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(無題) 削除/引用 No.1386-24 - 2009/10/26 (月) 15:01:02 - ぺぇ >AP様 >おお様 　フェノール単独での抽出の仕方もあったのですね！僕も今日母校の図書館で漁ってみましたら、ベクター抽出の方法にフェノール抽出→フェノクロ抽出→クロロホルム抽出の順に行うという記載を見つけました。フェノール単独抽出ではタンパク質と糖類（多糖類）を除くことができるとか書いてありました。 　どういう意図で知人がフェノールのみを使っているかは、帰国したのちに聞いてみます。 　ありがとうございました。

(無題) 削除/引用 No.1386-23 - 2009/10/25 (日) 10:01:15 - AP フェノール単独で抽出することはあります。たとえば、ゲルから切り出したDNAを精製するとき、アガロースを除くのにはPCIは有効ではなく、フェノール単独で抽出します。 除タンパク質でも、今ではいきなりPCI抽出するのが一般的になっていますが、かつてはたいていの手引書で、フェノール→PCI→クロロフォルムという3段階の抽出がスタンダードだったと記憶します。私も、アルカリSDS法でプラスミドを精製を最初に習ったときは、フェノール→PCI→クロロフォルムの3段階でした（今では通常、抽出自体をスキップしていますが）。フェノール単独で抽出を始めると、タンパク質が中間層だけでなくフェノール層にもかなり吸収されている感じで、そうすることに（プラクティカルにはあまり大きなものではないとしても）何がしかの意味はあるのではないかと思います。

(無題) 削除/引用 No.1386-22 - 2009/10/25 (日) 09:22:32 - おお >[Re:21] うさんは書きました : > 質問者様が長文で何を言いたかったのか、よくわかりませんでしたが、 > 私としては、単刀直入に言うと、 > > 質問者様は結局のところ > 中途半端な知識だなと思います。 > > TK−１様がご指摘の通り、 > フェノールやクロロホルムの特質は理解しているとは思えないですし、 > もし、知っているとしたら、その知識を応用して想像することができていない。 > > ある意味、自分のボロがここでわかって、良かったですね。 > 頑張ってください。 >[Re:15] うさんは書きました : > 不毛です。 > 雑談を楽しむということなら、他で。 > > これ以上、質問者をいじめなくても。 ん?????

(無題) 削除/引用 No.1386-21 - 2009/10/25 (日) 08:48:40 - う 質問者様が長文で何を言いたかったのか、よくわかりませんでしたが、 私としては、単刀直入に言うと、 質問者様は結局のところ 中途半端な知識だなと思います。 TK−１様がご指摘の通り、 フェノールやクロロホルムの特質は理解しているとは思えないですし、 もし、知っているとしたら、その知識を応用して想像することができていない。 ある意味、自分のボロがここでわかって、良かったですね。 頑張ってください。

(無題) 削除/引用 No.1386-20 - 2009/10/25 (日) 05:34:05 - おお 私はフェノールだけでDNAを処理することは 結構あります。理由は実験によりそれぞれで すが、わざわざクロロフォルムをまぜて、 試薬を作るほどでもないなという単なる怠慢 も手伝ってます。 あ、それと私がトピをミスコンダクトしちゃいましたね。 すいません。

(無題) 削除/引用 No.1386-19 - 2009/10/25 (日) 05:15:49 - TK−１ > 　質問に関してですが、有機合成出身なのでフェノールやクロロホルムの特質は理解はしていたのですが、その知人のフェノールのみで抽出をする方法が存在するのかというのが真意です。僕のラボではちと古いですがクロホのみの抽出は時々行うのですが、フェノールのみっていう実験をしたことがなかったので、メジャーなのかどうかをお尋ねしたかった次第です。 フェノール単独で抽出することはないことはないです。ただそれ以上に、有機合成出身が”フェノール/クロロホルム溶液で保存して、使うときは下層を用いて抽出を行っている”ときいて、なぜそれがフェノール単独で使うという解釈になるのか不思議です。

(無題) 削除/引用 No.1386-18 - 2009/10/25 (日) 00:00:08 - ぺぇ >ami様 >ザンギ様 >in situ様 >う様 >AP様 >おお様 >K様 >植物屋様 >匿名の特命様 >あべちゃん様 　お返事が遅くなってしまい申し訳ありません。さまざまな助言もこれからの研究の参考にしようと思います。 　質問に関してですが、有機合成出身なのでフェノールやクロロホルムの特質は理解はしていたのですが、その知人のフェノールのみで抽出をする方法が存在するのかというのが真意です。僕のラボではちと古いですがクロホのみの抽出は時々行うのですが、フェノールのみっていう実験をしたことがなかったので、メジャーなのかどうかをお尋ねしたかった次第です。 　現在、僕は米国の医学生でして、授業の一環としてラボでお手伝いをしています。そこで思ったのはキットを使うとか原理を知っているとかは日本はまだましだと思っています。まず僕の大学のラボではキットしか使いません。（だれでも同じように再現実験できるようなメリットがあると言われたことがあります。）ピペットもビーカーも業者に洗浄をお願いします。（夕方に取りに来て、朝置いておいてくれるんです。）溶液の調整もしたこと無い人ばかりです。（ですがなぜか元素記号は100番くらいまで覚えています。） 　そんな環境なのですが、論文はいっぱい出ていることを考えると、今の医学研究はマネー、マンパワーなのかなぁとつくづく思ってしまいます。皆様の懸念されていることも重々承知ですが、そう思ってしまいます。 　僕と違ってこれから研究職を続けていく方は皆様の懸念を理解し、日本人らしく豊富な知識を持って研究されていってくれるよう願っています。今は遅い夏休みで日本に帰っているので、研究している友達と会っていろいろ話を聞いてみようかと思いました。 　長々とありがとうございました。

