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(無題) 削除/引用 No.1283-4 - 2009/10/03 (土) 14:59:07 - み 何（細胞？動物？）に薬物処理して何時間後のデータがあるのですか？ 経時的データがあるなら時間軸に沿って動いているものとかもみれると思います。 有料のpathway解析ソフトなんかもありますね。 でも薬物処理後かなり時間が経っているものだと１次的に動いたものと、２次的に動いたものとの区別がつかないだろうし、pathway解析やっても「否定はしないけどね」というレベルのものしか分らないというのが殆どです。 手っ取り早いというか単純なのは、再現性があってRaw値がある程度高く、複数のarray spotで差があり、fold-changeが大きく、面白そうな(自分の実験のストーリーに合う）遺伝子であって、薬物作用機序を調べるならイベントの初期に動いていると予想されるものを、薬物影響の結果としての病態を調べるなら病態を繁栄してそうなものをピックアップするって感じですかね。 細胞やマウスに表現型が無い段階でアレイをやっても、色々な有名遺伝子がいぱーーーーい動いています！って言えるかもしれないですが、メカニズム解明に繋げた人ってどれだけいるの？ってのが現状かと。 病態が既にあるのなら、それに合ったGO termは確かに動いてきますよ。 いちおう言っておきましが複数の細胞・マウス組織に関してアレイデータを採ってpathway解析ソフト、GO解析など経験あります。 思いつくまま乱文で失礼。

ハルヒは宇宙人の鳩山総理に注目しているようです 削除/引用 No.1283-3 - 2009/10/03 (土) 04:37:23 - おお GOタームなどでカテゴライズして、あるカテゴリーの遺伝子郡が偏りがあるか ないかを見るのが一般的ですが、、、 ttp://david.abcc.ncifcrf.gov/ ここで2倍以上とか、ある条件で遺伝子を抽出してほりこむとそういうことは やってくれるとはおもいます。 遺伝子をさがあるものトップ50位を目で見ていっても注目する遺伝子群 があるかどうかという意味では感覚的に見えてくると思います。 マイクロあれーとか、一気にほぼ総べての遺伝子の変動情報が えられるので、飛びつく人はおおいのですがその先を考えた 実験計画を考えておかないと、なんか変化したけど、、、、 で終わっている実験をよく聞きます。 結構高いのに(大分安くなってきたはずですが)やられている わりにはパブリッシュされてないデーターが多いのではと 思ってます。 １度マイクロあれーしようと思うんだけどという人がいたので それで何を見るのと聞くと、セルサイクルの遺伝子発現 が変化しているかみるとか、、、、 それだったら、リアルタイムPCRとかウエスタンとか、、、 RNAプロテクションでそういうものを一式見るキットまであるのに なぜマイクロアレーなのか、、、、、

(無題) 削除/引用 No.1283-2 - 2009/10/02 (金) 21:26:42 - yama GO(Gene Ontology)は調べましたか？

DNA Microarrayからのpathway解析 削除/引用 No.1283-1 - 2009/10/02 (金) 19:31:49 - 春日大好き 　　現在DNA Microarrayにより、薬物処置によるmRNAの変動結果を得たのですが、この結果をどのように役立てたらよいものか、行き詰っています。 　　変動の大きい遺伝子群とそれらのpathwayを結び付け、どのpathwayが動いた可能性が高いか、ということを知りたいのですが、よい解析方法がありましたら、ご教授ください。

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