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(無題) 削除/引用 No.1724-15 - 2009/12/14 (月) 14:55:21 - Pumpkin >cDNA合成はフラットでも可能、PCRはドームじゃないと駄目 これは、迷信じゃないですかぁ。私は毎日のようにqPCRしますが、光学測定のためにチューブ蓋はフラットだし、エッペンドルフの蓋は凹型のやつとかありますよ。それに、96wellなんてシールだし。

(無題) 削除/引用 No.1724-14 - 2009/12/14 (月) 13:43:12 - たまご レスありがとうございました． >僕は大学院に入りたてのときに、 >cDNA合成はフラットでも可能、PCRはドームじゃないと駄目と習いました。 >熱効率や、サーマルサイクラーにセットしたときのblockへのfit感の違いと聞きましたが、実際に自>分では試したりはしていません。 そうですか．情報ありがとうございます． チューブの壁がブロックに隙間なく密着していて キャップ部分への加熱（ホットリッド）もしっかりできていれば どちらでも構わないような気がするのですが． >液が減ったことは、僕もありますが、 >そのときは、蓋が完全に閉まってなかったときと、blockの中にsample plateの欠片が入っている >のに気がつかずにセットした時でした。 その可能性も考えて，最近穴の中をきれいに掃除してからやってみましたが やはり減っているものがありました． なので，今別のメーカーのものを取り寄せているところです．

(無題) 削除/引用 No.1724-13 - 2009/12/14 (月) 01:28:04 - 名無し たまごさん 僕は大学院に入りたてのときに、 cDNA合成はフラットでも可能、PCRはドームじゃないと駄目と習いました。 熱効率や、サーマルサイクラーにセットしたときのblockへのfit感の違いと聞きましたが、実際に自分では試したりはしていません。 液が減ったことは、僕もありますが、 そのときは、蓋が完全に閉まってなかったときと、blockの中にsample plateの欠片が入っているのに気がつかずにセットした時でした。

ドームとフラット 削除/引用 No.1724-12 - 2009/12/11 (金) 08:54:15 - たまご もう１つ，あまり関係ないのですが質問させてください． キャップの形状にドームとフラットってありますが なぜでしょうか？ 使い分けなどあるのでしょうか？ 今まで深く考えことがありませんでした． 経験的にというか，学生の頃からずっとドームなのですが フラットの方が文字などが書きやすいので良いのではないかと 思い始めました． ほんと，素人質問で申し訳ありません．

(無題) 削除/引用 No.1724-11 - 2009/12/11 (金) 08:37:44 - たまご レスありがとうございます． 減りかたは，「蓋に水滴はついていないが減っている」です． どれくらい減っているかについてですが， 反応前に例えば20microL（反応液量は10-100ですが， 減りが気になるのはやはり10-20の時です．）に調製し，スピンダウン後 すべてのチューブの液面が，目視では全く差が無いのだが PCR終了後には，液面の高さが明らかに低いものがあるって言う具合です． 不良のロットだったのかもしれませんね． 話をしてみます． それとBrandtech，MBPも試してみたいと思います． どうもありがとうございます．

(無題) 削除/引用 No.1724-10 - 2009/12/11 (金) 01:04:26 - Tb 蒸発が本当にあるのか、どれくらいあるのか知りたい場合は、PCR反応の前後に重量を測るという方法があります。 とあるメーカーのフィルムシールの密封がしっかりしているというのを宣伝するのに重量減がライバル品と同等というのを示していました。逆に言うと、全く減らないわけではないようです。

(無題) 削除/引用 No.1724-9 - 2009/12/10 (木) 14:48:59 - Pumpkin 最近Bio-Radのあるロットで蒸発が起こったので、交換してもらいました。私の時は同じロットで、同じような報告はないとのことでしたが、トピ主さんもまずは問い合わせてはいかがですか。ロット不良と言うことも十分に考えられますよ（頻度は多くないはずですけど）。

(無題) 削除/引用 No.1724-8 - 2009/12/10 (木) 13:21:53 - クロコ QSP社に比べ値段は高くなりますが、おすすめはMBP社（8連、シングル）です。BM機器のカタログに掲載されています。 何年か使っていますが、自分のいる研究室では問題はありません。 蒸発で問題を経験したのは10年近く前にタカラ製品でありました。

