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(無題) 削除/引用 No.131-3 - 2009/03/07 (土) 00:00:09 - 学部生 お返事ありがとうございます。 教えて頂いた通りに試してみようと思います。 とても勉強になりました。

(無題) 削除/引用 No.131-2 - 2009/03/04 (水) 19:07:52 - 通りすがり RT-PCR専門ではないですが、以前たまにやっていたので。 primer3を使い慣れているなら、設計するprimerの検索範囲を 指定してやればintronを跨ぐようなprimerやampliconを設計 できると思いますよ。 http://frodo.wi.mit.edu/primer3/input.htm を基準に説明すると、 �@intronを跨ぐようなprimerなら、 Other Per-Sequence Inputs 項目の Included region 欄 を設定して、まず片側のprimerを設計すればよいと思います。 その中から適当なprimerを選んで、もう片側を設計すれば primer対の完成です。 �Aampliconなら･･･ メイン項目のTargets 欄にintron領域を設定すれば、ampliconに intronが含まれるようなprimer対が選ばれると思います。 �@�A両方やるのがいいのかもしれませんけど、DNase処理もある ようですし、半定量RT-PCRなら�Aだけでもよいかもしれませんね。 primerを大量に作成した後、Excel等の他のツールを使って判別 させてもよいかもしれません。

RT-PCR（プライマーの設計ソフト） 削除/引用 No.131-1 - 2009/03/04 (水) 18:01:45 - 学部生 学生です。 RT-PCR用のプライマーを設計したいと思います。 通常は、プライマー3でプライマーを設計していますが、RT-PCRとなると正式にはゲノムDNAを増やしてしまう危険性を回避するため、イントロンを挟むようにプライマーを設計しなくてはならないようで困っています。（学部生の実験だからかもしれませんが、指導教官はDNA分解酵素処理を行うので気にしなくても良いと言っていますが） ゲノムとmRNAの塩基配列を元に、手作業でプライマー候補を探していますが、途方にくれています。 RT-PCRを専門とされている方々はどのように行っているのでしょうか。

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