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(無題) 削除/引用 No.1660-3 - 2009/12/02 (水) 09:32:04 - ぽっぽ ＞Bostonさん なるほど、ありがとうございます。 やはり投稿時にクレームがつくのですね。 何も考えずにChipをやっていこうと思います。

(無題) 削除/引用 No.1660-2 - 2009/12/02 (水) 03:12:05 - Boston その実験デザインでしたら、プロモーター欠失変異体を用いたレポータージーンアッセイと大して変わらないと思います。どうせ ChIP をやるのでしたら、転写因子の overexpression は目をつぶっても、せめて染色体上のプロモーター結合能を見てほしいです。論文投稿した際、クレームがつくと思いますよ。

Chipに関する疑問 削除/引用 No.1660-1 - 2009/12/01 (火) 17:42:31 - ぽっぽ いつも勉強させていただいております。 現在、レポターアッセイにて転写因子Xが ある遺伝子の上流配列Aの活性を変化させることを見いだしています。 XのAへの結合の確認としてChipを行なおうと考えているのですが 疑問が生じているので質問させてください。 例えば、 X発現プラスミドとAが導入されているプラスミドを 培養細胞にco-transfection⇒Crosslink⇒Xの抗体にて免疫沈降 ⇒PK処理⇒A導入プラスミドのインサート確認用のPrimerにてPCR、 という操作をおこないPCRによる増幅が確認できれば XのAへの結合の確認になりませんでしょうか？ また、陰性コントロールとしてAが導入されていない空プラスミドを用い 同様の操作を行なった後PCRがかからないことが示せればよい気がします。 さらに十分量のDNAが確認できるのならPK処理を行なわず そのままシークエンス（foot printing?)し結合部位のシグナル消失が 確認できるのではないかと考えています。 とりあえずやってみろという意見があるかと思いますが 抗体が届くまでもうしばらくかかりそうで申し訳ありません。 皆様の忌憚なきご意見をお聞かせください。

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