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(無題) 削除/引用 No.1768-18 - 2009/12/17 (木) 16:40:25 - 通りがかり > これらはinstaller.shを起動させてみてのトラブルです． installer.sh の中身を見ると、ここにもバグがありました。 このスクリプトでは OS のバージョンに応じて適した autodock, autogrid のバイナリをコピーするようになっています。例えば OS X 10.5 だと leopard ディレクトリの中のものをコピーするわけですが、ダウンロードしてきたファイルは bin_leopard フォルダの中にバイナリが入っています。そりゃうまく行きません。その時に出るエラーも表示しないようにしてあるので、ますます原因が掴みにくくなっています。 ということで、手動でコピーするか、bin_leopard フォルダを leopard に書き直してから installer.sh を実行するかすればうまく行くのでは。

(無題) 削除/引用 No.1768-17 - 2009/12/17 (木) 16:13:23 - 通りがかり どこからコメントすればいいやら．．． > The current user doesn't have enough privileges to install メッセージの通りで、システムを操作する権限がないということです。 管理者パスワードをお持ちなら、sudo コマンドを使えば実行できるはずです。 > binフォルダについては自分でフォルダを作ってみたのですが /usr はユーザーフォルダではありません。Finder からは不可視になっています。Finder 上でフォルダを作っても無意味です。 基本的な知識が欠けているので、的外れな操作を繰り返しておられるように見えます。 「Mac OS X 10.5 Leopard UNIX的システム構築」「Mac OS X v 10.5 Leopard as UNIX」等々の本が市販されてますので、まずはそれを読んで系統的に勉強されることをお勧めします。

binについて 削除/引用 No.1768-16 - 2009/12/17 (木) 16:08:27 - おーっとびっくり MacHDにはbinが不可視項目として入っているので、こいつを認識していないと思ってます．また、これらはinstaller.shを起動させてみてのトラブルです． 先程書き入れた自己作成フォルダのbinは、/users/XXXの中に作成しました（勿論入りませんです）. また、管理者でPCログインしてますが、これも無視されている、ということでしょうか．何度もログインしては、の繰り返しをしてますが、変わりません．

(無題) 削除/引用 No.1768-15 - 2009/12/17 (木) 15:08:32 - おーっとびっくり 通りすがり様 ご助言をありがとうございます．passwordについては認識されているのかどうなのかわかりませんが、 ### ERROR ### The current user doesn't have enough privileges to install AutoDock files in the path: => /usr/bin Try to run the installer as root or Administrator user, or follow the instructions for the manual installation. # ERROR! Installation aborted # とでてきます．binフォルダについては自分でフォルダを作ってみたのですが、認識してくれてないようです．場所を間違えてるのか、と思ったので、ユーザーフォルダの中に単独で、また共有フォルダ内にも、localフォルダも作ってその中にも、と試しましたが、同じでした． （ターミナルはautodockをインストールする際、xtermになっちゃいましたー） 誠にお手数をおかけ致しますが、ご助言＝お助けをお願い致します．

(無題) 削除/引用 No.1768-14 - 2009/12/17 (木) 14:50:14 - 通りがかり > これを機にUNIXを勉強することをおすすめします． > コマンドを実行して出てきたメッセージの意味が > わからないとこれから先厳しいですよ． という KONN さんの意見に賛成です。 例えば OS X で /usr/local/bin/ がないという事はよほど OS X に詳しい人でないと知らないでしょうが、bash: autogrid4: command not found と出た時に、 echo $PATH でパスが通っているかどうか確認したり /usr/local の中をチェックしたりすれば、すぐに原因は突き止められるわけです。特に Mac の場合はマイナーですから情報が不十分である事も多く、自力で解決する場面はどうしても多くなります。 今見ると、OS X 用の AutoDock パッケージにはインストール用のシェルスクリプトが付属しているようですね。この場合、/usr/bin にインストールされるようになっているので、これを実行すればいいでしょう。

