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DNAに塩酸を加えると・・・ トピック削除
No.1560-TOPIC - 2009/11/13 (金) 19:01:38 - 愛媛みかん
SOD-Plus-(TOYOBO)を用いて、PCRで増幅させたDNA断片をQIAGENのPCR産物精製キットを用いて精製しようとしたところ、最初の液を加えたとき黄色にならなかったので、プロトコルどおり3M酢酸ナトリウムを10μL加えたが黄色になりませんでした。
そこで大過剰(150μL)の3M酢酸ナトリウムを加えても黄色にならなかったので、思い切って5M塩酸を1μL加えました。
すると黄色になったのは良いですが、収率がガクっと下がってしまいました。
これは、塩酸によってDNAが加水分解されてしまったためでしょうか?
 
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ありがとうございます 削除/引用
No.1560-4 - 2009/11/16 (月) 16:30:17 - 愛媛みかん
えーっとさん>
Buffer PBにpH indicator Iを添加したものです。
なので、赤紫っぽい色になります。

おおさん>
あー!!!!pHは7でした(汗)
それが原因ですね!!今から試みてみます!!
ありがとうございました。

(無題) 削除/引用
No.1560-3 - 2009/11/14 (土) 07:22:48 - おお
QG bufferでしたっけ。酢酸ナトリウムいれてもなんかホントに黄色って感じ
にはならなかったかもしれません。ちょっと色が明るくなるかなって
みたいな。もともとのバッファーの色であればいちおうOKだとは
思います。念のためプロトコールの2倍量の酢酸ナトリウムを加えて
やったことはありましたけど。ワークしてたと思います。

3M酢酸ナトリウムはpH5ぐらいのやつを使わないとダメですよ、確か。

因みにDNAは酸性側では不安定です(とはいっても酢酸程度では
分解しないと思いますが、塩酸は量によっては、、0.1Mでも
それだけだとpH1ですから)。

(無題) 削除/引用
No.1560-2 - 2009/11/13 (金) 21:18:20 - えーっと
使用されたQIAGENの「最初の液」というのは、
QIAGENの Buffer PBI 、もしくは、 Buffer PBにpH indicator Iを添加したもの、でしょうか。
最近のロットに入っている、Buffer PBでしたら、indicatorが入っていないので、色がつかないと思いますが...

ttp://www1.qiagen.com/literature/render.aspx?id=104629
(PDFファイル)

DNAに塩酸を加えると・・・ 削除/引用
No.1560-1 - 2009/11/13 (金) 19:01:38 - 愛媛みかん
SOD-Plus-(TOYOBO)を用いて、PCRで増幅させたDNA断片をQIAGENのPCR産物精製キットを用いて精製しようとしたところ、最初の液を加えたとき黄色にならなかったので、プロトコルどおり3M酢酸ナトリウムを10μL加えたが黄色になりませんでした。
そこで大過剰(150μL)の3M酢酸ナトリウムを加えても黄色にならなかったので、思い切って5M塩酸を1μL加えました。
すると黄色になったのは良いですが、収率がガクっと下がってしまいました。
これは、塩酸によってDNAが加水分解されてしまったためでしょうか?

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