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刺激で発現上昇する遺伝子をノックダウンするには トピック削除
No.1199-TOPIC - 2009/09/14 (月) 19:30:41 - 鬱じゃないよ
血清除去によって転写誘導され、その翻訳されたタンパク質が機能していると考えられている遺伝子のノックダウン実験を計画しております。


我々のラボではノックダウンをオリゴsiRNAのトランスフェクション3日後に、細胞を回収し、ウエスタンブロットを行っております。
そのタンパク質は血清除去後2−4時間で発現が上昇します。
よってノックダウン3日後に血清除去2−4時間処理後、細胞回収し、下流にあるタンパク質のWBなどを検出して、ノックダウンによるフェノタイプを観察しようと思っております。
しかし血清除去後2−4時間で転写、翻訳されているものは、3日前に細胞内に導入したオリゴsiRNAによってノックダウンされるとは考えにくいと思いました。siRNAが細胞内に残っていたとしても2-4時間でmRNAの分解がまにあうのだろうか?
そもそもsiRNAトランスフェクション後3日を待つ必要がないのでしょうか?


転写関係のお仕事はラボでは行っておらず、
どなたかご教授ください。
 
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(無題) 削除/引用
No.1199-3 - 2009/09/15 (火) 16:22:24 - Q
オリゴを使うよりshRNAのような定常的KDの方が向いている実験のように思いますがいかがでしょうか。

(無題) 削除/引用
No.1199-2 - 2009/09/14 (月) 20:37:30 - み
待つ必要性を全く感じない。
24hであろうが72hであろうがいける場合はいけると思います。
24, 48, 72hとふって実際やればいいだけでしょう。

ここでいくら可能かどうか聞いても、実際やってみないとあなたが対象としている遺伝子に関してどういう結果が出るか誰にもわからない。

遺伝子・細胞・腕・導入方法など不確定要素が多すぎる。

刺激で発現上昇する遺伝子をノックダウンするには 削除/引用
No.1199-1 - 2009/09/14 (月) 19:30:41 - 鬱じゃないよ
血清除去によって転写誘導され、その翻訳されたタンパク質が機能していると考えられている遺伝子のノックダウン実験を計画しております。


我々のラボではノックダウンをオリゴsiRNAのトランスフェクション3日後に、細胞を回収し、ウエスタンブロットを行っております。
そのタンパク質は血清除去後2−4時間で発現が上昇します。
よってノックダウン3日後に血清除去2−4時間処理後、細胞回収し、下流にあるタンパク質のWBなどを検出して、ノックダウンによるフェノタイプを観察しようと思っております。
しかし血清除去後2−4時間で転写、翻訳されているものは、3日前に細胞内に導入したオリゴsiRNAによってノックダウンされるとは考えにくいと思いました。siRNAが細胞内に残っていたとしても2-4時間でmRNAの分解がまにあうのだろうか?
そもそもsiRNAトランスフェクション後3日を待つ必要がないのでしょうか?


転写関係のお仕事はラボでは行っておらず、
どなたかご教授ください。

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