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PFGE(CHEF)のバンドサイズ
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No.1771-TOPIC - 2009/12/16 (水) 16:55:25 - じぇのむ
パルスフィールドゲル電気泳動(CHEF)のバンドサイズを算出の方法を教えていただきたく投稿しました。
CHEFで得られたあるバンドのサイズをウェルからの泳動距離をもとに算出したいと思っています。サイズの分かっているバンドの泳動距離から検量線を作り、求めたいバンドのサイズを算出することは可能でしょうか?
調べたところ、泳動の条件がいくつもパラメータになっている何やらややこしい計算法がいくつかの論文に出ているようですが、もっと簡単に算出する方法はございませんか?
ご指導の程よろしくお願いします。
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No.1771-2 - 2009/12/16 (水) 17:28:52 - ~
昔使っていたときは、単に検量線を描いてみていました。
マーカーよりも上か下かであれば、目で見ても分かるでしょう。
マーカーのバンド間内に2つ以上のバンドがでる場合は厳しいかもしれません。その場合は、いいサイズのマーカーを使ったり、制限酵素でいらないバンドを切った方が安心できます。
ややこしい式は、泳動時間を概算するための移動度を計算する式しか見たことがありませんが、
マーカーのバンドを入れる部分がある式なのでしょうか?
PFGE(CHEF)のバンドサイズ
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No.1771-1 - 2009/12/16 (水) 16:55:25 - じぇのむ
パルスフィールドゲル電気泳動(CHEF)のバンドサイズを算出の方法を教えていただきたく投稿しました。
CHEFで得られたあるバンドのサイズをウェルからの泳動距離をもとに算出したいと思っています。サイズの分かっているバンドの泳動距離から検量線を作り、求めたいバンドのサイズを算出することは可能でしょうか?
調べたところ、泳動の条件がいくつもパラメータになっている何やらややこしい計算法がいくつかの論文に出ているようですが、もっと簡単に算出する方法はございませんか?
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