(無題) 削除/引用 No.1386-17 - 2009/10/23 (金) 11:52:55 - 植物屋 うさんのおっしゃるとおり、 ここで話すべき話題ではありませんね。 それこそ２ｃｈ？ すみませんでした。 スレ主さんは少なくとも「疑問を持つ」ことはされているので、 評価してますよ〜。

(無題) 削除/引用 No.1386-16 - 2009/10/23 (金) 11:44:56 - 植物屋 ポスドクとして、学生何人か面倒見てます。 口を酸っぱくして「原理を考えろ」「なんで？って思え」 「誰よりもその材料（植物）に詳しくなれ」「観察力つけろ」 って言ってますが、 正直疲れてきました。 そろそろ研究（というか、大学）から足を洗おうと考えてます。

(無題) 削除/引用 No.1386-15 - 2009/10/23 (金) 11:40:10 - う 不毛です。 雑談を楽しむということなら、他で。 これ以上、質問者をいじめなくても。

(無題) 削除/引用 No.1386-14 - 2009/10/23 (金) 11:05:03 - あべちゃん >[Re:11] 特命の匿名さんは書きました : > まあ、資金とってきているPI、中間管理している助教、すべてがきゅうきゅういっている状態なので、彼らを責めてもでしょうがないのでしょうが・・・でも、明らかに個人だけの問題ではないです。 しかし、APさんらが原理から詳細に説明して下さっているのに、それに対する応答がないことは、個人に大きな問題があると思います。 教えてもらっておいて、レスしないって言うのは、最低限のマナーすら守れていない人間なので、恐らく理想的な環境で育てても、そうでなくても、そういう人は同じだと思います。 感謝の意を表さない（あるいは感謝してない、当たり前？）人間は、成長しないと思います。

(無題) 削除/引用 No.1386-13 - 2009/10/23 (金) 10:23:42 - ami >> 私の理念に燃えた学部・修士・博士時代は、まさに「考えている暇あったら手を動かせ」と抑えつけられてました。 >それこそ効率が悪いと思いますけどねえ。 やはり学生だけが問題でもなさそうです。 肝に銘じておこう、、

(無題) 削除/引用 No.1386-12 - 2009/10/23 (金) 09:37:02 - おお >[Re:11] 特命の匿名さんは書きました : > ２ｃｈ用語に「ピペド」とか「ポス毒」という言葉があるように、日本の多くのラボはそのような労働力としてしか人を扱っていないのではないでしょうか。 労働力と考えつつも、学生に給料も払わないってのが日本の待遇、、、、 ひどいもんですねェ。 > 私の理念に燃えた学部・修士・博士時代は、まさに「考えている暇あったら手を動かせ」と抑えつけられてました。 それこそ効率が悪いと思いますけどねえ。 やはり学生だけが問題でもなさそうです。

(無題) 削除/引用 No.1386-11 - 2009/10/23 (金) 08:50:22 - 特命の匿名 > でそういう学生がいると言う事はほんとに学生側だけの問題でしょうか、 > 方法を教える時、バックグランドとか原理について資料を渡したり > 探させたりしてるでしょうか、、、、 ２ｃｈ用語に「ピペド」とか「ポス毒」という言葉があるように、日本の多くのラボはそのような労働力としてしか人を扱っていないのではないでしょうか。 私の理念に燃えた学部・修士・博士時代は、まさに「考えている暇あったら手を動かせ」と抑えつけられてました。また、自分から何かやるにしても「それは誰かがうまくいくといったのか」と外への裏付けを求められました。 まあ、資金とってきているPI、中間管理している助教、すべてがきゅうきゅういっている状態なので、彼らを責めてもでしょうがないのでしょうが・・・でも、明らかに個人だけの問題ではないです。

(無題) 削除/引用 No.1386-10 - 2009/10/23 (金) 08:34:01 - おお >[Re:9] うさんは書きました : > そんなことを言い出したら、ここや他のネットのサイトなどの > ほとんどの質問はそうなります。 > > 考えない。 > > 今更ら学生の質を言い出してもしょうがない。 学生だけかなぁ、、、 博士課程でもそんな人がいそうで、そういう人が博士課程を修了したあと に自然科学を背負っていかなければならないのに、、、、、、、 でそういう学生がいると言う事はほんとに学生側だけの問題でしょうか、 方法を教える時、バックグランドとか原理について資料を渡したり 探させたりしてるでしょうか、、、、 私は気になって仕方がないというか、使えるやつがいないので研究室が 維持できるのかとか、、、、 こんなに科学者って育たないものなんですかねェ、、、、