(無題) 削除/引用 No.1768-13 - 2009/12/17 (木) 14:09:17 - 通りがかり AutoDock については何も知りませんが、それ以前の UNIX の操作で躓いているように思えます。 まず、Password はタイプしても画面上には何も表示されないのが正常です。ちゃんと入力はされているはずです。 あと、 http://autodock.scripps.edu/faqs-help/faq/how-do-i-install-autodock-on-linux-and-mac-os-x に従ってインストールしているかもしれませんが、この記述は不正確です。 OS X では /usr/local/ は通常空っぽです。bin ディレクトリもありませんから、mv autogrid4 /usr/local/bin を実行すると bin というファイルとしてコピーされてしまいます。当然パスも通ってません。bash: autogrid4: command not found というエラーはこれが原因と思われます。 解決するには自分で /usr/local/bin ディレクトリを作ってパスを通しておくか、/usr/bin など別の場所にコピーするかです。 それから、xterm でも別に問題はないですが、アプリケーション＞ユーティリティーの中にある「ターミナル」を使った方が楽ですよ。

xtermに問題？ 削除/引用 No.1768-12 - 2009/12/17 (木) 13:11:28 - おーっとびっくり ご助言をありがとうございます． 仰せに従い、installのし直しをすべく、xtermを起動させるのですが、Passwordを入れることが出来なくて一晩経ってしまいました． 全く違うところでの突っかかりがまたでてきてしまいました． user passwordの設定はしているのですが、ここのところだけがタイプしても何も入らないんです． なにかご存じないでしょうか． 時間がかかるのかと思って放置しても同じです． PCの問題でしょうか．

(無題) 削除/引用 No.1768-11 - 2009/12/17 (木) 08:41:36 - KONN autogrid4のpathが通っていないだけでは？ また，AutoDockのドキュメントを読んでみたほうがよいでしょう． 特にインストールや初期設定関連を． これを機にUNIXを勉強することをおすすめします． コマンドを実行して出てきたメッセージの意味が わからないとこれから先厳しいですよ．

(無題) 削除/引用 No.1768-10 - 2009/12/17 (木) 00:01:34 - z xtermで、”which autogrid4”を実行してください。 Macのautodock4.2（今ダウンロードしてみました）のデフォールトでは、"/usr/bin/autogrid4"　になっていると思います。これが、desktopなんかにあると調子悪いかもしれません。インストールしなおしてください。 実行する時のcurrent directory（フォルダね）をpdbqtやパラメータファイルの置いてある所にしなくてはいけません。autodock4は、すべてのファイルはcurrent directoryにあると信じています。 そこで、（失礼ですが、terminalに初心者であると仮定して、）まず、 １）xtermを起動して、”cd /users/XXX/desktop/autodock/autodock4/universalDarwin8/tutorial4/results4" を実行し、results4に移動します。 ３）”pwd”　を実行すると、current directoryが表示されますから、 /users/XXX/desktop/autodock/autodock4/universalDarwin8/tutorial4/results4 が表示されるはずです。 ４）autogrid4を実行してみてください。 きっと、もう少しです。

(無題) 削除/引用 No.1768-7 - 2009/12/16 (水) 23:30:31 - z Macの部分はぜんぜん判らんので、お助けになりそうもありませんが、 1) autodock4は、適切なフォルダにインストールされているでしょうか？ 2) autodock4, autogrid4は、最新のものを使っていますか？コマンドのなかでautogrid4ではなくautogridと出ていたのが少し気になります。 以下のページからダウンロードしなおしては如何でしょう？ http://autodock.scripps.edu/downloads/autodock-registration/autodock-4-2-download-page/

