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(無題) 削除/引用 No.145-21 - 2009/03/15 (日) 00:08:14 - CJ 少し話がずれますが、参考までに。 かなり厳格な抗体の使用ルールを定めている雑誌もあります（下記参照）。 私はこの雑誌に投稿するために市販の抗体のキャラクタライゼーションをする羽目になりました。ケミ○ンは私に感謝しなさい…。 http://www3.interscience.wiley.com/cgi-bin/fulltext/104555392/HTMLSTART

(無題) 削除/引用 No.145-20 - 2009/03/14 (土) 23:11:52 - みょん 確かに結構酷い抗体はありますね。とは言うものの同じメーカーでも分子によって良いもの悪いもの様々なので、一概に決めつけも出来ませんし。 結局、自分で検定するしかないのではないかと。 メーカーの立場からすれば、最低限の検定はしているでしょうし、全てに対して保障しろというのは、ちょっと無理があるのかも。 そこまでコストをかけたら、売り物にならないような気がしますが。。

(無題) 削除/引用 No.145-19 - 2009/03/14 (土) 19:26:06 - C 抗体に限らず、製品である以上、lotによる善し悪しはある。たとえばポリクロなどだと抗血清の採取時期とか、免疫動物個体が違うとしばしば反応性とか特異性が変わってくることがるのは、多少なりとも免疫に経験のあるひとなら分かると思う。実験ノートには、抗体や特殊な試薬、キットについては必ずロット番号まで記録するのはそうした理由とおもう。不良品については実際、返品のうえロット交換に対応してくれることが多い。公開という話もみかけたけど、それはユーザー側としては時には役に立つことがあるかもしれない。けれども、買ったひとつの抗体がどうもうまく働かないとき、この会社のこの品番のこの抗体はよくないとか、さらに同じ抗体を使って意味のあるデータを出している他の人の論文は怪しいとかについて、当事者同士の間で議論するのはそれは自由だとおもう（特に抗体の特異性や抗原についての疑義など）けれど、当事者以外の人も自由に見聞きできてかつ匿名性の高い場所で批判することには適切でないのではないだろうか。なぜならば、会社も論文もほとんど信用のうえに成り立ってるものだから、批判された方の受けるダメージは時に計り知れないし、真の原因が批判とは別のところにあると判明したとしても、いちど生じたネガティブなイメージはそう容易には払拭できないから。ただ科学の進歩のためにはこれはどうしてもいま公開しておくべきと考えるなら正当な法的な手続きのもとで争う事柄とおもう。論文ならば、批判論文として発表して紙上討論できる。雑誌によってはコメンタリーとかレターとかオピニオンの項目をもうけてそうした議論（その雑誌あるいは関連領域の雑誌に載った論文にたいする疑問、質問、賛否いずれかの意見）の場所を提供しているものもある。

だめ抗体の公開は・・・ 削除/引用 No.145-18 - 2009/03/14 (土) 04:01:35 - Tb > こういう場合は、ここでなくても良いのですが、会社とクローンの実名を出していただいたきたく思うのです。 実は結構難しいんですよね。先に「真の反証は大変」と書きましたが、やってみてだめだった時、実験者の方のサンプルや手法によるところもあるので。完璧を期さずにワークしなかったと公開すると名誉毀損ってことも。 具体的会社名・商品名をあげるときはやはりその会社をまず攻めてからでしょう。一方、口コミは、ある程度気心しれたコミュニティー内でなら大賛成です。 あと、みなさん、論文のマテメソはきちんと書きましょうね。一つの会社から同一分子に対して複数の抗体がでているのに特定できない記述が結構ありますから。

この場を借りて提案ですが 削除/引用 No.145-17 - 2009/03/13 (金) 23:04:17 - ぎぶ Tbさんの書かれたような話は時々耳にしますが、 こういう場合は、ここでなくても良いのですが、会社とクローンの実名を出していただいたきたく思うのです。 抗体は顕著な例ですが、他にも実験関係では、宣伝文句と全然違う、という例がかなりあります。 これは人の税金が無駄に出費させられたということなので、 今後その試薬で被害を受けないためにも、またメーカーにそういうことの無いようにしてもらうためにも そろそろ、そういう情報を公にする必要があるように感じています。 abcさんをはじめ、皆様はどうお考えでしょうか？

