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(無題) 削除/引用 No.1570-17 - 2009/11/19 (木) 04:59:36 - おお >[Re:16] issoさんは書きました : > 今後ﾏｲｸﾛRNAって主流になるんでしょうか〜 今後の成果(あなたの成果もふくめて)次第じゃないでしょうか。 発現している事と一部のmiRNAが実際にトランスレーションなどを 阻害していることが直接証明されているだけですから、、、 漠然としたことがいっぱいあるなぁって感じています。

(無題) 削除/引用 No.1570-16 - 2009/11/18 (水) 14:18:16 - isso みなさまありがとうございます。もうちょっと論文読み込んでみようと思います。 今後ﾏｲｸﾛRNAって主流になるんでしょうか〜

(無題) 削除/引用 No.1570-15 - 2009/11/17 (火) 12:30:18 - おお >[Re:1] issoさんは書きました : > 最近マイクロRNAの研究の論文をみますが、ほとんどが > > �@マイクロRNAのマイクロアレイを行い、目的群（例えば正常細胞とがん細胞を比べる）で上昇しているマイクロRNAを抽出する。 > くわえますが、癌組織(おそらく組織片を凍結しているとか、 RNA用の試料としてトリゾールなどでライセートとして 保存しているようなサンプルとかだとおもいます。 こういうばあいはなかなか細かい思ったような実験が できませんね。 培養細胞だとかだと、P-bodyのエンリッチ化とかAGOプルダウンとか いろいろ考えられますけど。 ですから、直接の関係が期待できなくても、指摘している手法が 癌組織を使うという観点から考えてまあよしとできるやり方では ないかなぁとも思います。

(無題) 削除/引用 No.1570-14 - 2009/11/17 (火) 09:24:51 - みみっく miRNAを研究している者の立場から言わせてもらえれば、トピ主様が仰っている“研究の流れ”が、一番楽できる（何も考えないでよい）、比較的論文に近い、と思われます（研究が面白いかどうかは別にして）。 今までは、このような方向性の研究だけでよかったのですが、これからの時代はそうはいかなくなるんじゃないでしょうかね。

(無題) 削除/引用 No.1570-13 - 2009/11/17 (火) 08:48:52 - おお >[Re:1] issoさんは書きました : > 最近マイクロRNAの研究の論文をみますが、ほとんどが > > �@マイクロRNAのマイクロアレイを行い、目的群（例えば正常細胞とがん細胞を比べる）で上昇しているマイクロRNAを抽出する。 > > �Aこのうち、目的群で発現が低下している蛋白質をtargetとするマイクロRNAを選ぶ。 > > �BマイクロRNAを正常細胞にtransfectionしていて、目的群と同じ蛋白低下がおこるかを検証する。 > > こういう手法でしばし考慮に入れないといけないのが、 直接か、間接がです。 でこれでいえることは直接でも間接でもいいけどレギュレーション されているじゃないかという主張だと思います。 たとえば病気のターゲットになるような遺伝子(郡)を抑制していれば、 直接でも間接でも面白いじゃないですか。 miRNAはたしかに細胞でトランスレーションよくせいにかかわることが 分かってますが、miRNAとかそのような小さなRNAがホントにすべてそういう 作用しているの?というところも実際のメカニズムは分からないにしろ カバーできるという意味ではまああり得る手法だと思います。

(無題) 削除/引用 No.1570-12 - 2009/11/17 (火) 08:38:47 - Boston 私としては、miRNA が結合した後、何の刺激でもって mRNA から離れ、標的 mRNA からの翻訳が再開されるのかに興味があります。本来であれば，ここまで示してほしいものです。特にがん細胞の転移性に関与する miRNA においては、むしろこの部分がとても重要になってきます。その刺激が分かれば、転移を押さえられるからです。

