全7件 ( 1 〜 7 )　 前 | 次 　1/ 1. /1

(無題) 削除/引用 No.1351-7 - 2009/10/16 (金) 10:07:26 - み この手の質問をしている人は新しい遺伝子・蛋白は扱えないのでしょうね・・・。自分の力で実証していけるから楽しいのではないでしょうか？ どんな蛋白でも初めはORF情報くらいしか情報はないけど、抗体作成してそれが本物を認識しているかを皆キャラクタライズしてきたわけです。

(無題) 削除/引用 No.1351-6 - 2009/10/16 (金) 10:07:25 - う 誤解はしていません。単に言葉遊びをしたまでです。

(無題) 削除/引用 No.1351-5 - 2009/10/16 (金) 06:30:09 - おお >[Re:4] mikakedaoshiさんは書きました : > > > 確認はおおさんの仰る通りRNAiや強制発現でという方法になると思います。 > ただ手持ちにないものなので、さてどうしたものか？というのも実情です。 ではRNAiやアンチセンス、ノックアウトの手法がない( または、容易ではない)時代にどうやって抗体の 特異性を調べたのだろうという観点で調べ物を されると良いと思いますよ。

(無題) 削除/引用 No.1351-4 - 2009/10/16 (金) 04:08:25 - mikakedaoshi 御回答有難うございます。 今、焦点をあてているorあてるつもりのタンパク質の幾つかのWBの情報が少なくて質問した次第です。 やはり難しいのですかね。 >[Re:3] うさんは書きました : > 数々の過去の論文などで得られた様々な手法の結果を総合して > ウエスタンでの分子量がわかっているのであって、 > （いろいろ調べられているということがメジャーであるということでは？） > > メジャーなタンパク質が分子量を予測されやすいということではないのですから。 ちょっと誤解が有る様なので、補足しますが、私自身「メジャーなタンパク質=WB上の分子量を何らかのソフトを使って分子量を予測しやすい」とは勿論考えておりません。 「メジャーなタンパク質=情報（過去の論文等）が多い、使える抗体も総じて豊富であり、得られた結果を解釈しやすい」と考えております。 一方マイナーなタンパク質はその逆で得られる情報が少なく、抗体もどれがワークするかわからない、と言う状況で出来るだけ多くのドライな情報を得るために、質問の通り、「予測」が可能か否かお聞きした次第です。 うさんも新しいタンパク質を扱うときアミノ酸の長さ、分子量って調べますよね？その先としてこういった事が可能ならば、という質問です。 >[Re:2] おおさんは書きました : > 幅広い意味で予測はできないと思います。 > エンドのバンドのサイズは、例えばタグ付のcDNAを発現させて > 比較したり、リコンピナントのサイズを参照したりは > できると思います。 確認はおおさんの仰る通りRNAiや強制発現でという方法になると思います。 ただ手持ちにないものなので、さてどうしたものか？というのも実情です。

(無題) 削除/引用 No.1351-3 - 2009/10/15 (木) 11:35:30 - う できないと思います。 というか、予測するために タンパク質に対するSDSの結合量、泳動条件下におけるタンパク質の立体構造、 各アミノ酸残基の電荷、などなど、いろいろな情報を精査するより、 他の実験の結果から得られる情報を総合したほうが簡単だと思いますが。 数々の過去の論文などで得られた様々な手法の結果を総合して ウエスタンでの分子量がわかっているのであって、 （いろいろ調べられているということがメジャーであるということでは？） メジャーなタンパク質が分子量を予測されやすいということではないのですから。

(無題) 削除/引用 No.1351-2 - 2009/10/15 (木) 11:09:11 - おお 幅広い意味で予測はできないと思います。 エンドのバンドのサイズは、例えばタグ付のcDNAを発現させて 比較したり、リコンピナントのサイズを参照したりは できると思います。リコンビナントのばあいはそれでも 修飾がされていない可能性とかも考慮すべきかもしれません ので、全く当てにならない場合もあります。 タグ付の発現も特に過剰に発現している場合は危ういかもしれません。 スペシフィックかどうかを確認するのならばサイズは参考になりますが 当てになりませんので、ちゃんとした実験を積んでいくしかありません。

タンパク質のSDS-PAGE上での「見かけ」の分子量予測 削除/引用 No.1351-1 - 2009/10/15 (木) 10:43:50 - mikakedaoshi 現在、 培養細胞又は組織から得られた抽出液をSDS-PAGEで分離し、目的のタンパク質に対する抗体でWBし、その変動を観察しています。 メジャーなタンパク質であれば過去の論文や各社抗体のデータシートからおおよそその分子量は判別つくと思うのですが、マイナーな、情報の限られたタンパク質に関して初めてのWB前後にタンパク質の移動度を予測、把握しておく事は可能なのか？と考えております。 単純なアミノ酸の分子量の合計ではなく、あくまでSDS-PAGE上での「見かけ」の分子量に関してです。 勿論、予測と一致したからと言って、そのバンドが目的のものと同一かは分からない訳ですから、それをサポートするデータは必要になるかと思います。 しかし、その前に得られたバンドがそれなりに確からしいのか否かを知りたいのです。 宜しくお願いします。

全7件 ( 1 〜 7 )　 前 | 次 　1/ 1. /1

パスワードを入力してチェックした記事を

チェックした記事を

---