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核内受容体の応答配列を知りたいので教えてください トピック削除
No.1215-TOPIC - 2009/09/17 (木) 21:11:16 - ごんた
初心者なので教えてください。
核内受容体の応答領域の配列を調べるにはどうしたらいいのでしょうか?
標的遺伝子のプロモーター領域にあることはわかるのですが、どこからどこまでが応答配列だというのはどうやって調べるのでしょうか?

具体的にはのラットのPPREの配列を知りたいのですが、5'-AGGTCA-3'が繰り返し並んでいる配列だということは知っているのですが、実際の配列の情報はどうやって調べたらいいのでしょうか?
また、動物種や標的遺伝子の種類によってもPPREの配列は違うのでしょうか?

ど素人の質問ですみませんが、どうぞよろしくお願いします。
 
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(無題) 削除/引用
No.1215-2 - 2009/09/19 (土) 07:22:30 - おお
このようなDNA結合配列はいろいろなプロモーターの解析
実験や、インビトロの結合の親和せいの実験などから
マトリクスをつくってコンセンサスとか、興味ある
配列のスコアリングができるようになります。

核内受容体とかはよく調べられているタンパクの
コンセンサスをもとに、だいたい一致することから、
ここのタンパクに対する情報は少ないかもしれません。

ま、ちょっと質問がぼやけているような気がしますので、
今どのような実験、調査をやっていて、どういう結論を
えたいのか、差し障りのない程度に書いた方がいいか
とおもいます。

核内受容体の応答配列を知りたいので教えてください 削除/引用
No.1215-1 - 2009/09/17 (木) 21:11:16 - ごんた
初心者なので教えてください。
核内受容体の応答領域の配列を調べるにはどうしたらいいのでしょうか?
標的遺伝子のプロモーター領域にあることはわかるのですが、どこからどこまでが応答配列だというのはどうやって調べるのでしょうか?

具体的にはのラットのPPREの配列を知りたいのですが、5'-AGGTCA-3'が繰り返し並んでいる配列だということは知っているのですが、実際の配列の情報はどうやって調べたらいいのでしょうか?
また、動物種や標的遺伝子の種類によってもPPREの配列は違うのでしょうか?

ど素人の質問ですみませんが、どうぞよろしくお願いします。

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