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(無題) 削除/引用 No.1473-9 - 2009/11/06 (金) 00:40:49 - xtal > このMATRASというソフトで行うのかなあと探していて思っていました。 > このページに行って、Pairwise 3D Alignmentをクリックすると、protein Aとprotein BのPDB codeを聞いてきます。 > > このPDB codeというのがよく理解できないのですが、PDBj (protein data base Japan)で興味あるタンパクの「PDB ID」というのはすぐに入手できたのですが、「PDB code」というのはどういったものでしょうか？ > > protein Aとprotein BのPDB codeのところにPDB IDを入力してもerrorがでてしまいます。。 > > また、「Chain」というところには何を入力すればよいのでしょうか？ PDBcodeはPDB ID + chain IDです． Chainは多量体など，ひとつのPDBファイルに複数のポリペプチドが 登録されているときに，それらを区別するためのものです． たとえば，PDBjでPDB IDが1AA1には８つのポリペプチドが含まれていて， L,B,E,H,S,C,F,Iのchain IDがついているので，L分子を重ねあわせたい場合にはPDBcodeは1aa1Lを入力します．

(無題) 削除/引用 No.1473-8 - 2009/11/05 (木) 04:00:38 - おお >[Re:7] dockingさんは書きました : > おおさま > それでもどの程度、一致するのか、視覚的に印象に残したいため挑戦してみます。 いちど経験するといいかもしれません。多分スーパーインポーズをするので、 大まかには非常に似ているはずです。ループの長さやベーターシートや ヘリックすの長さが違ったりして局所的に面白い違いが見つかるかもしれません。 同時に予測した構造で表面電荷の分布を調べてみるとすこし突っ込んだことが いえる可能性があります。例えばZnフィンガーはDNAに結合するものと、 それ以外の物がありますが、DNAに結合するものは正電荷の分布がある領域に あつまって、それなりの大きさ(範囲で)クラスターしていて、負電荷が排除されていたりしますが、DNAに結合しないものはそういう顕著な傾向が 見られなかったりします。 ベーターシートの表面にでるアミノ酸の特徴も見てみると面白いかもしれません。アミノ酸ざんきはシーケンスにそって交互に表裏につきでますので、比べたタンパクで何か特徴的なアミノ酸が必ず同じ面に来るなら考察ができるかもしれません。 > > >構造を考えるうえで、単に3次元的にスーパーインポーズするよりも > 2次構造と、オーソログのマルチプルアライメントのほうが、 > わかり易く具体性があるように思えます。 > http://ca.expasy.org/tools/ ここで下のほうの Sequence alignmentのMultiple CLUSTALWとかはむかしからありオーソドックスです。 二次構造はもじどうり真ん中からちょっとしたの Secondary structure predictionのらんにあるものを使えばとおもいます。 # APSSP - Advanced Protein Secondary Structure Prediction Server # HNN - Hierarchical Neural Network method (Guermeur, 1997) # Jpred - A consensus method for protein secondary structure prediction at University of Dundee # JUFO - Protein secondary structure prediction from sequence (neural network) このへんかなあ、、大体すべての構造をカバーしているのは、、、、 頻繁に使わないので、それなりに改良されたり増えたりしてちょっと分からなくなって ますけどね、、、、、

(無題) 削除/引用 No.1473-7 - 2009/11/04 (水) 11:27:59 - docking おおさま >これは結果のでている構造の上にインプットしたアミノ酸配列をオーバーラップ(スーパーインポーズ)させて構造を予測します。なのでおのずと似た構造になります。 とても分かりやすい解説ありがとうございます。 >アウトプットとして熱学的な安定性とかもでてきますが、構造の解析をしている人は当てにならないといっています。 そうなんですね。 それでもどの程度、一致するのか、視覚的に印象に残したいため挑戦してみます。 >構造を考えるうえで、単に3次元的にスーパーインポーズするよりも 2次構造と、オーソログのマルチプルアライメントのほうが、 わかり易く具体性があるように思えます。 これは具体的にどのサイトを利用すればよいでしょうか？ お時間がありましたら教えていただけますと幸いです。 またアドバイスをよろしくおねがいします。 ありがとうございます。

