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アプライしたDNAサンプルが流れ出る? トピック削除
No.1220-TOPIC - 2009/09/18 (金) 14:55:50 - なんで
もしみなさんに経験したことがある方がおりましたら教えてください。

一般的なDNAの電気泳動をMupidを使用して行っております。
基本的に問題なく使用できているのですが、
時々サンプルをアプライした後に、数秒でウェルの端を伝うように上方へサンプルが自然に漏れ出し、ウェルからほぼサンプルがなくなってしまうことがたまにあります。なぜグリセロールも混ぜてあるはずのサンプルが上方に移動するのかわかりません。


DNAサンプルはプラスミドを制限酵素でカットしたものに10xLoading bufferを混ぜたものです。。
泳動バッファーはTAEです。1%アガロースゲルを使用しております。
 
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補足 削除/引用
No.1220-9 - 2009/09/19 (土) 14:46:15 - くま
ゲルを作ってから、液中に置いておく時間が長いと
「アガロースがwellの底に溜まる」と聞きます。
(ここでだったか?!)

時間たっちゃったと思ったら、アプライ前にピペッティングで
wellを洗ってください。

もちろん、これは、既出の忠告を守った上での補足事項に過ぎません。
SDSがキラキラしながら出て行っちゃうのよねー・・
SDSが入っているloading bufferはキライです。あーあ。

(無題) 削除/引用
No.1220-8 - 2009/09/18 (金) 22:33:03 - Pumpkin
これはエタノールや洗浄バッファ(特にカラム精製の)が残っている時にも、ウェルにぎりぎり深度の電気泳動バッファしかなかったときにも起こります。

操作はしっかり、バッファはけちるなと言うことです。

(無題) 削除/引用
No.1220-7 - 2009/09/18 (金) 19:52:29 - ami
エタノールが残っているだけです。確実に

(無題) 削除/引用
No.1220-6 - 2009/09/18 (金) 17:29:29 - なんで
MP様のおっちゃる通り泳動バッファーがゲルの上面までしか浸ってないときに起こります。

中年様ありがとうございます。
なるほど。
確かにloading bufferにはSDSが入っているので、アプライしたサンプル中のSDSの疎水基が空気に触れようとすることで、空気がゲル内に入り、サンプルが流れるように界面にいってしまうのですね。

これからはサンプルが水面まで付かないように気をつけます。

ご助言ありがとうございました。

(無題) 削除/引用
No.1220-5 - 2009/09/18 (金) 16:32:01 - 中年
Loading bufferにSDSが含まれていると、MPさんの仰るようにバッファーが浅いなどの理由でサンプルが表面に届いてしまうと、表面張力の影響で(?)サンプルが水面にたぐられるように流れ出してしまうことがあります。

(無題) 削除/引用
No.1220-4 - 2009/09/18 (金) 15:47:06 - こうじ
昔、エタ沈のドライアップが甘くて浮かせたことがあります

ミネラルオイル 削除/引用
No.1220-3 - 2009/09/18 (金) 15:21:34 - クリハチ
インキュベーション中の蒸発を防ぐためにミネラルオイルを重層することがあったんですが、applyする時にオイルが少し混ざるとサンプルがWellから逃げ出すことがありました。

(無題) 削除/引用
No.1220-2 - 2009/09/18 (金) 15:14:16 - MP
Wellが完全にバッファーに浸っていないと、そうなることがあります。なみなみ注げば解決するはず。

アプライしたDNAサンプルが流れ出る? 削除/引用
No.1220-1 - 2009/09/18 (金) 14:55:50 - なんで
もしみなさんに経験したことがある方がおりましたら教えてください。

一般的なDNAの電気泳動をMupidを使用して行っております。
基本的に問題なく使用できているのですが、
時々サンプルをアプライした後に、数秒でウェルの端を伝うように上方へサンプルが自然に漏れ出し、ウェルからほぼサンプルがなくなってしまうことがたまにあります。なぜグリセロールも混ぜてあるはずのサンプルが上方に移動するのかわかりません。


DNAサンプルはプラスミドを制限酵素でカットしたものに10xLoading bufferを混ぜたものです。。
泳動バッファーはTAEです。1%アガロースゲルを使用しております。

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