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(無題) 削除/引用 No.1762-7 - 2009/12/18 (金) 08:22:53 - おお アイソフォームは多分スプライシングアイソフォームですから、 スプライシングを強制する方法も取れるかもしれないなァと おもいました。 >設計ソフトを使わないと実験できないという発想 これって多分なんか宗教みたいなもんでしょうかね。

(無題) 削除/引用 No.1762-6 - 2009/12/17 (木) 17:07:56 - う 設計ソフトでヒットしなかった これが理由でどうしようとか、実験できないとか言う人 いるとは思いませんでした。 設計ソフトで作ったとしても必ず成功するものでもないし、 設計ソフトを使わなかったとしても成功しないというものでもない。 まず、設計ソフトを使わないと実験できないという発想をすることから 考え直すべき。

貴重なアドバイスありがとうございました 削除/引用 No.1762-5 - 2009/12/17 (木) 11:07:36 - ヨウヨウ ＞No.1762-4さんへ siRNAのターゲット配列のデザインも進化していっているのですね。知りませんでした。貴重なアドバイスありがとうございました。大変参考になりました。

(無題) 削除/引用 No.1762-4 - 2009/12/15 (火) 20:08:49 - ~ 考え方としては、 isoform 1が抜けたギャップ部分を含む配列で設計 でしょうけれども、それで候補が作れないのであれば、 ノックアウト＋cDNA導入などの方法も考えてはいかがでしょうか。 一応、目で読むと、 http://ui-tei.rnai.jp/RNAi-navi/design.html#f1 で書かれている設計方法を使えば、 gagg（60塩基）cttcagggat gactt が1,2,3,4の条件を満たしているので、効くかもしれません。 ただ、1個しかないので、オフターゲットがどうと言う問題になると苦しいでしょう。

(無題) 削除/引用 No.1762-3 - 2009/12/15 (火) 17:38:48 - え？？？？？？ >[Re:2] え？？さんは書きました : > 配列提示して大丈夫ですか？ > 何を標的にしているかバレちゃいますよ？？ 分かったところで何だと言うのやら・・・

(無題) 削除/引用 No.1762-2 - 2009/12/15 (火) 15:34:50 - え？？ 配列提示して大丈夫ですか？ 何を標的にしているかバレちゃいますよ？？

特定のisoformに対するsiRNAターゲット配列の設計 削除/引用 No.1762-1 - 2009/12/15 (火) 14:47:06 - ヨウヨウ isoformが2種類あるタンパク質（isoform 1がisoform 2よりアミノ酸20残基長い）のうち、短いisoform 2に特異的なsiRNAを設計したいと考えています。そのためその20アミノ酸の配列をまたぐようなターゲット配列がないかいくつかの設計ソフトを使って探してみたのですが、候補となる配列がヒットしませんでした。この場合どうすればよいか、どなたかご存知の方、教えていただけると大変助かります。ちなみにその前後の配列（30塩基ずつ）は attcagaaaa ggtggaccag atgacagagg（isoform 1の60塩基）cttcagggat gacttcttag ggggcagggg です。 よろしくお願いいたします。

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