(無題) 削除/引用 No.145-16 - 2009/03/13 (金) 10:32:45 - abc 皆様本当に有難うございます。お礼が遅れて申し訳ございました。メーカーからの返事を待っていたもので。 結果として提出したWBのデータでそれなりに納得してもらえたようで、「交換」と言う形になりました。ついでだったのでこの抗体がこの後どういう扱いになるか伺った所「こちらでさらに検定し、その後判断を下す」との事でした。（本当かどうかわかりませんが）まぁ妥当な所でしょうか？ >>名無しさん 確かにIPなどでは使えるのかも知れませんね。ただ今回の用途が基本的にWB一本だったので、残念な事になりました。 >>Tbさん 貴重な体験談、御忠告有難うございます。なんというか、お疲れさまです。そういった例もあるのですね。確かに「真の反証はそれなりに労力・気力が必要」だと思います。場合によってはFigure一個分くらいできそうですものね。私の場合、もしこれ以上のデータを求められたら、、、あきらめていたかも知れません。。。 >>それでも研究者仲間での口コミ交換はして、みんなで共有できるといいとは思います。 これはそうだと好ましいですよね。タグや比較的一般的な抗体は情報交換しやすいのですが、個々のタンパク質についてってなかなか難しいですよね。そう言った情報交換が出来るサイトとかって有りませんかね？でもあったとしても、いい事は書きやすいですけど、ネガティブな意見ってかなり書き辛い気がする。 >>再現性が乏しいさん 「自己防衛」肝に銘じておきます。 >普通は論文撤回（もちろん事の重大さに依存します）ではなく、新たな論文で簡潔に弁明するパターン どうやってやるんだろう？やはりここでも英語力が試されるのですかね？ >>AKT48さん > WBやIHCに使えるいい抗体、悪い抗体を知っているだけでも、アドバンテージがあるといえます。個人的には売っているほとんどの抗体は胡散臭いと思っています（特に免染）。 仰る通り、ただその「アドバンテージ」がなかなか手に入らない。なにかコツの様なものでもあるのですかね？やはり自分で作って、自分で十二分に検定ってのが確実なのかも知れませんが、昨今、以前に比べて一つの論文が扱っているタンパク質の種類ってのも増えている気がしますし、中々、難しい問題ですよね。 免染、IPは私もかなり注意して観察、評価しているつもりです（他の方々の論文を含めて）。確かに怪しい結果って多いと思います。例えば、WBで複数バンドが出る怪しい抗体を、免染に（KDなどで評価せずに）使っている論文を、時にどう評価していいかわからない（もちろんWB、ICCの違いは有りますし、もしかしたらdata not shownで検定を行っているのかも知れませんが）。まぁそれを言っていくとキリがなくなってしまうのかも知れません。 > 数十年前までいい抗体を作成し、WBやIHCをするだけで論文になりましたからね。 私も幾つか読んだ事が有りますが、読み手、その抗体のuserには役に立つ論文だと思います。ただ最近はそれだけで論文にするのは難しい（無理？）ですよね。

(無題) 削除/引用 No.145-15 - 2009/03/09 (月) 00:42:02 - AKT48 最近の数名の方のご意見に同意です。 WBやIHCに使えるいい抗体、悪い抗体を知っているだけでも、アドバンテージがあるといえます。個人的には売っているほとんどの抗体は胡散臭いと思っています（特に免染）。 数十年前までいい抗体を作成し、WBやIHCをするだけで論文になりましたからね。

