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酵母の核局在を示すマーカーとなるタンパク質とは? トピック削除
No.177-TOPIC - 2009/03/12 (木) 19:26:00 - コウボリアン
 酵母(セルビシエ)で異種の組換えタンパク質発現をしていますが、そのタンパク質(animalでは核に局在することが分かっています)の酵母細胞内での局在をみたいと思っています。
 酵母の細胞を破砕して、遠心分離にておおまかに核と細胞質を分けて、westernをしたところ、核に局在している様子が見られました。

 が、コントロールが必要なのでは?とのアドバイスを頂きました。確かにその通りなのですが、酵母S. cerevisiaeで核に局在するタンパク質でマーカー(細胞染色でなくwesternでお願いします)として最もよく用いられているタンパク質とその抗体をご存知の方がいらっしゃったら、教えて頂けると助かります。マーカーとなる核タンパク質でもかまいませんので、どうぞよろしくお願いします。
 
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(無題) 削除/引用
No.177-4 - 2009/03/13 (金) 23:54:04 - qq
yeastgfp.ucsf.edu  (たった今、アクセスが不調だけど)
と、PMID: 17646347
が何かのお役に立てるとよろしいです。
Histoneなんかじゃあだめなのかねえ?
Nop1pの局在は核小体のようですが、WBで核の検出としてならよいのかもしれませんね。

確かに 削除/引用
No.177-3 - 2009/03/12 (木) 22:27:58 - コウボリアン
 それほど厳密な実験をしたいわけではないのですが、それは確かにあるにこしたことはないですね。
 まあ、サイトゾルにいるタンパク質は山ほどありますが、やはりTCAサイクル内の蛋白質などが妥当なのでしょうか?
 核に局在しているタンパク質にせよ(ヒストン、DNAポリメラーゼetc)、サイトゾルにいるにせよ(GAPDH etc)、そういったタンパク質は当然分かっていますが、局在をみるfigをつくるさいに酵母で最もmajorなタンパク質は?というのが質問です。(ヒトだと簡単にわかるんですが・・・)
 染色するのが一番確実なのも分かっていますが、なにせ異種タンパク質なので、やや局在が微妙であるということと、論文の構成上そこまでして出す必要性がないといった理由で、まさサンプルの残っているwesternでやってしまおうと思っています。(supplementalにのるかのらないかも微妙なのですが、手元にとっておくにこしたことはないといった感じです)

 とりあえずいくつか見てみましたが、やはり皆様免疫染色で局在をみているものが多く、その際にはNop1pという核膜のタンパク質をCtrlにしているものが幾つかありました。これを使ってwesternで同じことをやるのはありなんですかね?

(無題) 削除/引用
No.177-2 - 2009/03/12 (木) 21:23:32 - qq
コントロールには、核であるコントロールと、核以外でないコントロールの両方が必要ですよね。核のコントロールなら、核タンパク質のWBでも、DNAの定量でもいいはずですが、核以外でないコントロールに、何を取りますか?

酵母の核局在を示すマーカーとなるタンパク質とは? 削除/引用
No.177-1 - 2009/03/12 (木) 19:26:00 - コウボリアン
 酵母(セルビシエ)で異種の組換えタンパク質発現をしていますが、そのタンパク質(animalでは核に局在することが分かっています)の酵母細胞内での局在をみたいと思っています。
 酵母の細胞を破砕して、遠心分離にておおまかに核と細胞質を分けて、westernをしたところ、核に局在している様子が見られました。

 が、コントロールが必要なのでは?とのアドバイスを頂きました。確かにその通りなのですが、酵母S. cerevisiaeで核に局在するタンパク質でマーカー(細胞染色でなくwesternでお願いします)として最もよく用いられているタンパク質とその抗体をご存知の方がいらっしゃったら、教えて頂けると助かります。マーカーとなる核タンパク質でもかまいませんので、どうぞよろしくお願いします。

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