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(無題) 削除/引用 No.1718-3 - 2009/12/09 (水) 14:48:26 - Poland mom-a様 ありがとうございます。そのとおりでございます。もっとも入力にはDNAの長さの上限はありますが、下限はございません。似た機能のPolandは下限5塩基以上でした。選択可能なパラメータにはoligonucleotideだけを対象にしたものもありましたが、最新の区別していないパラメータを使ったときと殆ど変わりませんでした。 塩濃度を実際の十分の一にすると、primerに添付されたTm値と殆ど変わりませんでした。DNA濃度やpHは入力場所がなかったため、これらの値が異なっているのかもしれません。実際のPCRではターゲット配列の量が反応ごとに異なったり、DMSOや界面活性剤を入れてますので、実験時の解離を正確に推定するのは困難と思われますが、大体の目安としていたTm値と解離温度シミュレーションが塩濃度を同じにしても大きく異なる結果だったので不思議に思い、投稿した次第です。 PCRプロダクトは共通機器のABI7500で解離温度を測定してますが、primerは短いので、相補的配列のオリゴと組み合わせないと、検出できないのではないかと思っています。現在まだprimerのTmを実測する予定はありません。

(無題) 削除/引用 No.1718-2 - 2009/12/09 (水) 12:52:52 - mom-a >Melting Curveを作成するソフトにprimer配列を入れると ソフトの説明を読む前に質問するのも失礼ですが、「Melting Curveを作成するソフトに、PCR産物の配列ではなくてprimerの配列を入力して計算してみた」ということですか？

PrimerのTm値とMelting Curveの推定 削除/引用 No.1718-1 - 2009/12/09 (水) 05:49:38 - Poland いつもお世話になっています。 Primerを作成した際Tm値が添付される場合があります。時折、計算式が異なるためか、自分で計算した値とずれることがありますが、その差は大きくとも摂氏数度です。 しかし、下記に示す、Melting Curveを作成するソフトにprimer配列を入れるとTm値と思われる50%解離温度は、約20度高くなります。前提となる塩濃度は同じに設定しています。 http://stitchprofiles.uio.no/cmeltcurve.php 文献も読んでますが、未だ理解できません。 詳しい方にご説明いただければ幸いに思います。

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