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ChIPのときの接着細胞のはがし方 トピック削除
No.174-TOPIC - 2009/03/12 (木) 09:01:25 - うーん
接着性の培養細胞をシャーレで培養し、ChIPを行う際、クロスリンクした後に、scrape(はがしとる)で細胞を回収するのはどうしてでしょうか。

トリプシン等で細胞を回収→wash→クロスリンクではまずいのでしょうか?
これなら細胞数を計数してクロスリンクができる気がするのですが。
確かに目的のタンパク質が分解されたり、リスクが高い気もします。
 
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なるほど。 削除/引用
No.174-3 - 2009/03/12 (木) 11:00:29 - うーん
ありがとうございます。
そういう理由でしたか。

培養しているdishに直接入れるという発想はありませんでした。
培地には血清も入ってますし、かなりの高タンパク質溶液ですよね。
うまく固定化されるのか心配な気もしますが、結果を考察する上では妥当な方法だと思います。

参考になりました。ひとまずscrapeでやってみます。

(無題) 削除/引用
No.174-2 - 2009/03/12 (木) 10:22:42 - りょう
細胞がまさしく培養(増殖・維持)されている状態での現象を観たいわけですから、トリプシンなどの処理で状態が変化(またはあらゆる刺激が加わった)した時点で固定するのはよろしくないでしょう。

浮遊細胞でも回収してPBSでwashしてから固定する人と、培養されているdishにホルムアルデヒド固定液を直接入れる人といるでしょうが、同じ理由で、僕は後者を選びます。

ChIPのときの接着細胞のはがし方 削除/引用
No.174-1 - 2009/03/12 (木) 09:01:25 - うーん
接着性の培養細胞をシャーレで培養し、ChIPを行う際、クロスリンクした後に、scrape(はがしとる)で細胞を回収するのはどうしてでしょうか。

トリプシン等で細胞を回収→wash→クロスリンクではまずいのでしょうか?
これなら細胞数を計数してクロスリンクができる気がするのですが。
確かに目的のタンパク質が分解されたり、リスクが高い気もします。

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