(無題) 削除/引用 No.1473-6 - 2009/11/04 (水) 09:29:56 - docking >両方の構造が解けている必要がありますが，重ね合わせるだけなら >Matras >http://biunit.naist.jp/matras/index-j.html xtalさま ありがとうございます。 このMATRASというソフトで行うのかなあと探していて思っていました。 このページに行って、Pairwise 3D Alignmentをクリックすると、protein Aとprotein BのPDB codeを聞いてきます。 このPDB codeというのがよく理解できないのですが、PDBj (protein data base Japan)で興味あるタンパクの「PDB ID」というのはすぐに入手できたのですが、「PDB code」というのはどういったものでしょうか？ protein Aとprotein BのPDB codeのところにPDB IDを入力してもerrorがでてしまいます。。 また、「Chain」というところには何を入力すればよいのでしょうか？ http://www.jstage.jst.go.jp/article/biophys/45/1/41/_pdf/-char/ja/ ここでMATRAS開発者の先生の解説を読んだのですが、頭が悪く理解できておりません。 どうか、ご存知でしたら教えていただけませんでしょうか？よろしくおねがいします。

(無題) 削除/引用 No.1473-5 - 2009/11/04 (水) 09:21:26 - dockking 両方の構造が解けている必要がありますが，重ね合わせるだけなら Matras http://biunit.naist.jp/matras/index-j.html

(無題) 削除/引用 No.1473-4 - 2009/11/04 (水) 04:04:05 - おお ある構造がすでに解析されて結果がでている物に対して、 似たタンパクの構造を予測するソフトは出回っています。 これは結果のでている構造の上にインプットしたアミノ酸 配列をオーバーラップ(スーパーインポーズ)させて構造を 予測します。 なのでおのずと似た構造になります。アウトプットとして 熱学的な安定性とかもでてきますが、構造の解析をしている 人は当てにならないといっています。 例えば構造を計算させて一つアミノ酸をピックアップして そのざんきを回転させると回転角度によって複数の 周りとの水素結合などりよる相互作用のパターンが存在 したりします。そうなると好きなようなパターンが選べてしまえます。 なにを目指しているかと言うのが分からないのでなんとも いえませんが、注意した方がいいかとおもいます。 構造を考えるうえで、単に3次元的にスーパーインポーズするよりも 2次構造と、オーソログのマルチプルアライメントのほうが、 わかり易く具体性があるように思えます。

(無題) 削除/引用 No.1473-3 - 2009/11/03 (火) 23:45:49 - xtal 両方の構造が解けている必要がありますが，重ね合わせるだけなら Matras http://biunit.naist.jp/matras/index-j.html SSM http://www.ebi.ac.uk/msd-srv/ssm/

(無題) 削除/引用 No.1473-2 - 2009/11/03 (火) 17:29:32 - 素人ですが VMDとかはいかがでしょうか？

３次元でのタンパクのhomology比較について 削除/引用 No.1473-1 - 2009/11/03 (火) 15:10:06 - docking みなさまお世話になります。 現在、あるタンパクに注目して実験を行っているものです。 そのタンパクは種を越えて広く保存されています。 部分的にアミノ酸は変わっておりますが、おそらくその３次元構造は非常に似ているものと予想されます。 そこで、みなさまにお聞きしたいのは、たとえば、興味あるタンパクについてhumanのアミノ酸配列とラットのアミノ酸配列が分かっている場合、３次元でその構造の比較などできるツールをご存知でしたら教えていただけないでしょうか？ 学会などでもよくみかけるのですが。 たとえば、２つの分子を重ね合わせるなんてことを。 確か、pymolでもできたような気がしますが、versionが変わったのか以前のようにはできませんでした。 ご存知でしたらご教示頂けますと幸いです。

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