(無題) 削除/引用 No.145-14 - 2009/03/08 (日) 23:13:25 - 再現性が乏しい　 >[Re:6] abcさんは書きました : > 皆様の御意見を元にすると、今回の私のクレームを受けたメーカーはその結果を実験によって改めて検討するかどうかは不明だが、なにはともあれ過去にその抗体を購入した人間に対して情報のフィードバックは行わず、ただ使用用途が変更になる、発売中止になる、放置する、のいずれかのパターンになる、と言う事でしょうか？ > 残念な話ですが、まさにそういうことだと思います。トピ主さんが求める例外があったとしてもそれは例外にすぎません。研究者はこういう事故にも備えて、自己防衛する必要があります。 とくに抗体については、免疫沈降などにおいて再現性が乏しいというというのは有名な話で、サイエンスという面では、大変に困った話です。 すでに指摘があるように、会社を告発する？にしてもあまり労力を使わないのがポイントです。 責任はもてませんが、普通は論文撤回（もちろん事の重大さに依存します）ではなく、新たな論文で簡潔に弁明するパターンがよくあるような気がします。

販売会社へのクレームした体験 削除/引用 No.145-13 - 2009/03/08 (日) 09:01:27 - Tb 私も販売会社に最近クレームをした経験があるので少し書いてみます。 私はとあるgrowth factorについて仕事をしているのですが、この分子に対して複数の会社（ただしどこもどちらかというとマイナーなところ）が同一のクローンのモノクロ抗体を出しています。しかし、ずっと以前からこの抗体はそのものに反応せず、見ているのはノンスペではないかと思っていました。その間、その抗体を使った（しかもけっこう核心部分として）論文が複数出ていました。私にとってはそれらはつっこみどころ満載です。そうこうしているうちに昨年の夏頃、とある最大大手の会社もそのクローンを売り出しました。さすがにそれはいかがなものかと思い、まさにクレームのための証明実験系を作り上げ、テクニカルサービスに問いただしました。はじめはのらりくらりでしたが、向こうも検証のための抗体を無償で出すようになり、こちらもトランスフェクタントを送るなどして、最終的に先方も少なくともデータシートにのせていた図はノンスペであったと認めました。 その後その会社から過去の購入者に、ノンスペが出る可能性があるのでそのモノクの販売を中止し、購入者に対し別の抗体をプレゼントする、と手紙がきました。 ここまで半年以上かかりました。個人的な実験と批判されてもおかしくない実験をし、精神的にもそれなりに消耗しました。私はこのgrowth factorがメインの人間なのでやむを得ないとも自分に言い聞かせてますが、たとえばシグナリングパスウェイの分子を形式的に調べていて、おかしいと思ったとして、そのよな時にクレームをつけるべきかというと、やめておいた方がいいと思います。真の反証はそれなりに労力・気力が必要です。ただ、それでも研究者仲間での口コミ交換はして、みんなで共有できるといいとは思います。

(無題) 削除/引用 No.145-12 - 2009/03/07 (土) 23:53:26 - 名無し 全長ということはつまりリコンビナントかなんかのその蛋白質をそのまま注射したということが考えられますね。そうするともしAとBでどこか局所的に高次構造的にわりとはっきりした違いがあってそうした部分がこの抗体のエピトープだとしたら、もしかしたら天然状態ならばAとBをうまく識別できるけど、変性させてたよりにしている高次構造が崩れるとそのエピトープに関わるあたりの配列が運悪くAとBでそんなに違わなくて、両方認識してしまうとかいうことはないでしょうか。特異性とかのチェックをELISAとかでやっててそれで大丈夫だったということで、さらに突っ込んでWBだと識別できるだろうかとかまで見なければ、抗体はちゃんとしていても、こういう問題は発生する可能性はあるかもしれないとふと思いました。メーカーにその辺のいきさつをきいてみたらどうでしょうか。もし可能性あればまたWB以外の方法で今の研究でこの抗体を生かす余地はまだあるようにおもいます。また論文書くときに、ウェスタンだとこうですから注意しましょうと書いてあげれば、他の研究者にも役に立ちますね。こんど抗体を買うときは用途とともに抗原部位のことも考慮して選ぶといいですね。

(無題) 削除/引用 No.145-11 - 2009/03/07 (土) 15:17:59 - abc >AKT48様 そのような抗体のベストな検定方法は何でしょうか？ やはりKO、KDなのでしょうか？ KOはちょっと手に入らないのですよね。。作るしか。。 KDでも100％のKDっていうのも難しいですよね。

