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中性フェノールの平衡化 トピック削除
No.1638-TOPIC - 2009/11/27 (金) 11:56:46 - ごま

いつもお世話になっております。

現在SDS法による植物体からのDNA抽出を行うため、それに必要な試薬を作っているところです。

現在中性フェノールの平衡化を行っておりますが、PHがなかなか上がらなくて困っています。

プロトコルを見ると0.5MTris-HCl(PH8.0)を2回入れ、そのあと最後に0.1MのTris-HCl(PH8.0)を入れいずれも激しくシェイクし(特に初めの2回)遠心して上清を除去後PHを測定と書いてあります。

結構激しくシェイクしたつもりですが、先程測定したら最終的にPH7.8以上にしたいのですが、6.7くらいでした。

そこでもう一度0.1MのTris-HClを入れてシェイクしてみたのですが、結果はほとんど変わりませんでした。
プロトコルには0.5MのTris-HClでのシェイクは2回までにした方がよいと書いてありました。

このような場合、どうしたらPHを上げられるでしょうか。。。。皆さんのお知恵を貸してください。
 
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No.1638-8 - 2009/11/27 (金) 17:52:52 - Pumpkin
うーん、みなさんに怒られちゃうかもですが、私はpH見てないです。いや、もちろん最初のころは見ていましたが、今はそのプロトコルが確立されたと判断してやっています。

シェイクというのも人によって解釈が異なるんで(回数とか強度とか)、スターラーで攪拌しています。パワーの無いスターラーだとだめですが。

メタノール位はラボに有るでしょうから、先程示した方法で測定したらどうですか?その方が安心です。

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No.1638-7 - 2009/11/27 (金) 17:08:21 - ごま
皆様どうもありがとうございます。

Pumpkin様

PHの測定はPHメーターです。50mlの遠沈管で作っておりましたので、電極をそのまま差し込めず、マイクロピペットで1〜2滴ほど電極につけながら測定しておりました。ご指摘の通り、ドリフトしまくりで、安定しませんでした。

どうしてだろうと思いつつ、約1時間後に同じことをもう一度行ったら偶然にも?7.8をちょっと超えた位になり、一回目ほどのドリフトは起きませんでしたので、次の工程に移り、作り終えてしまったのですが、これだと正確な平衡化フェノールとは言えないでしょうか。

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No.1638-6 - 2009/11/27 (金) 14:33:35 - AP
何回繰り返してもかまいません。廃液が増えるのがやっかいなくらいでしょう。

はやく中性化するためのtipsとして、一回目は0.5-1 M Tris溶液(HClでpHしていないもの)で平衡化して、二回目以降にpHしたTris bufferを使うというのもあります。

(無題) 削除/引用
No.1638-5 - 2009/11/27 (金) 13:20:41 - Pumpkin
ちなみに、出典はここですので、他の関連記事も参考にされてはいかがでしょうか。別にAmbion製品を買ってというわけではありません。

www.ambion.com/jp/techlib/tb/tb_158.html

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No.1638-4 - 2009/11/27 (金) 13:18:41 - Pumpkin
平衡化フェノールのpHはなにで測定されているのでしょうか?もしもリトマス試験紙をお使いの場合は、リトマス試験紙のpH指示薬がフェノールによって分解されてしまうので正確に測れませんよ。また、pHメーターを用いている場合はドリフトが起きて値が安定しませんし、長くさらすと電極が逝かれます。

そこで、平衡化フェノール 2 mLを5 mLのメタノールと13 mLの水とで混合して計測します。

ちなみに私はシェイクが疲れるので、スターラーで一晩回して調製しています。

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No.1638-3 - 2009/11/27 (金) 12:06:12 - 中年
あぁ、確かになかなかpHが上がらないですよね。最近は自作していないのですが、私は諦めてそこまでにしていました。

2回までに止めよというのは、フェノールが水層に取られてロスが大きくならないようにというのが理由で、繰り返すことでフェノールがダメになる訳ではありません。

(無題) 削除/引用
No.1638-2 - 2009/11/27 (金) 12:00:25 - 8
何回もシェイクしていいのでは?

中性フェノールの平衡化 削除/引用
No.1638-1 - 2009/11/27 (金) 11:56:46 - ごま

いつもお世話になっております。

現在SDS法による植物体からのDNA抽出を行うため、それに必要な試薬を作っているところです。

現在中性フェノールの平衡化を行っておりますが、PHがなかなか上がらなくて困っています。

プロトコルを見ると0.5MTris-HCl(PH8.0)を2回入れ、そのあと最後に0.1MのTris-HCl(PH8.0)を入れいずれも激しくシェイクし(特に初めの2回)遠心して上清を除去後PHを測定と書いてあります。

結構激しくシェイクしたつもりですが、先程測定したら最終的にPH7.8以上にしたいのですが、6.7くらいでした。

そこでもう一度0.1MのTris-HClを入れてシェイクしてみたのですが、結果はほとんど変わりませんでした。
プロトコルには0.5MのTris-HClでのシェイクは2回までにした方がよいと書いてありました。

このような場合、どうしたらPHを上げられるでしょうか。。。。皆さんのお知恵を貸してください。

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