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autogrid, autodock, glg file, process maneger..... 削除/引用 No.1482-24 - 2009/12/16 (水) 10:44:43 - おーっとびっくり 一度終了したようになってますが、再びお騒がせします． いろいろ試してきたのですが、どうしても最後のところで躓いてます． 最後の最後で、glg fileが出来てこない、process manegerが出て来ない、などがあり、結局解析することが出来ないままになってます． 準備するファイルなどの確認は出来ており、設定のミスが原因では、と思っておりますが、どこにあるのかが判りません． また、tutorialに従ってみたものの、同じことが起きてます． ご助言を頂きたく、よろしくお願い致します．

(無題) 削除/引用 No.1482-23 - 2009/11/20 (金) 12:52:03 - おーっとびっくり zさま いろいろとご助言を頂きまして、誠に感謝致しております． ....ということは、いろいろと数値を入れ替えさし返していくのもひとつの手、ということで考えて（試して）見ていきたいと思います． 後はうまくいくことを期待して、ですね． ありがとうございました．

(無題) 削除/引用 No.1482-22 - 2009/11/19 (木) 22:55:35 - z 成り行き上、一応お答え致しますが、そろそろ私の理解の限界に至っていますので、ご承知置きを。 >Grid Parameterの設定で、x、y、zの数値と、spacingの数値入力について、何を参考にするのか、で困っています． gridのサイズは、docking fieldの指定ですから、ligand分子がぷらぷら動ける範囲が最低限必要です。タンパク分子全体をカバーする必要は必ずしもありません。この辺は、かなり恣意的だと考えています。spacingの設定が計算スピードか、結果の精度に重要そうな気はするのですが確認していません。確認してみてください。 >一番見やすい角度を入れる、ということかと思うのですが、それでいいのか？ということや、 >PDBのexperimental detailにあるcell unitのangle数でよいのかなど、入れたくなりそうなものも見つけてしまいました． これは関係ないんじゃあないかしら。

例えば、parameterの設定について 削除/引用 No.1482-21 - 2009/11/19 (木) 15:16:02 - おーっとびっくり Grid Parameterの設定で、x、y、zの数値と、spacingの数値入力について、何を参考にするのか、で困っています． 一番見やすい角度を入れる、ということかと思うのですが、それでいいのか？ということや、PDBのexperimental detailにあるcell unitのangle数でよいのかなど、入れたくなりそうなものも見つけてしまいました． ご助言頂きたく、よろしくお願い致します．

(無題) 削除/引用 No.1482-20 - 2009/11/11 (水) 10:27:44 - おーっとびっくり MGLToolsをtutorialに従っていじってみました．教えていただいて助かりました、これ、よくわかります．ありがとうございました． 後は、目的の化合物トタパク質を入れ込む作業が残っているくらいでしょうか． また聞きたくなることがでてくるかと思いますが、その時はまた、懲りずにお教え頂ければと思います． 今回はいろいろお手を煩わせてしまい、誠に申し訳ございませんでしたが、大変助かりました． 厚く御礼申し上げます．

(無題) 削除/引用 No.1482-19 - 2009/11/10 (火) 17:23:49 - z あなたが見ているのは、たくさんのリガンドファイルを一括変換する方法です。 python使いにならないと、ちょっと敷居が高いと思います。 http://mgltools.scripps.edu/downloads の下の方に、 Supplementary Material Documentation Tar Files * AutoDockTools Tutorial がありますから、ダウンロードしてよく読んで、MGLToolsを使ってください。 やや煩雑ではありますが、マウス操作だけですから簡単です。

(無題) 削除/引用 No.1482-18 - 2009/11/10 (火) 16:36:36 - おーっとびっくり 化合物の加工などは、The Dundee PRODRG2 Server（http://davapc1.bioch.dundee.ac.uk/prodrg/index.html）で出来ることがわかり、早速書いてみました．いろいろな情報表記や修飾などもできるようで、結構いいようです． この後のligandとreceptorの設定ですが、これがどうすればいいのかがちっともで、如何に理解していないかが判ります．お手を煩わせて誠に申し訳ないのですが、この辺りをご教授願えますでしょうか． How to prepare a ligand file for AutoDock4 How to prepare a receptor file for AutoDock4 これらは読みましたが、理解できませんでした． MGLToolsでターミナルを起動させ、そこにUtilities24が格納されているところを指定すると画面には、 > これが表記されます． その後で、pythonsh [yourpath or .]/prepare_ligand4.py -l ligand.pdb [options]を入れるということなのはわかった気がしますが、これが示す意味が分からず、といった状態です． よろしくお願い致します．

(無題) 削除/引用 No.1482-17 - 2009/11/10 (火) 07:20:45 - z 低分子化合物データベースなら、 pubchem http://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/ chemIDplus（advanced mode） http://chem.sis.nlm.nih.gov/chemidplus/ でしょうか。 interactionのデータベースは、色々あるのでしょうが、 pubchem-bioassayのなかに、何かあるかもしれません。 私も知りたいところです。

(無題) 削除/引用 No.1482-16 - 2009/11/09 (月) 22:27:21 - おーっとびっくり 自分から終わらせておいて、もう一度お聞きしたいことがでてきました． 化合物を入れ込みたいと考えますが、このようなことは出来ないのでしょうか．骨格や分子構造、他の情報を指定して、タンパク質との関係を見たいのが本来の目的です．タンパク質同士ではないのでPDBからの取り込みは出来ない分子が含まれます． お知恵を頂きたく、よろしくお願いします． （頂くばかりで、大変恐縮しています）

