全5件 ( 1 〜 5 )　 前 | 次 　1/ 1. /1

(無題) 削除/引用 No.1317-5 - 2009/10/08 (木) 22:48:18 - yama 計算方法によって激しくTmは変わります。 http://www.m-neko.net/tm_calc/ このサイトで色々な方法で計算できますのでやってみてはいかがでしょうか？ 例えば適当な配列を入れてみた場合 length : 22 mer Tma/Tmb/Tmc : 68 / 59.54 / 57.84 ℃ (Tma: Wallace method, Tmb: GC% method, Tmc: Nearest Neighbor method) GC : 54.55 % のように計算方法によって10℃以上変わった結果になります。

皆様ありがとうございます 削除/引用 No.1317-4 - 2009/10/08 (木) 19:22:12 - もくもく 論文に掲載されているのはアニーリング温度ではなくTm値です。 再度確認しましたが、図表にTmと書いてありました。。 やはりまずは試してみるしかないのでしょうか。。

(無題) 削除/引用 No.1317-3 - 2009/10/08 (木) 18:20:16 - ぽー 論文に掲載されているのはTm値ではなくPCR時のアニーリング温度ではないですか？ �Aに関してはやってみないとわからないです。 Tm値が20℃近く離れたものを使っても増えるときは増えますし、 Tm値がほぼ同じでも増えないときは増えないです。

(無題) 削除/引用 No.1317-2 - 2009/10/08 (木) 18:11:56 - R �@違うことはあります。最近接塩基対法、Wallace法、GC%法それぞれで計算されてみては。 �Aアニーリング温度によって可能なものもありますし、ダメなものもあります。なので”極力”そろえます。 ご参考になれば。

論文記載Tm値と手持ちのTm値計算ソフトでのTm値の激しい違い 削除/引用 No.1317-1 - 2009/10/08 (木) 17:38:06 - もくもく 大きく分けて２項目あるのですが、御存じの方教えてください。 �@フォワード、リバース各プライマーのTm値はほぼ同じなのですが 　論文に記載してある内容とこちらで計算した温度（ABI9700についてる 　計算ツール）ではTm値が12℃くらい違います。 　論文には58℃と書いてあり、計算ツールで計算すると46.5℃です。 　計算の仕方によって多少の差はあるのでしょうが、温度がここまで違う 　ということはあるのでしょうか。 �Aフォワード、リバース各プライマーのTm値が全くバラバラです。 　論文には56℃と書いてあるのですが、こちらも�@と同じように 　9700のツールを使いますと、フォワードが57.3℃リバースが49.4℃ 　とかなりプライマー間でTm値に大きな差が出てしまっています。 　プライマー設計の基本として両プライマーのTm値は極力そろえる 　という考え方があると思いますが、本当にこのプライマーを使って 　PCRを行ってバンドを得ることが可能なのでしょうか。 幸いアクセッションナンバーが分かっているので、自分で設計してみる というのも手なのですが、皆さんのご意見をお聞かせいただければと思います。

全5件 ( 1 〜 5 )　 前 | 次 　1/ 1. /1

パスワードを入力してチェックした記事を

チェックした記事を

---