(無題) 削除/引用 No.1768-6 - 2009/12/16 (水) 23:11:07 - おーっとびっくり 今またdemoをやってみた結果を以下のように表記されました．（しつこく場所を指定してみました） u071063:~ XXX$ /users/XXX/desktop/autodock/autodock4/universalDarwin8/autogrid4 -p /users/XXX/desktop/autodock/autodock4/universalDarwin8/tutorial4/results4/hsg1.gpf -l /users/XXX/desktop/autodock/autodock4/universalDarwin8/tutorial4/results4/hsg1.glg & [3] 294 [2] Exit 127 autogrid4 -p /users/XXX/desktop/autodock/autodock4/universalDarwin8/tutorial4/results4/hsg1.gpf -l users/XXX/desktop/autodock/autodock4/universalDarwin8/tutorial4/results4/hsg1.glg u071063:~ XXX$ /users/XXX/desktop/autodock/autodock4/universalDarwin8/autogrid4: ERROR: can't find or open receptor PDBQT file "hsg1_rigid.pdbqt". /users/XXX/desktop/autodock/autodock4/universalDarwin8/autogrid4: ERROR: Unsuccessful completion. hsg1_rigid.pdbqtもhsg1_flex.pdbqtも同じresults4フォルダに一緒に入ってます．？どうして？

(無題) 削除/引用 No.1768-5 - 2009/12/16 (水) 22:51:08 - おーっとびっくり 訂正します． autodock/gridのふたつは一緒ですが、moleculeのファイルとは別にしてます、が正しい表現でした． 元の大枠ファイルは一緒ですが、中で小分けにしてて、universalDarwin8のなかにautodock/gridを、別のフォルダにpdbから派生したデータを格納してます．

(無題) 削除/引用 No.1768-4 - 2009/12/16 (水) 22:47:33 - おーっとびっくり まいどまいど、大変お世話になります． Macのxtermで起動させたところ、以下のような表記がでました．autodock4も同様です． u071063:~ XXX$ /users/XXX/desktop/autodock/autodock4/universalDarwin8/autogrid4 usage: AutoGrid -p parameter_filename -l log_filename -d (increment debug level) -h (display this message) --version (print version information, copyright, and license) 次にautogrid -p molecule.gpf -l molecule.glg & を起動させると、bash: autogrid4: command not found　と表記されます． ligand、receptorの各データはひとつのフォルダに入れてますが、autodock/gridは別になってます．これがよくないのでしょうか． また、同様に行っても開けなかったとか見つからなかった（上記のように）の表記がでたりもします． tutorial demo fileでも同様です． 再びお手数をおかけ致しますが、どうぞご助言をお願い致します．

(無題) 削除/引用 No.1768-3 - 2009/12/16 (水) 20:36:07 - z Macですよね。Linuxでは、MGLToolからうまくAutogridやAutodockを起動できない事があります。 そんな時は、コンソール（Bashのterminal）を開いて、 １）autogrid4　と　autodock4　を実行して、autodock4とautogrid4がインストールされていることを確認します。インストールされていなければ、インストールしてください。 ２）コンソールのディレクトリーをgpfファイル、dpfファイルのあるフォルダーに移動してください。 ３）macromolecule_rigid.pdbqtとmacromolecule_flex.pdbqtとligand.pdbqtファイルが同じフォルダにあることを確認してください。よそにあれば、同じフォルダに持ってきてください。 ４）"autogrid4 -p macromolecule.gpf -l macromolecule.glg &" を実行してください。更に ”tail -f macromolecule.glg”を実行すると、出力を確認できます。 ５）出力が終了したら、Ctrl-C（Macでも同じかなあ？）でtailを終了してください。 ６）同様に、autodock4をコンソールで実行します。きっとこんな感じです。”autodock4 -p ligand.dpf -l ligand.dlg &” これは少し時間を要します。ヒマなので、"tail -f ligand.dlg"　で出力をモニターします。 終了したら、Ctrl-Cでtailを終了してください。 まずは、同梱されているtutorialのデモファイルでautogrid4とautodock4を実行してみてください。

AutoDockの使い方（glg file、AutoGrid、process manager.....) 削除/引用 No.1768-1 - 2009/12/16 (水) 11:32:07 - おーっとびっくり 一度終了したようにしてましたが、再びお騒がせします． いろいろ試してきたのですが、どうしても最後のところで躓いてます． 最後の最後で、glg fileが出来てこない、process manegerが出て来ない、などがあり、結局解析することが出来ないままになってます． 準備するファイルなどの確認は出来ており、設定のミスが原因では、と思っておりますが、どこにあるのかが判りません． また、tutorialに従ってみたものの、同じことが起きてます． ご助言を頂きたく、よろしくお願い致します．

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