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(無題) 削除/引用 No.1608-3 - 2009/11/23 (月) 10:37:15 - z ＞タンパク質の立体構造と、タンパク質間の相互作用を予測するような、オンラインプログラムというのは存在しますか？ タンパク質の立体構造を予測するサービスは、swiss-model、3D-jigsawなどがあります。 タンパク質・タンパク質の相互作用を予測するサービスは、使ったことがないのですが、Swiss-modelのworkbenchを利用すると可能なのかもしれません。 但し、dimer形成を予測するのは、極めて困難ではないかと思っています。 構造情報がないタンパク質だから、1次配列から構造を予測するわけですね。 そうして得られた予測３Dを使って、分子アッセンブリーを推測するのは、梯子の上に梯子を乗せるような作業にしか思えません。考えの上で成立することを計算で示すと言ったところではないでしょうか。 ＞たとえばｐ-53がＤｉｍｅｒを作ることは知られていますが、ｐ-53どうしの立体構造を予測し、その分子間でdimerを予測するようなシステムです。 NCBIのstructureを見ると、（PDBに）p53のcoreドメイン（190aa）がクレジットされていますが、例えば、2IOI、2QXA,B,Cなどでよいのでしょうか？であれば予測する必要はないと言うことですか？それとも、単なる例でしょうか？

(無題) 削除/引用 No.1608-2 - 2009/11/23 (月) 09:24:00 - おお http://www.kenkyuu.net/cgi-biotech3/biotechforum.cgi?mode=view;Code=1482 この辺のとピが参考になりませんか?

タンパク質の立体構造予測 削除/引用 No.1608-1 - 2009/11/22 (日) 11:48:40 - のろ 今まで全くやったことがなかったのですが、タンパク質の相互作用について追加で検討しないといけなくなりました。 タンパク質の立体構造と、タンパク質間の相互作用を予測するような、オンラインプログラムというのは存在しますか？ たとえばｐ-53がＤｉｍｅｒを作ることは知られていますが、ｐ-53どうしの立体構造を予測し、その分子間でdimerを予測するようなシステムです。 ご存知でしたら教えてください。

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