(無題) 削除/引用 No.1570-11 - 2009/11/17 (火) 01:03:22 - ；； 質問の意図がわからなかっただけなのですが・・・・

(無題) 削除/引用 No.1570-10 - 2009/11/17 (火) 00:55:12 - そば miRNAによる遺伝子発現抑制機構には、翻訳阻害とmRNAの不安定化があります。mRNAの不安定化が効いているのであれば「mRNAと蛋白の乖離」は観察されにくくなるでしょうから、 >ｍRNAと蛋白の乖離がなければ、それは、post transcriptional regulationがないということなので、ﾏｲｸﾛRNA調節の研究対象にはなりえない はちょっと言い過ぎかなと思いますが。 ただ、興味のあるmiRNAの標的mRNAに対する作用機序を知るために、mRNA量とタンパク量を定量しておくことには大きな意味があります。多くの論文でmiRNAによる標的mRNAの翻訳阻害効果を報告してますし、それを示せれば直接の標的である根拠として説得力があるでしょう。 一方で、miRNAの機能（例えば、過剰発現することで表現系として何が起こるのか？）を追いたい場合は、直接的な影響も間接的な影響も含めてまずは”大きく現象を拾っておく”ことも有効な戦略だと思います。その後に、それらの中から直接的な効果を及ぼしている標的遺伝子を絞り込む・・・という訳ですね。 トピ主さんの読んでいる最近の論文は、こちらの戦略を採用しているのではないでしょうか。 んで、他の方へ。 様々な分野の研究者が見る掲示板で >何が面白いところなのかわかりませんでした。 という発言は控えた方が良いかと思いますよ。

(無題) 削除/引用 No.1570-9 - 2009/11/16 (月) 22:25:23 - み 連投で失礼。気になったので・・・ 「乖離がないとﾏｲｸﾛRNA調節の研究対象になり得ない」というコメントに関しては反論の余地があるかな。 マイクロRNAをやってるヒトはpost-transcriptionalな制御を重んじるだろうけど、mRNAレベル・蛋白レベルは遺伝子発現（ややこしいから、ここではtranscriptionに限定するかな）が重要だからなあ。 もし興味対象の遺伝子発現誘導の経路が低下していて、且つ、マイクロRNA経路が強くなっていた場合、mRNA・蛋白レベル共に低下という結果になる。 この場合でもマイクロRNAは興味対象遺伝子を制御している可能性は否定できない。マイクロRNAが他の転写因子などの蛋白発現制御を介して、興味対象遺伝子の上流に作用するというdualな制御ね。 �Bの実験なんてtransfectionだから何時間後の「結果」を見てるのよって話でしょう。 生理的にはむしろこういうmultiな制御の方が多いだろうっというか、その総和で結局どうなっているか？でしょ？

(無題) 削除/引用 No.1570-8 - 2009/11/16 (月) 22:07:48 - Pumpkin 今、ぱらぱらとpubmedを見ましたが、サプリメンタルにはあるような気がしますね、ちゃんと。ただ、出た当初のようにnorthernのfigがあるわけでなく、miRNAスクリーニングみたく実験系がハイスループットなんで、RNAの確認もマイクロアレイでみているものもありますね。 しっかり読んだわけではありませんので、あしからず。

(無題) 削除/引用 No.1570-7 - 2009/11/16 (月) 21:59:41 - み 当事者は「mRNAは発現変動していない」が、「蛋白レベルは減少している」ということを確認していると思うけどね。not showmとか過去のデータの蓄積とか・・・。 厳密に言うと、確認していないとおかしいよねってレベルの話。

(無題) 削除/引用 No.1570-6 - 2009/11/16 (月) 21:45:44 - Pumpkin どうもｍRNAと蛋白の乖離の「乖離」が気になるのですが、mRNAの転写レベルと蛋白質の発現レベルがイコールでないということですよね。miRNAの関与がある場合には、post-taranscriptonal down regulationがかかっているわけですね。 ここで、mRNAの発現レベルを確認せずに蛋白質発現量の確認をもってして論文で考察しているところに問題があるとトピ主さんは言っているのですよね。しかしながら、本当に本文中で目的蛋白質のmRNA挙動について触れられていませんか？だから乖離という現象が確認できていないんでなくて「確認していない」ことが嫌なんですよね。 できれば、やはりトピ主さんが問題と思っている論文を出されて議論したほうがいいと思います。そうしないとmRNAを本当に見るべきなのかどうかは判断できませんし、有効な議論になりそうにないです。

