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長鎖DNAオリゴ合成 トピック削除
No.1452-TOPIC - 2009/10/31 (土) 00:24:13 - mutant
いつも参考にさせてもらってます。

60mer程度のオリゴDNAを合成したいと考えています。いつもPCR primerを注文している会社に作成してもらったところ、mutationが入ったものばかり取れてきて困っています。長鎖DNAオリゴ合成にお勧めの会社があれば教えて下さい。
 
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No.1452-6 - 2009/10/31 (土) 11:45:40 - ats
30~50mer長のオリゴをよく注文しますが、あるメーカー(OPC精製)品でPCR後subcloning>シークエンスするとprimer部分に変異が入っていることが頻繁にありました。はじめは鎖長に対して精製法のグレードが低いためかと思いました。その後も同じ現象が続き、注文数あたり1/20ほどの頻度で内部増幅部位より変異の確率が高かったので、メーカーに問い合わせました。しかし納得のできる回答ではなかったので、メーカーを北海道システムサイエンス社(OPC精製)にかえたことがあります。現在は価格の関係でシグマジェネシス社(ゲル濾過精製)に変えていますが、両者とも問題はないです。

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No.1452-5 - 2009/10/31 (土) 10:12:56 - 中年
「ばかり」というのがどのくらいかわかりませんが、60merだと10クローンくらいチェックする必要があるのはよくあることだと思います。同じ受託会社でもロットによるようですが。

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No.1452-4 - 2009/10/31 (土) 07:37:08 - おお
TAKARAが大昔に宣伝してましたね。そのままトランスフェクションして、
マンマルで発言させたり出来るよって、、、99%以上の精度だって
いってましたので、99個に一個がはずれなのか、シーケンスが99%
正しいのかってきいたら、黙り込んでいました、、、、、、

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No.1452-3 - 2009/10/31 (土) 00:58:29 - TS
原因の一つは、注文してるグレードじゃないんでしょうか? Pageグレードであれば、大概のメーカーはきちんと作ってくれると思います。

おすすめというほどではないですが、私は日本遺伝子研究所を使って、そのくらいのOligoは問題ありませんでした。

また、アメリカで使っていたIDT社も、HPを見る限り、日本からでも安価でPageグレードを提供しているように思います。

ちなみに、ダメだったメーカーはどこなんでしょうか? 今後の参考にもしたいので、教えて頂けないでしょうか?

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No.1452-2 - 2009/10/31 (土) 00:47:38 - 取れたらいいね!
塩基の「抜け」が多いのなら、合成後にPAGE精製をお願いしたら?
最も長く伸びたバンドを回収するので、「抜け」の対策には効果的です(高いけど)。

ただ今時、60base程度で変異が多いのであれば、メーカーを変える方が良いと思います。
「お勧め」といっても難しいですが、値段が高くても、試薬販売なども行っているような、大手メーカーに任せるのが無難だと思います。

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No.1452-1 - 2009/10/31 (土) 00:24:13 - mutant
いつも参考にさせてもらってます。

60mer程度のオリゴDNAを合成したいと考えています。いつもPCR primerを注文している会社に作成してもらったところ、mutationが入ったものばかり取れてきて困っています。長鎖DNAオリゴ合成にお勧めの会社があれば教えて下さい。

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