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(無題) 削除/引用 No.1594-7 - 2009/11/24 (火) 13:02:54 - 新人 ごもっともなご指摘ありがとうございました。ごっちゃになっていたかもしれません。実験系をあまり理解せず質問していたため、読んでいた論文は遺伝子DNAのみ抽出しているような気がしていたため、このような質問になって今いました。普通は遺伝子DNAもジャンクDNAも関係なく、DNAを抽出したということは、ゲノムですよねぇ。頭が悪くて申し訳ありません。すっきりしました。

(無題) 削除/引用 No.1594-6 - 2009/11/24 (火) 12:44:55 - in situ DNAとRNAがごっちゃになっていませんか？ 細胞内に存在するDNAは、ウイルス感染とか特殊な場合を除いてゲノムのみのはずです。 ここら辺の認識があいまいだと、実際に研究を始めたときにコントロールをとることもままならないので、molecular biology of the cellとか、分子生物学の教科書の最初の方をもう一度しっかり読んでみることを強くお勧めします。

(無題) 削除/引用 No.1594-5 - 2009/11/24 (火) 12:36:04 - 新人 皆様ありがとうございます。だんだんと自分が何を分かっていないのかがわかってきました。つまり、DNA重量比を用いる場合のDNAは、ゲノムなのか遺伝子なのかどちらでしょうかということです。ゲノムを意味する場合であれば、どの細胞も一定ということがわかるのですが、遺伝子ということであれば、コンタミする目的以外の細胞や、目的細胞でも条件によっては均一とは言い切れないのではないかという悩みです。おそらくin situさんのご指摘であれば、ゲノムの意味でとらえていいのだろうと思いますが、どうでしょう？

(無題) 削除/引用 No.1594-4 - 2009/11/24 (火) 10:11:14 - in situ 培養細胞と違って、組織には結合組織などの細胞があまりいない部分があるので、組織重量当たりの細胞数は一定ではありません。 イメージがわかないようなら組織学のイラスト集のようなものをざっとみてみるとよいと思います。 さらにはサンプリングのときに血液がある程度混入してしまったりして、重量が変動することもあり得ます。 ですので、組織重量は細胞数の指標としてはあまり適切ではないでしょう。 DNA量に関してですが、体細胞であれば基本的に一細胞当たりの重量は等しいとみなしてよいはずです。減数分裂でもしていれば半分になりますが。 というわけで、読んでおられる文献では、DNA重量を細胞数の指標にして、一細胞あたりのタンパク質発現を比較しているのだと思われます。 これ以外に、βアクチン、GAPDHといった比較的変動しないタンパク質をコントロールにおくこともよく行われると思います。

(無題) 削除/引用 No.1594-3 - 2009/11/23 (月) 14:27:48 - 新人 in situさん、ありがとうございます。 うう･･･、なんか当たり前のことを聞かれているようだけど、さくっとわからないので、情けない…。とりあえず、思いつくところをあげてみますと １）組織が由来する個体の個体差 ２）実験手技 これぐらいしか、思い浮かばないのですが、そういう理由でDNA重量比で基準化するという理由はなーんとなくわかるのですが、なるほどと思う根拠が見つからない有様です。そもそも、DNA重量を基準としているわけですがその組織の細胞あたりで同じと確実に言えるのかに疑問が残ってしまします。 あほですいません。

(無題) 削除/引用 No.1594-2 - 2009/11/19 (木) 23:24:39 - in situ ちょっとヒントを出しますので考えてみてください。 １．異なる個体から組織をとってきたときに、いろいろなばらつく要素があると思います。ばらつく要因としてはどのようなものが考えられますか？思いつく限りあげてみてください。 ２．そのようなばらつきはどのようにしたら標準化できますか？１．の各要因についてあげてみてください。 たぶん、この二つが（特に一つ目）が適切に考えられればDNA量をコントロールにとる理由がわかるはずです。 自分なりの考えを書いてみてください。

DNA重量比 削除/引用 No.1594-1 - 2009/11/19 (木) 20:49:32 - 新人 ゼミに入りたての学部生です。 今読んでいる文献に、タンパクの発現をDNA重量あたりのタンパク重量で算出している項目があります。しかし、DNA重量とタンパク重量の比をとるという意味が理解できずに困っています。実験手技本などを参考にしてみましたが、これ！という解説が載っていませんでした。組織重量ではなく、DNA重量にするメリットとその意味は何でしょうか？説明が下手で申し訳ないですが、どなたか教えていただけないでしょうか。

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