ半分は生きてるからメインバンドあってもいいんじゃないかなぁ』と思いました。 それで... >でも死んじゃったんじゃないの？ってのはそう言われると心休まるものがあります、なぜかしら。 『死んじゃったんじゃないの？』って、 この場合の細胞死は何によるものなのですか？（apoptosis？） apoptosisだったとしても、36時間後に60％の細胞は生存しているわけで、生存していればメインバンドが出てもおかしくないようなぁ・・・ 何か勘違いをしていたら、すみません。

(無題) 削除/引用 No.1780-7 - 2009/12/18 (金) 11:36:06 - 千夏 >おおさん あ、カルパインとか適切な環境でないと自己消化がおこってしまい、 すぐなくなってしまうようです。過剰発現するとオーバーフローして あとから合成されるものは排除されるとかいう考え方もあるのかなぁ。 →応用していけばKOの新たな実験手技が開発できそうなニオイがします！ご教授ありがとうございます！！

(無題) 削除/引用 No.1780-6 - 2009/12/18 (金) 11:12:31 - おお あ、カルパインとか適切な環境でないと自己消化がおこってしまい、 すぐなくなってしまうようです。過剰発現するとオーバーフローして あとから合成されるものは排除されるとかいう考え方もあるのかなぁ。

(無題) 削除/引用 No.1780-5 - 2009/12/18 (金) 11:00:31 - おお > >おおさん > 何かポジティブフィードバックというか、プロテオリシスにかかわる > 遺伝子(たんぱく質)がアップレギュレートされて、 > ターゲットの全長のタンパクのプロセッシングが加速するとかあったらおもしろいなーというか、知らないので誰か知ってるかなーという期待もあったり！！できたら即壊すとか、どんだけそのタンパク嫌いなのかと！！ カスペース何かだとそういうことが顕著に起こるかもなあって、、、 いちど活性化したら、フィードパックもかかるし。

(無題) 削除/引用 No.1780-4 - 2009/12/18 (金) 09:38:52 - 千夏 レスの速さにびっくりしました！ありがとうございます！！ >ザンギさん 論文のデータだと36時間で40％ぐらいの細胞がapoptosis起してるんですけど、まだ半分は生きてるからメインバンドあってもいいんじゃないかなぁとかかんとか・・・。でも死んじゃったんじゃないの？ってのはそう言われると心休まるものがあります、なぜかしら。 >おおさん 何かポジティブフィードバックというか、プロテオリシスにかかわる 遺伝子(たんぱく質)がアップレギュレートされて、 ターゲットの全長のタンパクのプロセッシングが加速するとかあったらおもしろいなーというか、知らないので誰か知ってるかなーという期待もあったり！！できたら即壊すとか、どんだけそのタンパク嫌いなのかと！！

(無題) 削除/引用 No.1780-3 - 2009/12/18 (金) 09:14:22 - おお 確かに死んじゃったかも、、、 何かポジティブフィードバックというか、プロテオリシスにかかわる 遺伝子(たんぱく質)がアップレギュレートされて、 ターゲットの全長のタンパクのプロセッシングが加速するとか、、、

(無題) 削除/引用 No.1780-2 - 2009/12/18 (金) 09:05:25 - ザンギ 細胞が死んじゃったとか？

合成されなくなる？？ 削除/引用 No.1780-1 - 2009/12/18 (金) 08:59:53 - 千夏 PMID: 9867803の論文Figure2B左のパネルについて少し教えてもらいたいのですが、Rat1 cellにmNixをtransient transfectionするとメインの48kDaのバンドに加えて18時間後からproteasomeによって分解された産物と考えられる11kDaのバンドがでてきます。 11kDaのバンドは経時的に増えていくのに対し、48kDaのバンドは最終的にまったく観察されなくなります（36時間後）。 transientとはいえ、36時間後にまったく48kDaのバンドが観察されなくなる理由はなんなんでしょうか？？イメージとしては48kDaのバンドが多少なりとも減りつつもなくならず、11kDaのバンドが増えていくんじゃないかなーと思うのですが、なんか基本的なことを私が理解してないのかもと思い・・orz よろしくお願いいたします！m(_ _)m

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