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PCRのマグネシウム濃度について トピック削除
No.158-TOPIC - 2009/03/09 (月) 16:55:30 - yumi
お世話になっております。

現在、あるPCRの系の最適条件を探索するために、
まずマグネシウム濃度に勾配をつけて検討しました。
1.5mMから0.1mMずつ上げ、3mMまで。

予想に反して、PCR産物の増幅量が、
マグネシウム濃度の増加ときれいに相関しませんでした。

ある濃度で、目的のバンドが多少出たと思えば、
その濃度より0.1mM高い濃度でバンドが出なくなったり。
低いマグネシウム濃度1.5mM〜2.0mMあたりでこの傾向がみられました。

ただ濃度が2.5mMを超えると、目的の産物は相当増えるようになりました。

濃度が低い段階ではこのような傾向はあるのでしょうか。
 
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ピペッティングの誤差? 削除/引用
No.158-2 - 2009/03/09 (月) 19:54:02 - TY
思いつきですが,ピペッティングの誤差,という可能性はありませんか?
0.1 mM刻みとのことですので,段階希釈などではないですよね.
気になるのであれば,チップの外側に付く溶液の量などを無視できる容量で調整して,
再度試されてはどうですか?

ちなみに私なら,例えば0.5 mM刻みでまずは試してみて,その結果を基に,
必要に応じてより細かく濃度を刻んで条件を詰めます.

PCRのマグネシウム濃度について 削除/引用
No.158-1 - 2009/03/09 (月) 16:55:30 - yumi
お世話になっております。

現在、あるPCRの系の最適条件を探索するために、
まずマグネシウム濃度に勾配をつけて検討しました。
1.5mMから0.1mMずつ上げ、3mMまで。

予想に反して、PCR産物の増幅量が、
マグネシウム濃度の増加ときれいに相関しませんでした。

ある濃度で、目的のバンドが多少出たと思えば、
その濃度より0.1mM高い濃度でバンドが出なくなったり。
低いマグネシウム濃度1.5mM〜2.0mMあたりでこの傾向がみられました。

ただ濃度が2.5mMを超えると、目的の産物は相当増えるようになりました。

濃度が低い段階ではこのような傾向はあるのでしょうか。

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