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(無題) 削除/引用 No.1497-10 - 2009/11/13 (金) 11:24:49 - おお >[Re:9] 千夏さんは書きました : ありがとうございました。 > >GFPでらべるしたミトコンドリアのタンパクが結構サイトゾルにあるなあって感じだったんですけど、どう評価されますか。 > > いじわるに言えば、Mergeの色を黄色にするためにGFPのintensityをあげすぎた故のbackgroud・・・ 確かにミトコン様に入っている様子が見れないと意味がないですねェ。 > > 別な解釈をすればミトコンタンパクそれぞれ、入りやすさ入りにくさってのがあるのかもしれません。 確かにキャパシティーはあるんでしょうね、、、、 普段は意外とバンバン発現するものを使ってますので(ミトコン様 に献上するようなタンパクではありませんけど)。 ERも過剰発現は発現する場合でも、シュガーの修飾が不完全であったり 何処かで輸送が狂ったりで神経質にならざる終えないことがあるようですが。 とにかく楽しい雑談ができました。

(無題) 削除/引用 No.1497-9 - 2009/11/10 (火) 12:50:00 - 千夏 >GFPでらべるしたミトコンドリアのタンパクが結構サイトゾルにあるなあって感じだったんですけど、どう評価されますか。 いじわるに言えば、Mergeの色を黄色にするためにGFPのintensityをあげすぎた故のbackgroud・・・。tunicamycin(+)でMerge時の差を明確にだそうとすれば赤のintensityはあれ以上下げられないけれども、そうすると緑のintensityあげないと黄色に見えないという苦悩を感じますｗ 少しpositiveにとらえるならば、tunicamycin(-)ではYDRもLPEもdotに見えること、また論文中でミトコンにいっていないものが「30％」という数値を使っていることから恐らくは折りたたみがうまくいかなかった奴が細胞内に蓄積しているか、ERでCNX/CRT cycleあたりでトラップされているか・・・。cytosolであふれてるならばtunicamycin(+)みたいなのっぺり感になるはずなので、tunicamycin(-)のミトコン以外に該当するところは拡散が難しい空間内か凝集体だと推測されます。 別な解釈をすればミトコンタンパクそれぞれ、入りやすさ入りにくさってのがあるのかもしれません。入れる能力はあるけれども順番待ちってところかなー。入場制限とかあってもいい気がしますよね。でもミトコンって状況によっては肥大化するから、懐広いイメージもあります。

(無題) 削除/引用 No.1497-8 - 2009/11/10 (火) 04:21:33 - おお >[Re:7] 千夏さんは書きました : > modiicationがミトコンへの移行に影響する点とmodificationがあってもTOM complex通過できるんだーという点で私的には興味深かったです。TOM complexの直径は5 nmらしいので、それ超えなければいいんでしょうねぇ。 なるほど、、、そうですよね。とう鎖が枝のように突き出てたら ということは、とう修飾はミトコン様へのトランスファーを負に 制御しているという可能性もあるかもしれません。 5nmですか。核膜穴よりちょっと小さいかな、、、トランスクリプション ファクターはとう鎖修飾がしられてるので、時間があったら確認してみようかなあっておもってます。 > > >Oリンクはかなりポピュラーになりましたが。 > GlcNacのヤツですか？？GalNacのだと知らなかったです！！ このへんはちょっと新しくとピたててみましょうか。。。。 > > > まぁイメージの話なんですが、 > ATP欠乏→ATP産生を亢進させるんだ！→いつも送り込んでいるATP synthaseではダメだ！！→super ATP synthaseを送ろう！！！ > > てな感じでATP synthaseをリン酸化するkinaseがcytosolで動いてくるとかあったらおもしろいだろうなーｗ　 そんな感じで私もとらえてます。 私の現在の研究テーマとかけ離れてますので、まあアイデアとられてもっていうか、追い付けないだろうとおもいながらかいてます。 あ、前に示していただいたとう修飾のイーストの実験ですけど、 GFPでらべるしたミトコンドリアのタンパクが結構サイトゾルに あるなあって感じだったんですけど、どう評価されますか。

(無題) 削除/引用 No.1497-7 - 2009/11/08 (日) 13:18:37 - 千夏 >サイトゾリックにNリンクの糖鎖修飾機構が存在するんでしょうか？ 　私の脳内検索ではヒットしません・・・orz 「cytosolで」という意味ではアレですが、modiicationがミトコンへの移行に影響する点とmodificationがあってもTOM complex通過できるんだーという点で私的には興味深かったです。TOM complexの直径は5 nmらしいので、それ超えなければいいんでしょうねぇ。 >Oリンクはかなりポピュラーになりましたが。 GlcNacのヤツですか？？GalNacのだと知らなかったです！！ まぁイメージの話なんですが、 ATP欠乏→ATP産生を亢進させるんだ！→いつも送り込んでいるATP synthaseではダメだ！！→super ATP synthaseを送ろう！！！ てな感じでATP synthaseをリン酸化するkinaseがcytosolで動いてくるとかあったらおもしろいだろうなーｗ

