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(無題) 削除/引用 No.1423-6 - 2009/11/05 (木) 12:31:39 - Ｓ野 貴重な意見をありがとうございました。 今後の参考にしたいと思います。

(無題) 削除/引用 No.1423-5 - 2009/10/31 (土) 07:32:40 - おお >[Re:4] あかねさんは書きました : > UVクロスリンクは可逆的なのかな？ 非可逆的と思って良いと思います。 ラジオラベルしたRNAをタンパクと結合させ UVクロスリンクし、RNAを消化してSDSPAGEで タンパクがラベルされたかをみる方法があります。 通常のサンプルバッファーを使います。すくなくとも 2-meの還元力では外れません。DTTもたまに使うようですが、 そのときはアクリゲーションが起きた時改善できる という人がいます。ですので可逆的なものもあるのでしょうけど そういう物はこの系では期待していないといえるでしょう。 UVクロスリンクのあとIPをし、結合しているRNAを確認するのに RTをする実験もありますが、タンパクはPK処理で分解して除きます。 簡単に可逆的に外れるならこの作業はあまり必要ないと思えます。 ただフォルムアルデヒドを使ったChipIPの場合でもPK処理は しますけどね。こちらの方は詳しくないですけど、DTTで可逆的に はずせるという話は聞いたことがあります。

(無題) 削除/引用 No.1423-4 - 2009/10/30 (金) 17:59:42 - あかね UVクロスリンクは可逆的なのかな？

(無題) 削除/引用 No.1423-3 - 2009/10/30 (金) 09:09:51 - Ｓ野 返信ありがとうございます。 UVだとホルムアルデヒドのようにクロスリンクを媒介するものがないので近いもの同士しか架橋されないのですね。直接的な相互作用にはUVで間接的な相互作用も見たい場合はホルマリン固定を使うというイメージで使い分けたいと思います。

(無題) 削除/引用 No.1423-2 - 2009/10/29 (木) 06:28:11 - おお RNAの実験であるタンパクとダブルストランドのRNAとの結合を 見た実験でUVではクロスリンクしにくかったという結果が あり、その実験ではメチレンブルーをつかって、蛍光灯 なんかで(かし光だとおもう)でクロスリンクすると改善された というのを見たことがあります。 一般化していえるかどうか分かりませんがダブルスとランドは UVでは検出感度がよくない可能性を指摘していました。 UVはタンパク同市のクロスリンクが比較的起こりにくい のでクロスリンク後変性などをへてからIPすることにより 直接的な結合を示しやすいという人はいます。 あとダブルストランドでUVとかだと、確実に塩基がスタック した状態なので、チミジンダイマーができたり、センス アンチセンスがリンクしやすいかもしれませんね。 ちょっと想像のところもありますが、こんなふうに考えています。

UV cross-linkとホルマリン固定の違い 削除/引用 No.1423-1 - 2009/10/27 (火) 18:25:23 - Ｓ野 UVによるクロスリンクとホルマリン固定の違いはどのようなものでしょうか？ DNAでのChIPにはホルマリンの方が使われていてRNAでの固定のときはUVが使われているように思いますがどのような理由なのでしょうか？

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