(無題) 削除/引用 No.145-10 - 2009/03/07 (土) 15:11:27 - abc >部外者様 御指摘有難うございます。 仰る通り、今、その抗体を使用している論文をあたってみている所です。 こうして見てみるとそれらの結果が両者のいずれか、または総合したタンパクの挙動を示しているかもしれない訳で、色々解釈が変わって来るなぁ、と。 ただ残念ながらラボの方針から考えて、それを元に新たなテーマを、というのは現段階では難しそうです。 >TK-1様 御意見有難うございます。 しかしながら、 > あなたがまともな研究者なら、そもそもメーカーがクロスしないと言うことがどの程度の科学的な根拠があるのかを自分で検証して、その抗体を使うべきです。それをせずに、メーカーがクロスがないといっているのに自分の実験でクロスするようだという結果が出たときにメーカーにだまされたなどというのはただの > 被害妄想です。そもそも、全長を抗原にしたとわかっていて、ある程度の相同性のあるファミリーの分子が存在するのであれば、クロスすると疑ってかかるのは当たり前です。 個々の抗体、ましてやネットでの議論にも限度が有りますが、限られた条件（モノクロ、ポリクロ、予算、使用用途、動物種に対する汎用性、メーカー、使用実績、他のラボとの競合等）の中で最善だと思い選びました。その上で、手持ちの可能な条件下で検定を行いました。結果、この抗体は問題が有りそうだという結論を下しました。 「購入」、「譲渡」の選択肢の中では、これ以上の余地はなかったと思っております。確かに「被害者?」という言葉を軽々しく使ってしまいましたし、文章が全体的にネガティブで、メーカーへの不満も記述しております。こういったフォーラムには不適切な言い回しだっかかもしれません。しかしながら、ちょっとTK-1さんの文章って攻撃的ではないでしょうか？ > > もしそれで論文を出してしまって、後々クレームがついた場合、実験の過程においてその可能性を追求しなかった著者の責任であり、メーカー側の責任ということにはならないでしょう。それとも、その場合にメーカーがそういっていたので結果的に誤っていました、なんてレスポンスしたら、それはそれで自分の研究者としての能力を否定する意外の何物でもありません。 ちょっと違和感を感じます。元々の検討が十分であろうがなかろうが、もし仮にメーカー側からそういったレスポンスが有り、自分でもそれを確認したのであれば、個人的にはJournalに問い合わせるべきだと思いますが。そうでないと世間的にはともかく、捏造と変わらないと思うのです。 曖昧な文章が原因で皆様をミスリードしてしまったかもしれませんが、 質問の中心は 1. 購入、使用した抗体が後々になって目的のタンパク質を認識せず、同一の分子量の他のタンパク質を認識する事がわかった、という情報を研究者仲間から得た事が有るか？ 2. その際に、特に論文提出後に、どういった対処をした、すべきか。 3. メーカー側に抗体がworkしない事を伝えた後、その抗体の扱いがどうなったか？ 4. 1と重複しますが、以前購入した抗体に関してメーカー側から「この抗体は実は。。。」の様なフィードバックは有り得るのか？ という質問です。 御理解頂けましたでしょうか？

(無題) 削除/引用 No.145-9 - 2009/03/07 (土) 14:13:29 - AKT48 内在性と外来性由来のタンパクによって反応が違う抗体が多々あります。 スペックシートにその旨書いてる場合もあります。 内在系では特異的だけど、強制発現系では特異性が緩くなるということもありそうな気がします。

(無題) 削除/引用 No.145-8 - 2009/03/07 (土) 13:27:46 - 部外者 的外れかもしれませんが、むしろabcさんは新しい発見をしたといえるのでは？もしかして過去発表された結果をくつがえすことになるのではないでしょうか。会社にフォローアップさせるということではなく、ご自身で論文にするという手は考えられないですか。別アングルから攻めて違った結果が出た、実験科学の分野では普通のことではないですかね。

