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(無題) 削除/引用 No.1216-11 - 2009/09/24 (木) 00:35:02 - 孤立無援 AP様 　ご丁寧にありがとうございました。 　基本的な理論背景や定説を把握しておくことの重要性を再認識しました。 　勉強させていただきます。

(無題) 削除/引用 No.1216-10 - 2009/09/23 (水) 16:42:37 - AP 80年代くらいまでにさかんに研究が行われた結果、enhancerとかupstream elementと呼ばれるものは、転写方向に対する相対的な向きや位置関係に関係なく働く（働きうる）ということは半ば常識になっていたといって良いでしょう。とにかく認識配列に転写因子が結合すれば、染色体の構造や状態が許せば、DNAのルーピングなどで転写可能なプロモータにアクセスして転写を刺激するとされています。 最近はepigeneticな転写調節のほうにアクティビティがシフトしているせいか、この問題に関するいいreviewを目にしませんので、古いreviewですが、たとえば ttp://www.cell.com/trends/genetics/abstract/0168-9525%2885%2990088-5 例としてあがっている中に、ヘルペスウイルスのtkやマウスのメタロチオネインの遺伝子の調節領域にccgcccが正方向のも逆方向のもあってどちらもfunctionalであるというのがでてますね。

(無題) 削除/引用 No.1216-9 - 2009/09/19 (土) 08:44:19 - 孤立無援 おお様 　2回に渡りありがとうございました！　明快にお答え頂き、理解できました。 　また勉強します。

(無題) 削除/引用 No.1216-8 - 2009/09/19 (土) 04:11:05 - おお >[Re:7] 孤立無援さんは書きました : > 　大変ありがとうございます！　うれしいです。 > > ・・・確認のため、もう少しお聞きできますでしょうか。 > > 　以下の配列があったと仮定（xは任意の塩基）した時、転写因子はCCCGA（A鎖）、GGGCT（B鎖）どちらにも結合する可能性があると考えてよろしいでしょうか。 > > 　　　 　　　　　　　 　　　　　　+1→ > A鎖：5'-xxxxxCCCGAxxxxxATGxxxxxx-3' > B鎖：3'-xxxxxGGGCTxxxxxTACxxxxxx-5' > 転写因子にもよりますが、じっさいはコンセンサス配列 とそのついになる鎖の2本鎖からなる、溝の部分を 認識したりと、2本鎖の立体構造も必要になってくるものが おおいです。 前回回答したのは、下のような場合B鎖にコンセンサス がありますが。A鎖にコードされる遺伝子発現を 制御しうるというと言うことを申し上げています。 A鎖：5'-xxxxxTCGGGxxxxxATGxxxxxx-3' B鎖：3'-xxxxxAGCCCxxxxxTACxxxxxx-5'

(無題) 削除/引用 No.1216-7 - 2009/09/18 (金) 23:06:18 - 孤立無援 　大変ありがとうございます！　うれしいです。 ・・・確認のため、もう少しお聞きできますでしょうか。 　以下の配列があったと仮定（xは任意の塩基）した時、転写因子はCCCGA（A鎖）、GGGCT（B鎖）どちらにも結合する可能性があると考えてよろしいでしょうか。 　　　 　　　　　　　 　　　　　　+1→ A鎖：5'-xxxxxCCCGAxxxxxATGxxxxxx-3' B鎖：3'-xxxxxGGGCTxxxxxTACxxxxxx-5' 　もしB鎖に結合するのであれば、転写開始点はやはりB鎖上のTACになるのでしょうか・・・？ 　LEF/TCFはあくまで例として、一般的な可能性として教えて頂ければありがたいです。 　よろしくお願いいたします。

(無題) 削除/引用 No.1216-4 - 2009/09/18 (金) 14:25:09 - おお エンハンサーシスエレメントの活性は位置、向きに依存しないという昔の 研究結果からくる定説があります。 ただしそれ以来たくさんの転写因子がクローニングされてますので 必ずしも正しくはないと思います。 ま、エンハンサー配列が見つかると位置、向き依存性は昔の定説 に照らし合せて、レビューアーが知りたがるところでもありますので、 たいていそういう実験がなされていると思います。 文献を当たってみるのがいいかと思います。 LEF/TCFのコンセンサスのようですが、これに関しては詳しくありませんので、、、 だれか知っている人がいれば早いかもしれませんね。

(無題) 削除/引用 No.1216-3 - 2009/09/18 (金) 12:48:20 - 孤立無援 >[Re:2] しろうとさんは書きました : > なんのデータベースを元に、どうやってコンセンサスをヒットさせているか分かりませんが、CCCGAのアンチセンスがTCGGGなのは仕方ないんじゃないでしょうか？ 情報不足で失礼しました。 TFSEARCHを使い、DNA配列はNCBIのデータベースからコピペしています。 コピペした配列の中にCCCGAがあれば引っかかってきますが、TCGGGがあっても引っかかってきます。この場合、センス側（コピペしたDNA鎖）のTCGGGに転写因子が結合するのか、それとも、それに対応する別ストランド鎖のCCCGAに結合するのか、ということです。 もし、アンチセンス側に結合することが可能だとしても、センス側に結合した時と同様に転写活性を制御するのでしょうか。 わかりにくくて申し訳ありません。

(無題) 削除/引用 No.1216-2 - 2009/09/18 (金) 11:49:39 - しろうと なんのデータベースを元に、どうやってコンセンサスをヒットさせているか分かりませんが、CCCGAのアンチセンスがTCGGGなのは仕方ないんじゃないでしょうか？

アンチセンス側のコンセンサス配列の意義 削除/引用 No.1216-1 - 2009/09/18 (金) 03:21:30 - 孤立無援 　基本的な質問ですがすみません。以前にも似たトピックがあるようですが、回答が途中まででしたので・・・、すみません。 　ある遺伝子のプロモーター領域に転写因子Aのコンセンサス配列（例えば5'-CCCGA-3'）が存在するかどうか調べています。データベースを利用しているのですが、CCCGA（センス側）だけでなく、reverse sequence(TCGGG、アンチセンス側)もヒットしてきます。 　センス鎖に転写因子が結合して、同鎖の遺伝子発現を制御することは理解しやすいのですが、アンチセンス側に存在する時も意義があるものなのでしょうか・・・。 　もしアンチセンス鎖にも転写因子が結合するとしたら、やはりアンチセンス鎖の転写を促進すると理解してよろしいのでしょうか？ 　どなたかお助け頂ければありがたいです。よろしくお願いします。

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