(無題) 削除/引用 No.1570-5 - 2009/11/16 (月) 20:41:13 - isso 皆様ありがとうございます。 私が思うのは、ｍRNAと蛋白の乖離がなければ、それは、post transcriptional regulationがないということなので、ﾏｲｸﾛRNA調節の研究対象にはなりえないということです。

(無題) 削除/引用 No.1570-4 - 2009/11/16 (月) 15:05:07 - ；； 書き込みをしておきながら、こう言うのはどうかと思うのですが ＞でも、ﾏｲｸﾛRNAの面白いところは、ｍRNAは同等に発現しているのに、蛋白発現が押さえられるということではないでしょうか？ 何が面白いところなのかわかりませんでした。 RNAが何か機能を持っているのならいざ知らず、mRNAがあろうがなかろうが 翻訳産物であるタンパク質があるかないかで機能がどうなるという話なわけですから。 Pumpkinさんもおっしゃる通り。 「ｍRNAと蛋白発現の乖離」という現象に着目したら 何が面白いって言うのでしょう。私にはピンときませんでした。

(無題) 削除/引用 No.1570-3 - 2009/11/16 (月) 14:29:02 - Pumpkin >データベース上でスクリーニング �Aはデータベース上での配列スクリーニングでしょうね。それと、相互作用が示されている蛋白質については、そのままいけるように思いますが、絶対数が違いますから、やはりデータベース上でのUTR領域をみていくのでしょう。 >「ｍRNAと蛋白発現の乖離」 これなんですが、いくつか論文を取り上げられて議論されてはいかがですか？miRNAの作用機序の多くはpost-transcriptonalとされていると思うのでmRNAの発現比について記載があると思いますが、ものによってはトピ主さんの言うように書かれていない場合があるのかもしれません。しかし、それが書かなくてもよいような議論の方向があるかもしれませんし、単純に[Data not shown]なのかもしれないし、Supplimentalにデータがあるかもしれません。これを、我々は判断できませんので。 >目的群と同じ蛋白低下 ただ、結果としてそうなっているならそれでもいいかと。ようは何を目指しているかで創薬上、蛋白質が作らなければいいならmRNAを見なくとも蛋白が落ちていればいいような。

(無題) 削除/引用 No.1570-2 - 2009/11/16 (月) 13:52:49 - み �Aの同定はどのような手法で行うのでしょうか？ westernやりまくるの？それともデータベース上でスクリーニングかい？ mRNAと蛋白レベルの乖離？・・・�Bの実験の時、ターゲットのmRNAと蛋白レベルの両方を検出して、mRNAレベルの変動ないけど蛋白レベルは確かに抑制されていると示せば良いのでは？ この手の論文読んだことないしどこまで示しているのか知らぬが。

マイクロRNA研究について 削除/引用 No.1570-1 - 2009/11/15 (日) 21:24:19 - isso 最近マイクロRNAの研究の論文をみますが、ほとんどが �@マイクロRNAのマイクロアレイを行い、目的群（例えば正常細胞とがん細胞を比べる）で上昇しているマイクロRNAを抽出する。 �Aこのうち、目的群で発現が低下している蛋白質をtargetとするマイクロRNAを選ぶ。 �BマイクロRNAを正常細胞にtransfectionしていて、目的群と同じ蛋白低下がおこるかを検証する。 というながれだと思います。 たしかに、これによりマイクロRNAが蛋白発現を抑制していると考えられるかもですが。 でも、ﾏｲｸﾛRNAの面白いところは、ｍRNAは同等に発現しているのに、蛋白発現が押さえられるということではないでしょうか？ 上記のような実験のながれでは、「ｍRNAと蛋白発現の乖離」という現象を無視しているような気がするのですが。いかがおもわれますでしょうか？

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