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APOBEC3ファミリーとレンチウイルスベクター トピック削除
No.1431-TOPIC - 2009/10/28 (水) 18:22:29 - 匿名
質問をするのは初めてになります。
どうぞよろしくお願いいたします。

レンチウイルスベクターを頻繁に使用しているのですが、疑問があります。
レンチウイルスベクターで遺伝子導入した際には、APOBEC3ファミリーによってG/A mutationが導入されていると考えたほうがよいのでしょうか?
それともそんな可能性はとても低いものなのでしょうか?

P2相当のレンチウイルスはvifが除去されていると聞きますので、integrateされる配列が意図したとおりに維持されているのか心配しています。
自分でシーケンシングすれば判るのでしょうがそれもなかなか大変で・・・。
誰か詳しい方がいらっしゃったら教えてください。
どうぞよろしくお願いいたします。
 
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ZpDwBOsJSiNEAr 削除/引用
No.1431-12 - 2009/12/24 (木) 15:20:47 - ClubRed

(無題) 解決済み 削除/引用
No.1431-11 - 2009/10/30 (金) 16:09:18 - 匿名
とも様

お返事ありがとうございます。
とも様のお返事でスッキリ解決したように思います。

そして、う様、taka様もコメントありがとうございました。
大変勉強になりました。

自分が質問を書き込むのは初めてでしたが、たくさんの方が解決に導いてくださり、とても感謝しております。
皆さま、重ねてお礼申し上げます。

(無題) 削除/引用
No.1431-10 - 2009/10/30 (金) 14:52:25 - とも
そういうことだったんですね。
基本的にapobec3G(-)細胞でウイルスを作れば大丈夫です。
しかし、賛否両論あるのですが、標的細胞がresting T cellやモノサイトなどのときはapobec3G(-)細胞でウイルスを作っても、これらの細胞はapobec3Gがlow molecule分画(活性化T細胞はhigh molecule)にあり、このlow moleculeのapobec3GはVifがあってもウイルスを攻撃するらしいです。しかしこの現象を否定しているグループもあります。

あとHIVはG-Aの変異が入りやすいっていうのは、Apobec3Gが見つかる前から言われています。

(無題) 削除/引用
No.1431-9 - 2009/10/30 (金) 09:32:17 - 匿名
taka様

お返事ありがとうございます。

taka様のご指摘どおりの記述がある総説に書かれておりました。
そのメカニズムについて考察した文献も存在するようなので、APOBEC3Gがウイルスに取り込まれるのは確かな事実のようです。

ウイルスベクターの場合はパッケージング細胞と感染させる細胞が別なことがほとんどですよね。
パッケージング細胞(293細胞)がAPOBEC3(-)だったらそれで万事OKなのか、感染させる細胞のAPOBEC3にも影響されるのか・・・
とも様のコメントを参考にすると、パッケージング細胞がAPOBEC3(+)の状況というのは確実にダメみたいですね。

(無題) 削除/引用
No.1431-8 - 2009/10/29 (木) 18:23:14 - taka
ちょっと不確かで申し訳ありませんが、ウイルス産生細胞のAPOBECが粒子中に取り込まれて、抗ウイルス活性を発揮する、と記憶してます。

間違ってたら指摘してください。

(無題) 削除/引用
No.1431-7 - 2009/10/29 (木) 16:23:12 - 匿名
taka様

お返事ありがとうございます。

P2相当のレンチウイルスベクターは修飾遺伝子が取り除かれていると記憶していますので、vifを持ち込めないベクターですよね。
そのようなベクターで遺伝子導入がそこそこ成立する細胞はvif非要求性の細胞で、APOBEC3の発現がない。
一方、vif要求性の細胞ではvif(-)ウイルスベクターの感染は困難で、そういう細胞ではAPOBEC3の発現がある。
大雑把にそういう理解でよろしいでしょうか。

と言うことは、APOBEC3による変異導入を気にするべきかどうかは感染させる細胞によって決まることであり、容易に感染実験が成立する細胞ではあまり気にする必要は無く、感染が困難な細胞に出会ったときは気にしたほうがよいのかもしれませんね。
二者間の線引きにあいまいさが残りますが、その判断は実験者にゆだねられることなのかもしれません。

(無題) 削除/引用
No.1431-6 - 2009/10/29 (木) 13:34:32 - taka
細胞によってVif要求性の細胞(APOBEC3発現あり)と非要求性(発現なし)のものがあります。

(無題) 削除/引用
No.1431-5 - 2009/10/29 (木) 12:21:18 - 匿名
う様

お返事ありがとうございます。

恥ずかしながら私はAPOBEC3ファミリーについて最近はじめて知り、ウイルスゲノム-APOBEC3動物種やAPOBEC3動物種-ウイルスvifの関係についてはよく知りません。
もし関係あるようでしたら教えていただけると助かります。参考文献などをご紹介していただけるだけでも結構です。

私はHIV-1由来のレンチウイルスベクターを293FT細胞で作製し、ヒト由来株化細胞あるいはヒト初代培養細胞に感染させています(ありふれた実験手法です)。
一連の実験の中でヒトAPOBEC3がレンチウイルスベクター中の目的遺伝子に変異を導入し、間違った配列の遺伝子が目的細胞にdeliverされることがあるのかどうかを疑問に思っています。

このような心配は杞憂なのか、それとも気をつけるべきなのか、用いる細胞種によって対応が異なるものなのか、なかなか資料が手に入りません。

とも様、う様はもちろんのこと、ご存知の方がいらっしゃると嬉しいです。
どうぞよろしくお願いいたします。

(無題) 削除/引用
No.1431-4 - 2009/10/29 (木) 11:27:19 - う
どの動物種のAPOBEC3が効果があるか知っていますか?

(無題) 削除/引用
No.1431-3 - 2009/10/29 (木) 11:23:04 - 匿名
とも様

お返事ありがとうございます。

私の質問が説明不十分でした。どうもすみません。
補足させていただきますと、
レンチウイルスベクターを用いて普通の遺伝子(APOBEC3以外)を培養細胞に導入しているのですが、感染を受けた細胞の内在性APOBEC3によって導入遺伝子にG/A変異が入りそのままゲノムにintegrateされることはあるのでしょうか・・・という質問でした。

このような心配は机上の空論なのか、それとも注意しながら実験すべきなのか気にしています。
もしご存知の方がいらっしゃったら教えてくださると助かります。
どうぞよろしくお願いいたします。

(無題) 削除/引用
No.1431-2 - 2009/10/29 (木) 10:24:54 - とも
レンチウイルスベクターでApobec3G発現はできません。
できても非常にタイターが低いです。
試してみたらわかります。
G-Aの変異もたくさん出てくるでしょう。

APOBEC3ファミリーとレンチウイルスベクター 削除/引用
No.1431-1 - 2009/10/28 (水) 18:22:29 - 匿名
質問をするのは初めてになります。
どうぞよろしくお願いいたします。

レンチウイルスベクターを頻繁に使用しているのですが、疑問があります。
レンチウイルスベクターで遺伝子導入した際には、APOBEC3ファミリーによってG/A mutationが導入されていると考えたほうがよいのでしょうか?
それともそんな可能性はとても低いものなのでしょうか?

P2相当のレンチウイルスはvifが除去されていると聞きますので、integrateされる配列が意図したとおりに維持されているのか心配しています。
自分でシーケンシングすれば判るのでしょうがそれもなかなか大変で・・・。
誰か詳しい方がいらっしゃったら教えてください。
どうぞよろしくお願いいたします。

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