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(無題) 削除/引用 No.1427-3 - 2009/10/28 (水) 09:53:53 - おお >[Re:2] atsさんは書きました : > 最近、bilud37にゲノムデータベースが更新されたためと思います。 > 古い情報が消されてしますので、結構問題だったりします。 > Gap(シークエンスが確定できなった領域）が最近の次世代シークエンサーで埋まったそうです。 > それでもGapは存在するので、将来的にも変更されることはありそうです。 > ただし、以前のようにある領域の向きが変わったりするような大きな変更はなさそうです。 > また、各個人のDNAを詳細に調べると、微小な変異だけでなく遺伝子レベルの欠失・重複・逆位等が見られることが明らかになっていますので、お使いの材料とデータベースとの相違があるかも知れません。 染色たいの表記がGRCH37に変わってたようなので、たぶん更新されたんだろうな って思ったりしてましたが、前の染色体のデーターベースの位置で保存していた データーとずれていて、やりにくいなあぁ、、、って(今の作業に限っては そんなに支障ないですけど)。 HAVANAのデーターがなんかENSEMBLと同じように構築されて複製されている ような感じに見えたりして、、、こういうのって使いやすいのかなぁ、、、

(無題) 削除/引用 No.1427-2 - 2009/10/28 (水) 09:35:15 - ats 最近、bilud37にゲノムデータベースが更新されたためと思います。 古い情報が消されてしますので、結構問題だったりします。 Gap(シークエンスが確定できなった領域）が最近の次世代シークエンサーで埋まったそうです。 それでもGapは存在するので、将来的にも変更されることはありそうです。 ただし、以前のようにある領域の向きが変わったりするような大きな変更はなさそうです。 また、各個人のDNAを詳細に調べると、微小な変異だけでなく遺伝子レベルの欠失・重複・逆位等が見られることが明らかになっていますので、お使いの材料とデータベースとの相違があるかも知れません。

ENSEMBLのヒトゲノムのデーターベース 削除/引用 No.1427-1 - 2009/10/28 (水) 02:54:46 - おお いまENSEMBLのヒトゲノムのデーターベースをみています。 ちょっと前に同じサイトでエクソンイントロンの構成を 調べて、その位置をまとめた表を作ったのですが 、今調べるとこの位置が少しずれています (たとえばイントロンはchr3_42458058-42458557 に あるとかでいまみるとchr3_42456055-42456554になっているとか)。 こんなに変わるとややこしいなあって、、、今でもこんなにシーケンスが 定まってないのでしょうか。。。。

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