http:// 削除/引用 No.145-7 - 2009/03/07 (土) 00:56:47 - TK-1 あなたがまともな研究者なら、そもそもメーカーがクロスしないと言うことがどの程度の科学的な根拠があるのかを自分で検証して、その抗体を使うべきです。それをせずに、メーカーがクロスがないといっているのに自分の実験でクロスするようだという結果が出たときにメーカーにだまされたなどというのはただの 被害妄想です。そもそも、全長を抗原にしたとわかっていて、ある程度の相同性のあるファミリーの分子が存在するのであれば、クロスすると疑ってかかるのは当たり前です。 もしそれで論文を出してしまって、後々クレームがついた場合、実験の過程においてその可能性を追求しなかった著者の責任であり、メーカー側の責任ということにはならないでしょう。それとも、その場合にメーカーがそういっていたので結果的に誤っていました、なんてレスポンスしたら、それはそれで自分の研究者としての能力を否定する意外の何物でもありません。

(無題) 削除/引用 No.145-6 - 2009/03/06 (金) 23:43:47 - abc 皆様、御意見有難うございます。 情報が小出しになってしまい申し訳有りませんが、培養細胞を用いた検討において、実際はmock、GFP、GFP-A、GFP-B、GFP-C（これもファミリー分子の一つ）を用いて検定しております。これをanti-GFPとanti-A抗体でside-by-sideでWBしております。でanti-GFP抗体でのWBの結果はGFP単独で多少発現が強いですが、GFP-A、B、Cでは差がなく、anti-A抗体ではA、Bが同等、Cで（もちろんGFP単独でも）bandは確認できず、といった結果です。 この結果とA、B、Cのアライメントによって既にこの抗体が認識するであろう領域は把握しております。（因みにこの抗体の抗原は全長のAです。のでcross-reactについては元々可能性は考えられた訳ですが。） また実験データは既にメーカーに送付しており、やりとりを開始した所です。 皆様の御意見を元にすると、今回の私のクレームを受けたメーカーはその結果を実験によって改めて検討するかどうかは不明だが、なにはともあれ過去にその抗体を購入した人間に対して情報のフィードバックは行わず、ただ使用用途が変更になる、発売中止になる、放置する、のいずれかのパターンになる、と言う事でしょうか？ なんというか、改めてヒドい話ですよね。 どおりで使えない抗体が次々産み出されるわけですね。

(無題) 削除/引用 No.145-5 - 2009/03/06 (金) 23:18:17 - 名無し 組織サンプルでウェスタンする際にB蛋白質で競合させると、シグナル消えますか、またA蛋白質、では消えませんか。GFP-、GFP−Bの話では、例えばBの配列と似たような配列がGFP内にあったりしたら？ということもちょっと気になりました。もしかしてGFPそのものとは反応しませんかね。GFPじゃなくて、GSTとかにつないでやったらどうなりますかね。

(無題) 削除/引用 No.145-4 - 2009/03/06 (金) 09:56:11 - 名無し 現在問題になっていることを話して、抗体作成に使用したアミノ酸配列がどこからどこまでか聞いて見ましょう。それが分かれば、理論的にクロスリアクトする可能性があるかどうか分かると思います。同時に抗体の中身そのものが間違えていることもありえないことではないので、ロット番号の違う代替品への交換も打診してみましょう。（この場合、今の抗体は送り返すことになると思うので、捨てないでください。またデータ添付も求められるかもしれないです。）

(無題) 削除/引用 No.145-3 - 2009/03/06 (金) 06:55:52 - 黄色 使用用途がしらないうちに変更になっていたというのはみたことあります。免疫染色の用途がきえていました。クレームがついたために、そうなったのかもしれません。 普通は、そんな感じでしょう。あまりにも評判が悪いと発売中止になるかもしれません。 ＞ファミリー分子とcross-reactしない めずらしいですね。クレームにより、それが確認されれば、その文が削除されるのが普通。 ぜんぜんワークしない抗体を売る会社が、ここでも言及されますから、とくに驚くに値しません。 条件が非常に厳密にはあっていなく、厳密に合わせれば、cross-reactしない可能性も。

(無題) 削除/引用 No.145-2 - 2009/03/06 (金) 06:46:16 - あるある研究員 それはよくあることです。 怪しい抗体で出した怪しいデータがまかり通っていたりしていることも多いので、気をつけましょう。 怪しい抗体を販売中止していたらサンタクルズなんて潰れてしまうでしょう。

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