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系統樹
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No.1715-TOPIC - 2009/12/08 (火) 21:23:02 - 系統樹
ある機能遺伝子のアミノ酸配列からNJ法などで系統樹を作成して分子進化を見る際,それぞれのアミノ酸配列の長さが違っても問題ないのでしょうか.
通常,配列の全長がわかっているもので系統樹を作るべきかと思いましたが,いろいろ調べてみると,部分配列しかわかっていなくても(解析に用いる配列の長さが様々),系統樹を作成して論文として成立しているものも多いため,疑問に思いました.
配列の長さが違うことによって何らかのエラーが出てきそうな気もするのですが.
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No.1715-2 - 2009/12/08 (火) 23:36:38 - ザンギ
全く同じ長さの配列しか扱えないようでは何も解析できないので、それを
克服して客観的で再現の良い結果が得られる工夫がいろいろあります。
手法の開発自体が研究テーマであるといってもいいと思います。
系統樹
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No.1715-1 - 2009/12/08 (火) 21:23:02 - 系統樹
ある機能遺伝子のアミノ酸配列からNJ法などで系統樹を作成して分子進化を見る際,それぞれのアミノ酸配列の長さが違っても問題ないのでしょうか.
通常,配列の全長がわかっているもので系統樹を作るべきかと思いましたが,いろいろ調べてみると,部分配列しかわかっていなくても(解析に用いる配列の長さが様々),系統樹を作成して論文として成立しているものも多いため,疑問に思いました.
配列の長さが違うことによって何らかのエラーが出てきそうな気もするのですが.
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