(無題) 削除/引用 No.1482-15 - 2009/11/09 (月) 20:57:25 - おーっとびっくり autodockを開くと自動的に以下のようなものが出てきます． u041143:~ XXXX$ /Users/XXXXX/Desktop/autodock/AutoDock4/universalDarwin8/autodock4; exit usage: AutoDock -p parameter_filename -l log_filename -k (Keep original residue numbers) -i (Ignore header-checking) -t (Parse the PDBQT file to check torsions, then stop.) -d (Increment debug level) -C (Print copyright notice) --version (Print autodock version) --help (Display this message) logoutで終わっているので、新規シェルを開いてcd /var/tmpを入れて、それ以降のコマンド入れて、tutorialの表記がでるところまではいくのですが、そのあとのCVSTutorialを構築？するところがうまくいかないようです． MglToolsは開くようになったので、いじりながら学習できるところまでは行き着けたような気がします． いろいろとありがとうございました．一応は解決？という感じと思います． またどん詰まったら投稿しますので、どうぞよろしくお願い致します． 大変お世話になりました．深く感謝致します．

(無題) 削除/引用 No.1482-14 - 2009/11/09 (月) 19:02:06 - z bash（だったかなあ）のターミナルを起動して、 autodock4 とすると、 ****@localhost ~] autodock4 usage: AutoDock -p parameter_filename -l log_filename -k (Keep original residue numbers) -i (Ignore header-checking) -t (Parse the PDBQT file to check torsions, then stop.) -d (Increment debug level) -C (Print copyright notice) --version (Print autodock version) --help (Display this message) こんな感じになりませんか？？ MacでUNIXの本を読んで見た方が、よさそうですね。

(無題) 削除/引用 No.1482-13 - 2009/11/09 (月) 15:10:19 - おーっとびっくり dmgファイルのDL、どういう訳か他のPCでは出来ているようです．起動させるとX11.appの場所を聞いてきます．これがどこかは探すとして... さて、もうひとつのほうですが、AutoDock4をターミナルで起動させてtutorial existsと表記させるところまではなんとかいけました（ディレクトリを入れ替え差し替えしてみた結果です、でも結局初めと一緒）が、その後の反応？がないのは何故でしょう． ディレクトリ―ツリーがまずいような気がしてます．

(無題) 削除/引用 No.1482-12 - 2009/11/09 (月) 12:00:21 - キム ゴミ箱に移動していませんか？>.dmgファイル

(無題) 削除/引用 No.1482-11 - 2009/11/09 (月) 10:43:21 - z >DLミスなのか、何度もしなおしましたが 私もダウンロードしてみるとダウンロード出来ています。Macじゃあないのでつかえませんが。 あいにくメールで送るには、大きすぎるようなので、ダウンロード先の指定などを見直してみては如何がでしょうか？

(無題) 削除/引用 No.1482-10 - 2009/11/09 (月) 09:25:22 - おーっとびっくり はい、かなり初めの頃に見ました． この“Disk Image (dmg) file”というのがないんです．単に見当たらないだけなのか、DLミスなのか、何度もしなおしましたが、いずれも見当たらないんです．

(無題) 削除/引用 No.1482-9 - 2009/11/08 (日) 22:51:46 - z http://mgltools.scripps.edu/downloads/instructions/mac は、もう見ましたよね？

(無題) 削除/引用 No.1482-8 - 2009/11/08 (日) 18:56:50 - おーっとびっくり DLはできました．圧縮ファイルも解凍し、ターミナルでAutoDock、AutoGridも開くことが出来ましたけど、さて、次です． MGLToolsもDLはできたのですが、これはどのようにしてインストールするのでしょう？また、Linuxの場合にはコマンドを入れて、とありますが、Macは特に説明がなく、どうすればよいのか.....いろいろやっていますが、二進も三進もいかず、です． 何が何だかわからないところに落ちてしまったようです． 誠に申し訳ないのですが、お助け頂きたく、よろしくお願い致します．

(無題) 削除/引用 No.1482-6 - 2009/11/07 (土) 23:40:16 - z >Macを使用しているのですが、Linuxを知らないことが、 残念なことに、こちらはMacを知らないで、Linuxだけです。 Macは、OSXですよね。Unix commandが動けば何とかなるのではないでしょうか。 http://autodock.scripps.edu/ から、autodock4.2をdownloadします。 installing autodockを参考にしてください。 あと、 http://mgltools.scripps.edu/ から、MGLToolsをdownloadして、installします。 ここでも、installのinstructionを注意深く参考にしてください。 特にtroubles hootingを見てくださいね。ここで、問題が幾つか生じるかもしれません。 うまくインストールできることをお祈りします。 ＞ある化合物とタンパク質のドッキング たんぱく質のpdbファイルは、きっと手に入っていますよね。 ある化合物の方もpdbファイルかmolファイル（できればmol2ファイル）が必要です。NCBIのpubchemなどにあれば、babelを使えば（３Dの）sdf形式からpdb形式やmol2形式に変換できそうです。

(無題) 削除/引用 No.1482-5 - 2009/11/07 (土) 22:22:39 - おーっとびっくり すいません、遅くなりました． ソフトのダウンロードに時間がかかってしまい、その間に止まったりするなど、大変でした． Macを使用しているのですが、Linuxを知らないことが、そもそもの問題でしょう、どうすればよいのか、てんでわからないという次第です． ある化合物とタンパク質のドッキングを見たいので、まずはそれさえ出来れば、と思っています． お教え頂くことは可能でしょうか． よろしくお願いできれば幸いです．

(無題) 削除/引用 No.1482-3 - 2009/11/06 (金) 19:08:46 - z >DLのところからうまくいかない事態が生じていて、 とは、どういうことですか？ Autodockのインストールはいくらか面倒です（でした）が、おもしろいソフトですね。

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