Bio Technical フォーラム

  • バイオ関連の実験をする上での、試薬、機器、プロトコールなどの情報交換の場です。
  • 質問に対して解答できる方は是非、書き込んで下さい。
  • このフォーラムにふさわしくないと管理人が判断した投稿は予告なく削除します。

トピック一覧 | 研究留学ネットに戻る

最新のフォーラム | このフォーラム | ひとつ前のフォーラム(readのみ)

このスレッドをはてなブックマークに追加このスレッドをはてなブックマークに追加

融合タンパク質 トピック削除
No.1209-TOPIC - 2009/09/16 (水) 20:02:40 - ああ
融合タンパク質の発現条件を検討しています。

融合する前のタンパク質の発現条件を融合タンパク質(N末とC末に融合しています)の発現の際に用いたのですが、発現がほとんど起きません。

また、N末とC末で発現量が違うのですが、やはりそれぞれ(N末とC末)の融合タンパク質の発現条件を検討するべきなのでしょうか?
 
- このトピックにメッセージを投稿する -



11件 ( 1 〜 11 )  前 | 次  1/ 1. /1


(無題) 削除/引用
No.1209-12 - 2009/09/23 (水) 02:39:57 - pen
細胞透過性のペプチドは、
電荷の偏っているものが多いと思います。
この場合、このペプチドを末端に融合したタンパク質は
性質が変わってしまう可能性が大きいです。
また、C末、N末で性質がちがうのもそのせいではないでしょうか。

(無題) 削除/引用
No.1209-11 - 2009/09/22 (火) 08:22:00 - おお
>[Re:7] ああさんは書きました :

>
> 細胞に振りかけるので、できるだけ量が必要になってきます。
>
> タンパク質には、細胞透過性のペプチドもついています。



>
> 少し話は変わるのですが、細胞にタンパク質を導入する実験はよく行われているのでしょうか?
> 文献を探しても、遺伝子の状態でデリバリーするのがほとんどです。
>
>

なぜN末とC末のタグを作ったのかよく分かりませんが、
両方数回実験できるような量があるなら、両方1度
細胞に使ってみるのがいいかと思います。N末が量取れるから
といっても、次の実験でワークしないのなら
タンパク合成の条件検討事態無駄です。

細胞にタンパクを直接かけで導入する実験は最近iPSで応用され、
細胞のDNAを変化させず形質を変化させることができ
るというメリットをもっていますが、DNAで発現させる
ほうが非常に長い歴史をもっています20ー30年前から
やられているでしょうか、、、、たぶん。

インクルージョンボディーに入っていたりしませんか? 削除/引用
No.1209-10 - 2009/09/17 (木) 22:00:20 - ~
質問は発現条件を検討すべきかですよね。
貴方が現時点で必要量を得ることが出来れば検討は必須ではなく、
どう逆立ちしても足りないのであれば検討するしかないでしょう。

現在の収量と必要量がどのくらいであるかが分かれば、
条件検討しなければ実験にならないのか、力技で勧めたほうがいいのか判断で
きると思います。
そのあたりの数字はどうなっているのですか?


>細胞に振りかけるので、できるだけ量が必要になってきます。
細胞にかければいいのですから、1Lでも10Lでも培養して、精製すれば使えますよね。
また、両者の発現量の違いは、精製後には関係ないはずです。
発現量が同じか違うかは問題ではなく、それぞれの必要量を得る方法が問題になるでしょう。

例えばの話、ペプチドが凍結でき、1L培養を同時に3個行い、1日3回培養するとすれば、連休明けにはN末C末それぞれ約10L分のペレットが得られるでしょう。
この数倍程度までであれば、力技で出来るでしょう。これよりも1桁以上多く必要であれば、何らかの方法で収量を増やさないと仕事にならないと思います。


チューブやフラスコで培養するのであれば、あまりいじれる条件が思いつきません。ホストやベクターを変えないのであれば、温度とIPTGの濃度と添加時間位がすぐ出来るものだと思います。
また、場合によっては大腸菌でのコドンの使用頻度に合わせて配列をいじると改善するのかもしれません。(やったことがありませんが)

また、本気で培養条件をいじるつもりがあれば、いろいろといじれますが、
どれだけの時間と金をかけることが出来るのでしょうか?
ファーメンターを買えば、ガス供給、温度、pH、培地成分、フィードなどをいろいろと変更出来ます。
ただ、発注して納品されるのを待つ間に、必要なペレット量をフラスコで培養できるかもしれません。

また、単発で実験さえできればいいのでしたら、今の株を業者に送って、そちらで培養させて、凍結ペレットを作らせてもいいかもしれません。
金さえ払えば、1,000L以上の培養をしてくれます。

目的が何で、現状で何が必要かを明確にすれば、
何をするのがいいか方針が定まると思います。


>タンパク質には、細胞透過性のペプチドもついています。
何で直接動物細胞に発現ベクターを入れないのかが気になります。
毒性が高いなどで動物細胞で発現させることができないのであれば、
大腸菌でも同じ状況になっているのかもしれません。
実験の背景や、その先輩や他の人の予備実験の結果は知っておくべきだと思います

(無題) 削除/引用
No.1209-8 - 2009/09/17 (木) 19:21:56 - ばいや
よく似たことをやっているのですね。はやりですか?
http://www.kenkyuu.net/cgi-biotech3/biotechforum.cgi?mode=view;Code=1141