(無題) 削除/引用 No.1497-6 - 2009/11/08 (日) 12:01:04 - おお >[Re:5] cさんは書きました : ありがとうございます。 ユビキチン、SUMOはマスの解析が幾らかのグループから出され (といってもちゃんと把握してないのですが、、、) いろいろなフィールドのひとが、それぞれ注目したり してましたね。 ミトコンドリア内では可能性が少ないようですね。たしかに こういう修飾で活性やビエイビアーが制御されているなら それを認識するタンパクも必要になるわけですし、、、 でも外まく表面とか可能性はあるかもしれません。 そういえばバクテリアでユビキチンが見つかったという報告 があったが、その後イーストのコンタミだったことが分かった という話がありましたが、原核生物には存在しない機構で ミトコンドリア内では積極的に利用する機構はないのかもしれません。

(無題) 削除/引用 No.1497-5 - 2009/11/07 (土) 14:17:51 - c ユビキチン化は前に自分で調べたことがありますが、大部分のユビキチン化蛋白質は細胞質と核（uH2Aが主)に存在していて、一方ミトコンドリア画分には非常に少なかったです。外膜の蛋白質とかはUb化されているものもあるかもしれませんがマトリクスとかはどうかなという感じです。SUMO化蛋白質がミトコンドリアにもかなり存在しているという論文を何年か前にカレントバイオロジーで見ましたが、その後の研究の展開が（私の勉強した限りでは）がどうもはっきりしません。SUMO-2について自分で調べた時は、コンジュゲートフォームは核、モノマーは細胞質が主でした。しかしミトコンドリアにはいずれも非常に少なかったです。 最近のプロテオミクスのデータベースとかでミトコンドリア蛋白質をチェックすると、何か手がかりが得られるかもしれないですね。

(無題) 削除/引用 No.1497-4 - 2009/11/07 (土) 07:52:32 - おお >[Re:2] 千夏さんは書きました : > はじめのレスっぽいので、日本語のミトコンタンパク質輸送に関する総説をまずは！ > 「ミトコンドリア膜を舞台とするタンパク質の交通」 > ttp://www.jstage.jst.go.jp/article/biophys/48/1/48_004/_article/-char/ja 詳細なかいせつがなされていて、ERとの違いがというのが なんとなく分かってきたような気がしました。 じつはERの方も詳細についてまなり知らないので機会があれば しらべてみてもう一度比べてみようかと思います。 > > 修飾例として糖鎖修飾の例を提示してみます。 > ttp://www.nature.com/msb/journal/v5/n1/synopsis/msb200964.html ミトコン様に運ばれるタンパク質が糖鎖修飾によって促進されるという ことですね。おもしろかったです。ごちそうさまでした。 しかしツニカマイシンを使っているのでNリンクですよねたしか (間接的可能性がないとすれば)サイトゾリックにNリンクの 糖鎖修飾機構が存在するんでしょうか、、、Oリンクはかなりポピュラー になりましたが。

(無題) 削除/引用 No.1497-3 - 2009/11/06 (金) 12:17:51 - おお >[Re:2] 千夏さんは書きました : > はじめのレスっぽいので、日本語のミトコンタンパク質輸送に関する総説をまずは！ > 「ミトコンドリア膜を舞台とするタンパク質の交通」 > ttp://www.jstage.jst.go.jp/article/biophys/48/1/48_004/_article/-char/ja ちょっと詳しく見ている余裕がないので、 お礼を先に申し上げておきます > > 修飾例として糖鎖修飾の例を提示してみます。 > ttp://www.nature.com/msb/journal/v5/n1/synopsis/msb200964.html なんか思いつくようなことは先にやられてるなぁ、、、 ってかんじですね。 > > 余談ですが、ミトコンは寄生体っていわれてますが、最近は細胞のbrainじゃないかとも思いますｗ どっちが寄生したのかという卵と鶏の話にもなりそうです。 随分前ですが、cytCがミトコンから出てきて細胞死 を誘導することが示された時には目からうろこでしたね。 これからはミトコン様と読んだ方がいいかもしれません。

(無題) 削除/引用 No.1497-2 - 2009/11/06 (金) 11:48:55 - 千夏 はじめのレスっぽいので、日本語のミトコンタンパク質輸送に関する総説をまずは！ 「ミトコンドリア膜を舞台とするタンパク質の交通」 ttp://www.jstage.jst.go.jp/article/biophys/48/1/48_004/_article/-char/ja 修飾例として糖鎖修飾の例を提示してみます。 ttp://www.nature.com/msb/journal/v5/n1/synopsis/msb200964.html 余談ですが、ミトコンは寄生体っていわれてますが、最近は細胞のbrainじゃないかとも思いますｗ

ミトコンドリアタンパクがサイトゾルで修飾される可能性 削除/引用 No.1497-1 - 2009/11/06 (金) 04:55:54 - おお ミトコンドリアのタンパクの話題で盛り上がってます で興味本意なのですがこんなことがあってもいいかなとおも えましたのでとピをたててみます。 細胞核にコードされているミトコンドリアタンパクがサイトゾルで修飾される可能性です。 サイトゾルで修飾され、ミトコンドリアに移行したあとの 役割や活性に影響するとか、、、、、 サイトゾルで修飾されミトコンドリアの移行を阻害する とか、、、核でコードされているミトコンドリア たんぱく質のユビキチン化とか、、、、、 何か心当りがある方はコメントください。

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