(無題) 削除/引用 No.1386-9 - 2009/10/23 (金) 08:01:48 - う そんなことを言い出したら、ここや他のネットのサイトなどの ほとんどの質問はそうなります。 考えない。 今更ら学生の質を言い出してもしょうがない。

(無題) 削除/引用 No.1386-8 - 2009/10/23 (金) 02:52:30 - K > 方法を教えると、AとBを混ぜて、遠心して、、、で > 出来上がりとぐらいしか考えないひとが実際結構 > 多かったりしますね。 このトピックに限らないんですが、自分のしている実験の意味を 考えない、プロトコールどおりに手を動かすタイプの人が増えたなあ と思います。 わからなければBioTechnicalフォーラムに聞けばいいや、って。 調べ方を身につけるのも研究のうちだと思うんですけどね。 考える力が衰えるんじゃないかなあと、学生さんを見ていて危惧し、 口すっぱく言ってきましたが、なかなか難しいもんです。 あ、しまった、愚痴になりました（失礼）。

(無題) 削除/引用 No.1386-7 - 2009/10/23 (金) 02:34:58 - おお >[Re:6] APさんは書きました : > EtOH沈殿とならんで、核酸を扱う実験の基本中の基本で、分子生物学実験の手引き書にはぜったいに書かれているはずなんですが。質問者さんもそのご友人も、いっぱしにラボワークをしている方とお見受けしますが、いったいどんな指導、教育を受けているのか、そういう研究室や教育機関って結構あるのか、びっくりすると同時に、人ごとながら心配になりました。 > ひと事かなぁとズーと心配しているのですが、、、 方法を教えると、AとBを混ぜて、遠心して、、、で 出来上がりとぐらいしか考えないひとが実際結構 多かったりしますね。 たしかに研究助手をされている様な立場のひとであれば キャパシティーも違いますから一概にいえないのでしょうけど。 そんなんじゃあ教えても研究は任せられないなァって、、、 教える方の問題なのか、教えられる方の問題なのか、、、 あと最近はフェノールとか自分で結晶とかして作らない でしょうから、、、、

(無題) 削除/引用 No.1386-6 - 2009/10/22 (木) 11:57:52 - AP EtOH沈殿とならんで、核酸を扱う実験の基本中の基本で、分子生物学実験の手引き書にはぜったいに書かれているはずなんですが。質問者さんもそのご友人も、いっぱしにラボワークをしている方とお見受けしますが、いったいどんな指導、教育を受けているのか、そういう研究室や教育機関って結構あるのか、びっくりすると同時に、人ごとながら心配になりました。 いちおう、マジレスすると、 フェノールはおおよそ40℃以下では固体です。水を含ませることによって液状に保たれます。フェノールは酸性です。酸性のフェノールにはDNAがとけ込むので、除タンパク質してDNAを抽出する目的では、中性から弱塩基性に調整する必要があります（逆に酸性フェノールがDNAを選択的に吸収しRNAを残すことを利用したのがAcid phenol法）。液状化したフェノールも含水が未飽和だと吸水性があります。水飽和していなければ、抽出しようとする溶液の体積が減ってしまったり、最悪の場合、すべて吸収されてしまって水層が分離してきません。 以上の理由から核酸精製につかうフェノールは過剰量のpH 8程度のバッファーを加えて液化し、水層のバッファーを数回交換しながらバッファーで飽和させています。常に飽和状態であることを担保するために、バッファー層は完全には取り除かずに、十分残るようにして保存するのが普通で、使うときは上層のバッファーをよけて、下層のフェノールを吸い出します。 フェノールの飽和含水量は、温度によって異なります。見るときによって水層が増減していることに気がつくことがあるかもしれません。なので、水飽和フェノールであっても、あらかじめサンプルの温度、実験環境の温度に（つまり室温に）平衡させてから使わないと、サンプル溶液の体積が大きく変化してしまいます。 フェノール/クロロフォルムは、バッファー飽和のフェノールと同じ体積のクロロフォルムを混和します。この場合も水層を生じ、また飽和を保つため水層を残す必要がありますが、クロロフォルムとフェノールは単一の有機溶媒層となり層分離することはないです。

(無題) 削除/引用 No.1386-5 - 2009/10/22 (木) 08:33:39 - う いかに用意された試薬、キットを使って何も知らないで実験をしてきたか、 ただそれだけです。 フェノールはどのように調整されて実験に使われているのか そしてどうやって保存するのがいいのか そしてどうやってフェノール／クロロホルム（／イソアミルアルコール）溶液は作られているのか そしてどうやって保存するのがいいのか これらの基本的なことをお調べください。 いかに質問が言葉が悪いですがバカな質問かわかると思います。

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