私ならペプチドに蛍光物質をつけます。
それでも挙動は変わるかもしれないです。
GFP融合ならもっと怪しくなるような「気がします」。

どうしてもやるならホスト(発現系)を変えます。

大腸菌で条件を決めるってそんなに大きく変わるものですか?
あまり経験ないけど、一般的な方法で十分ではないのと思っています。
変えるのなら温度くらいしか思いつかないです。
ベクターを変えるのなら分かるけど(プロモーターかあるいは薬剤耐性の種類)、2倍も3倍も変わるものですか?後学のためにまた違っていたら教えてください。


>この条件はすでに先輩が決めたものです。
>たぶん先生も確認済みでしょう。

「たぶん」って・・・。そういうことも含めて話し合っていればわかるってことだと思います。先生と話し合ってください。(→自分もそうだからなんとなく・・・自分で言っていて胸が痛みます)

(無題) 削除/引用
No.1209-7 - 2009/09/17 (木) 17:27:05 - ああ
ばいやさん in sutuさん

ありがとうございます。

ばいやさん

細胞に振りかけるので、できるだけ量が必要になってきます。

タンパク質には、細胞透過性のペプチドもついています。


in situさん

この条件はすでに先輩が決めたものです。
たぶん先生も確認済みでしょう。



少し話は変わるのですが、細胞にタンパク質を導入する実験はよく行われているのでしょうか?
文献を探しても、遺伝子の状態でデリバリーするのがほとんどです。

(無題) 削除/引用
No.1209-6 - 2009/09/17 (木) 15:51:12 - in situ
GFPの発現条件とGFP融合タンパク質の発現条件はほぼ同じであるはずだ

という考えをお持ちのようですが、これが既に間違いです。

機能を持っているのは融合させたいタンパク質(Aとします)なのですから、どちらかというとGFP融合していないAとGFP融合したAとの発現条件および機能などを比較すべきでしょう。

N末とC末で発現量が異なることはよくあります。というより、ほとんどかと。

このあたりの質問は本来掲示板でする類のことではなく、指導教官なり上司なりと話し合えば簡単に認識の間違いに気づくことだと思うのですが。。

あと、発現したいタンパク質を何に使いたいのかで、このような状況の対処法は変わってきます。

(無題) 削除/引用
No.1209-5 - 2009/09/17 (木) 15:00:09 - ばいや
>[Re:4] ああさんは書きました :
> その発現条件を融合タンパク質で試してみたのですが、あまり発現しません。


とりあえず発現しているんですよね。それで進めちゃダメなんですか?



>
> また、N末とC末でも発現量が違います。

そういうことは多々あります。


発現産物が違う(アミノ酸配列が違う)ので個別に発現条件を検討しても結構です。なぜGFPの発現条件検討をしたのですか?シビアにするなら条件検討しますし、そうじゃなきゃ一般的な方法で発現させます。私は。それで全然ダメならホスト(またはベクター)の検討をします。

(無題) 削除/引用
No.1209-4 - 2009/09/17 (木) 14:17:05 - ああ
すみません。

言葉足らずで。

GFPのN末とC末に、生理活性のあるタンパク質を融合しています。


まず、GFP単独のベクターで大腸菌による発現条件を検討しました。

その発現条件を融合タンパク質で試してみたのですが、あまり発現しません。

また、N末とC末でも発現量が違います。

(無題) 削除/引用
No.1209-3 - 2009/09/17 (木) 09:16:42 - ~
どのような状態にしたくて、現在がどういう条件で、今後何をしようと考えているのでしょうか。

>融合する前のタンパク質の発現条件を融合タンパク質の発現の際に用いたのですが、発現がほとんど起きません。

状況がさっぱり分かりませんので、どの部分がネックになっているのかが分かりませんが、発現させることによって細胞が死ぬ場合があります。
そのような場合では、誘導性のプロモーターを使うとうまくいことがあります。

>また、N末とC末で発現量が違うのですが、やはりそれぞれ(N末とC末)の融合タンパク質の発現条件を検討するべきなのでしょうか?

発現条件が何をさしているのか分かりませんが、今のままではなく何か異なる状態にしたいのであれば、条件検討をするべきだと思います。

それぞれではなく、同じ条件検討で発現量が揃ったり、発現量が増えたりするかもしれません。
ただ、事前にそれが分かることはないでしょうから、それぞれ発現条件を検討するか、より発現量が低い方のみを検討して高い方にあわせるか、その逆にするかの3パターンがあると思います。

(無題) 削除/引用
No.1209-2 - 2009/09/16 (水) 21:51:11 - ami
わけわからん

融合タンパク質 削除/引用
No.1209-1 - 2009/09/16 (水) 20:02:40 - ああ
融合タンパク質の発現条件を検討しています。

融合する前のタンパク質の発現条件を融合タンパク質(N末とC末に融合しています)の発現の際に用いたのですが、発現がほとんど起きません。

また、N末とC末で発現量が違うのですが、やはりそれぞれ(N末とC末)の融合タンパク質の発現条件を検討するべきなのでしょうか?

11件 ( 1 〜 11 )  前 | 次  1/ 1. /1


パスワードを入力してチェックした記事を チェックした記事を