(無題) 削除/引用 No.1724-7 - 2009/12/10 (木) 10:23:03 - 5 PCRチューブにはどのくらいの量のPCR反応液を入れてますか？ PCR後、チューブの蓋に水滴はたまっていますか？ 蓋に水滴がある場合、チューブはしっかり密封されているが大きく揮発している可能性。 蓋に水滴が付いていないが、容量が減っている場合、チューブが密封されていない可能性があるやもしれません。 あまり容量が少なすぎると、チューブの空き容量が大きくなるため加熱時の揮発も多くなると思います。私は、PCRだけではなくチューブで加温する場合、チューブの大きさと入れる液体の量を気にしています。 間違った考えでしたらすみません。

(無題) 削除/引用 No.1724-6 - 2009/12/10 (木) 08:59:11 - たまご レスありがとうございます． ホットリッドの温度や密着度まではチェックできませんが， 103℃になったら反応がスタートするようにはなっています． 密着具合は，キャップが平ではなくいわゆるcap型のものを使っていて 反応後にはてっぺんが少し圧力で平らになりかけていますので 結構な力で押されてる感じではあります． ふたの閉めかたですが， 十分にしまっていなかったからという理由にしては 減る頻度が高すぎますし， appliedのキャッピングツール？のようなもので 閉めていますので，その可能性は低いと思います． 私以外にも学生も「減る」と言っていますし． サンプルトレイももちろん使っています． うーん，qualityは薄すぎるんでしょうかね？

(無題) 削除/引用 No.1724-5 - 2009/12/10 (木) 05:59:49 - Real-time sample trayが見当たらなければ、四隅に空チューブを入れておくと、チューブの変形が防げます。またThin-wallのチューブを避けるとある程度効果があります。私自身は、Fisher-Scoentificの切りやすいPCRplateを必要分切り出して使っています。また、PCR装置の温度のシミュレーションは96ウェルのプレートにすべてサンプルが入っている事を前提としているため、少ないサンプル数のPCR反応では溶液中の温度が上がりすぎたり下がりすぎたりします。これを防ぐには、よく使う反応容量の水（または１ｘPCRバッファー）をチューブに入れておき、空いているウエルにいれておくといいでしょう。

Trayを使っていますか？ 削除/引用 No.1724-4 - 2009/12/10 (木) 04:49:53 - - Thermal cyclerにチューブをセットするときに、sample trayを使っていますか？ あれを使わないでチューブをセットすると、サイクル中にチューブがゆがんで、 液量が減ってしまうことがあります。 たまごさんと同様の事があり、trayを使うようにしています。

横ですが 削除/引用 No.1724-3 - 2009/12/10 (木) 02:55:17 - とおりがかり 昔、同じ研究室の学生が液量が減る、と言っていたので、見てみると、8連のチューブで蓋がしっかりはまっておらず、上に乗った状態だったことがあります。96穴はゴム製の乗せるタイプだったので同様だと間違えていたらしいのですが。 いくつか試供品も含め使ったことがありますが、蓋がしっかり閉まっていなかった、以外で液量が減ったことはないので回答はできません。

ホットリッドは？ 削除/引用 No.1724-2 - 2009/12/10 (木) 00:41:47 - かん 以前と比べてサイクル反応後の減りが見られるとのことですので、サーマルサイクラーのホットリッドがきちんと設定温度になっていない、ホットリッドの圧着具合が甘くなってきている、なんてことはないでしょうか？ たまごさんのお使いになっているタイプのサーマルサイクラーは私自身使ったことがありませんので、見当違いのコメントかもしれませんが... チューブについてですが、わたしは値段とキャップの固さからBrandtechというところの8-stripをメインに使っています。

おすすめのPCRチューブメーカー 削除/引用 No.1724-1 - 2009/12/09 (水) 17:45:10 - たまご こんなスレを立てて良いのか分かりませんが， うちの研究室は，qualityの0.2mLのPCRチューブを使っているのですが 最近PCRが終わってからのvolumeの減り具合がひどくなったような気がします． マシンはappliedの9700と2700です． チューブのメーカーを変えてみようと思っています． サンプルをもらってチェックすれば良いのですが なかなか時間が取れないので 1. 差し支えなければ，皆さんどこのメーカーを使っているのか， 教えていただけないでしょうか？ 2. 今後同じマシンで96穴プレートでもPCRする機会が増える予定なのですが これについてもご助言いただければ幸いです． 地方弱小のラボなので，安くてそこそこのものがあれば嬉しいです． よろしくお願いします．

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